本文所说西域，主要指中国新疆。
唐时西域的佛国林立，与后世的新疆截然不同。这一转变产生于宋初至明代。这是西域文化的断层，也是新疆文化的重塑。
文化的转变，归根结底是势力碰撞的结果。自从安史之乱后，唐朝势力退出西域，由此形成大国权势的真空，拉开文化重塑与民族融合的序幕。
西域三十六国
一、喀喇汗王朝：伊斯兰教传入
使得新疆第一次伊斯兰化的是喀喇汗王朝。
喀喇汗王朝的建立是西域格局改变的重要事件。自怛逻斯之战后，阿拉伯人停止了东进的脚步。伊斯兰教的再次东进，则是凭借喀喇汗来势凶猛的铁蹄。
此前，西域的主要国家大多信仰佛教，兼有拜火教、景教等。面对伊斯兰教强劲的推进，于阗、高昌等国奋起抵抗。在持续数十年的宗教战争后，于阗灭亡，喀喇汗也停止了扩张，西域恢复了相对平衡。
10世纪的西域
在此期间，早期的维吾尔文化逐步形成。在喀喇汗王朝治下，伊斯兰教统治了塔里木盆地的西半部，回鹘文开始改用阿拉伯字母拼写，向现代维吾尔语过渡。
同时，文学与艺术得到发展。玉素甫•哈斯•哈吉甫写成了著名的长诗《福乐智慧》，马哈茂德•喀什噶里编成《突厥语大词典》。
玉素甫•哈斯•哈吉甫像
二、西辽：汉文化的短暂复兴
西辽开国之君耶律大石，是辽代宗室，也曾是辽国抵御金军的重要力量。由于与辽天祚帝的分歧，耶律大石率军别走，图谋兴复。由于金国实力强大，故土不可归，耶律大石只能另寻立足之地。
1130年，耶律大石率军来到喀喇汗王朝境内，见喀喇汗王朝已内忧外患，遂开始了对西域的征服。早在1041年，喀喇汗已分裂为东西两部，西部成为了塞尔柱王朝的附庸。
耶律大石像
耶律大石起初计划以武力征服整个河西，但却遭到东喀喇汗王朝的顽强抵抗，而此前已归顺的高昌回鹘趁乱掩袭，耶律大石损失惨重。
此后耶律大石转变策略，与民休息，团结西域各部，于1132年正式建立西辽政权。西辽采取较宽容的文化与宗教政策，但汉文化始终在西辽政权中占据主导地位。
耶律大石个人的汉文化修养很高，并以儒家作为治国思想，使各族文化得以在和平环境相互融合，西域汉文化在此期间短暂复兴，而回鹘文化与波斯、阿拉伯文化等继续融合，维吾尔文化进一步发展。
三、蒙古统治：文化的大整合
在蒙古大军的西征中，西辽、高昌回鹘、东喀喇汗王朝等国相继灭亡，西域成为察合台汗国的领土。
随着时间的流逝，察合台汗国的蒙古人生活在伊斯兰洪流中，逐渐受到影响。
但是，蒙古人改信伊斯兰教还是有风险的，即便身为汗王也是如此，除非你的实力足够强大。
1264年，木八剌沙汗改信伊斯兰教，蒙古帝国忽必烈汗大为不高兴，就任命不信伊斯兰教的八剌为察合台汗。
八剌登上汗位后，没过几年就转轨了，当他1270在布哈拉皈依伊斯兰教后，很快就被下毒害死。
这段时间里的，察合台汗王要治理人数众多的伊斯兰臣民，但是不能宣布自己改信伊斯兰教，否者就要被信奉多神教的游牧部落抛弃，遭到被杀或者被废的命运。
第9代察合台汗——都哇死后发生汗位继承危机，以也先不花、怯伯弟兄俩为代表，王室内部分裂成两派。
也先不花身边聚集的是要过传统蒙古游牧生活的贵族，而怯伯身边聚集的是要求过定居生活的贵族。
1320年代，怯伯带人在那色波建都，并和一部分蒙古贵族皈依了伊斯兰教，积极亲近当地宗教阶层、封建贵族，建立“西察合台汗国”。
而也先不花为代表的贵族，就跑到阿里麻城设立牙帐，建立“东察合台汗国”，又叫“蒙兀斯坦”。后来，也先不花的儿子图古鲁克帖木儿（秃黑鲁铁木尔）皈依伊斯兰教，并强迫其他人皈依。
新疆第二次伊斯兰化，发生于东察合台汗国时期。
东察合台汗国是伊斯兰教在新疆又一次获得重大发展的时期。东察合台汗在境内强制推行伊斯兰教，蒙兀儿人亦逐步改宗伊斯兰教，并融合到维吾尔等民族中。东察合台汗国时期，以额什丁家族为代表的和卓宗教贵族，在天山南路兴起。元帝国末年，1354年，东察合台汗秃黑鲁铁木尔接受额什丁和卓父子的宣传，归信伊斯兰教，并带动众多蒙兀儿属下集体信教。
秃黑鲁铁木尔汗是被东部的权臣拥立为汗的，在被拥立之前，他不过是一个流落地方、无权无势的闲散贵族子弟，只因为他是威震中亚的察合台汗国都瓦汗的孙子，因此以此身份被推举为东察合台汗，但毫无实权。
可这位秃黑鲁铁木尔很有权谋，伊斯兰教此时已在东察合台很有势力，他看准了这一点，于是，先是用皈依伊斯兰教的方法，取得东察合台汗国众多伊斯兰教徒的支持，获得了部分实权，之后，又趁权臣去世，夺回权力，从而成为大权独揽的东察合台汗。
秃黑鲁铁木尔，是首位皈依伊斯兰教的东察合台汗，他开始了东察合台汗国的伊斯兰化。他自己皈依伊斯兰教之后，说服、命令其部王公、大臣归信伊斯兰教，并下令其他所有臣民改信伊斯兰教，如有违抗，立即处决，因此，几十万蒙兀儿人集体改宗伊斯兰教，大大强化了伊斯兰教在新疆西部的势力。蒙兀儿人，即东察合台蒙古人。
1362年，“东察合台汗国”利用“西察合台汗国”的动乱，派兵征服之，察合台汗国再次统一。
第二年，图古鲁克帖木儿离世，察合台汗国又陷入混乱之中，未来中亚霸主帖木儿开始登上历史舞台。
蒙古人西征中亚和波斯，在不到200年的时间里，全部为伊斯兰文化同化。
中亚的蒙古统治者皈依了伊斯兰教，并成为伊斯兰教新一轮传播的推动力量。至明中期，吐鲁番最后的佛教势力退出，南疆完全成为穆斯林的家园。
察合台汗国于1347年分裂为东西两部，西部汗国之后演变成为帖木儿王朝，而东部的统治更为长久。1514年，东察合台汗的王室塞依德建立叶尔羌汗国（1680年灭于准噶尔）。几乎同时，同出于察合台王室的羽努思汗建立吐鲁番汗国。
叶尔羌汗国王陵
叶尔羌汗国是察合台汗国的延续，在兼并了吐鲁番汗国后，其统治了包括塔里木盆地、吐鲁番盆地的广阔地区，而明朝势力早已退回嘉峪关内。
叶尔羌汗国时期，维吾尔文化基本定型，蒙古文化、畏兀儿（即回鹘）文化、中亚文化融为一体。
阿曼尼莎汗像
拉失德汗，叶尔羌汗国的第二代统治者，对文学与艺术的发展极力扶持。拉失德的王妃阿曼尼莎汗，在他的支持下与宫廷乐师玉素甫•柯迪尔汗整理木卡姆组曲。这一组曲遗留下的十二章在改编整理后，成为了著名的《十二木卡姆》。
从喀喇汗王朝到叶尔羌汗国，回鹘文化与西域绿洲文化、阿拉伯与波斯文化、蒙古文化和汉族文化不断碰撞、交流、融合，最终形成了璀璨的维吾尔族文化，为中华文化添上了光彩夺目的一笔。
木卡姆组曲演奏图
补充：
秃黑鲁铁木尔的小儿子，黑的儿火者，于1388年即位为东察合台汗，建都别失八里（今新疆吉木萨尔，即唐代的北庭），之后，他发动“圣战”，征服了佛教占统治地位的土鲁番地区，强迫那里的回鹘人信奉了伊斯兰教。黑的儿火者于1399年去世。
1418年，黑的儿火者之孙歪思即位为东察合台汗，迁都亦力把里（今伊犁伊宁）。
明帝国遂称东察合台汗国为“别失八里国”，或者“亦力把里国”。
1468年，歪思汗次子优努斯汗即位，他是伊斯兰教大师，在他的努力下，以奥斯曼帝国为首的各穆斯林国家的君主，承认蒙兀儿人为伊斯兰教的成员。蒙兀儿人遂渐渐融入维吾尔人之中，这是维吾尔发展过程中又一比较重要的事件。
1487年，优努斯之子艾哈迈德即位为东察合台汗，他与其子曼苏尔，长期对明帝国控制的哈密进行争夺，终于使其成为伊斯兰教地区。
也就是说，大约十世纪时，喀喇汗朝使得新疆西部和新疆南部伊斯兰化，十五世纪时，以黑的儿火者、艾哈迈德、曼苏尔等人为首的东察合台汗国，又使得新疆东部伊斯兰化了。
十五世纪末，来自南乌拉尔的术赤后裔昔班尼，率领其乌兹别克人，于1500年攻陷布哈拉，1501年攻占撒马尔罕，占领河中，结束了铁木尔帝国余部，建立乌兹别克汗国，建都撒马尔罕。
乌兹别克汗国还击败了东察合台汗国，东察合台汗国因此一蹶不振，于1508年灭亡，此后，位于蒙古草原西部的瓦拉蒙古人，亦即西蒙古人，趁机西进，占领了天山北路。
之后，东察合台后裔在今新疆南部建立叶尔羌汗国，在今新疆东部建立土鲁番汗国，继续巩固伊斯兰化成果。
在推行伊斯兰化的过程中，东察合台汗与伊斯兰教教职人员密切配合，支持伊斯兰教的社团组织，对不愿改宗伊斯兰教的民众进行镇压，流放佛教僧侣，拆毁佛寺，焚烧佛经，用刑罚迫使人民改信伊斯兰教，遵守伊斯兰教法教规。至十六世纪，伊斯兰教在新疆西部、南部、东部，确立了统治地位，成为维吾尔族全民信仰的宗教。
但是，还有一个大问题，自明中期开始，新疆北部，亦即天山北路，一直在漠西蒙古手中，一直信奉喇嘛教，并且，漠西蒙古一直非常强大。直到两个多世纪之后，这个大问题终于解决了，1757年，满清乾隆发兵攻灭了漠西蒙古的强国准噶尔汗国，准噶尔汗国先后四代人，前赴后继，与满清搏斗，至此终于被灭，并且准噶尔人被满清斩尽杀绝，伊斯兰教北进的强大障碍消除，天山南路的伊斯兰势力遂大举北上，天山北路，亦即新疆北部，也被伊斯兰化了。
在清军灭了天山北路准噶尔汗国之后，原先被准噶尔汗国扣押的穆斯林领袖人物大和卓、小和卓得到释放，他们回到天山南路，之后，他们很快聚众造反，企图独立，于是清军又于1758年到1759年进行了平定天山南路之战，大小和卓被杀，客观地说，对于穆斯林造反，清军还是很努力地进行镇压的，但是，从总的趋势来看，信奉喇嘛教的西蒙古准噶尔汗国被灭，直接导致了天山北路的伊斯兰化，这一点，是不争的历史事实。