西藏是蒙古汗国时期主动投诚的，1244年，西藏各教派公推萨迦·班智达作为西藏各教派的代表，从后藏不远千里来到凉州商谈西藏归属问题。此时的萨迦·班智达深知，从吐蕃帝国瓦解后的青藏高原已经持续了400多年的分裂割据，根本就无力对抗日益强大的蒙古汗国。再加上萨迦·班智达对蒙古在西夏以及金国等地区实施的大屠杀等早有耳闻，所以萨迦·班智达为了西藏的前途，决定归附蒙古。

1247年，萨迦·班智达和蒙古宗王阔端在凉州举行会晤，二人就西藏归属蒙古等关键性问题达成共识。会谈后，产生了《萨迦·班智达致蕃人书》这一历史性文件。《萨迦·班智达致蕃人书》一出，“卫藏之僧人、弟子和施主等众生阅读了此信件后，无不欢欣鼓舞”。阔端以和平谈判方式解决问题，标志着西藏正式纳入中原王朝版图。西藏纳入中原王朝版图后，后世将这一成果继续巩固，并取得了重大成果。

1271年，忽必烈建立元朝。而在其建立元朝前，就对西藏开始了有效治理。具体表现为：实施帝师制度、宣政院制度和政教合一制度。其中，帝师制度是指忽必烈委任吐蕃萨迦派的八思巴喇嘛为“帝师”，这一制度在其后的元朝皇帝身上得到了继承，密切了元朝和西藏的关系。1264年，他建立总制院，管理吐蕃事务，并监督政府与僧人之间的关系。八思巴喇嘛成了这个新机构的总领。

1288年，总制院改称宣政院，管理青藏高原全境，另外，通过对藏传佛教的扶持，忽必烈开始接受佛教，元朝开始走向“政教合一”，忽必烈得到了西藏宗教界的衷心拥护，元朝对西藏的统治更加深入。忽必烈时期，在青藏地区进行人口普查，建立站赤系统，为青藏地区设计了一个税收体系和兵役体系。并且在西藏驻军和派驻官员。可以说元朝对西藏的统治是有效而深刻的！

明朝驱逐元朝后，继承了对西藏的统治权，但很遗憾，明朝没有对西藏进行实质上的统治。朱元璋时期，在西藏地区设置了乌斯藏都司以及朵甘都司统治西藏地区，下设宣慰司、招讨司、万户府、千户等一系列机构，还通过封西藏宗教领袖的形式笼络西藏上层人士。但是明朝所设立的一系列职位，授予对象都是西藏本地人，明朝自始自终没有在西藏驻军，这意味着西藏自始至终都只是名义上臣服于明朝，明朝并没有实际统治西藏。

1716年，准噶尔部首领策妄阿拉布坦声以保护西藏黄教的名义，派遣大策凌敦多布率6000人自新疆南下进攻西藏，很快占领拉萨。接到情报的康熙皇帝随即派出军队进入西藏，但很快遭遇败绩。1718年，康熙派皇十四子胤禵带兵进藏，于1722年成功驱逐准噶尔，收复西藏。

清朝收复西藏后，采取收民心、派驻军、改制度等多种形式，恢复了达赖和班禅制度，确立了清朝对西藏的统治。1724年，雍正皇帝收复青海。1727年，清朝在西藏设置驻藏大臣，标志着清朝在西藏统治的加强。1792年，乾隆皇帝在西藏设置“金瓶掣签”制度，西藏的统治和管理更加完善。