汉魏之际，曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆为名法之治而重道德名节，从而影响了整个时代。在思想理论上，体现道法结合的刑名之学曾一度占据主导地位。

　　魏晋之际，道法的结合逐渐趋于破裂，以道家思想为骨架的玄学思潮开始扬弃魏晋早期的名法思想，转而批评儒法之士。这样，魏初在道法结合的基础上形成和发展起来的玄学进一步得到强化。

　　西晋后期，玄学思潮同极端发展，至此，玄学所主张的放达，无论从理论上，还是从行为上，都对封建政权构成破坏瓦解的作用，故引起玄学内部及儒家学者的不满，从而掀起对道家和玄学的批判思潮。

　　东晋时期，佛教的流行，特别是般若学的发展，在很大程度上是借助于道家、玄学的思想、语言及方法，故出现玄佛合流的趋向。因此，这一时期的儒家学者，除继续批判道家、玄学外，又以儒家的入世主义和人文传统批评佛教。他们站在维护儒家名教的立场上，分别从经济、政治、思想、文化、伦理等方面清算佛教的影响，力图恢复儒学的正统地位，但都缺乏足够的理论系统和创造性。

　　南北朝时期，在思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛道二教继续发展。佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面。儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。

　　尽管魏晋南北朝时期中国文化的发展趋于复杂化，但儒学不但没有中断，相反，却有较大发展。孔子的地位及其学说经过玄、佛、道的猛烈冲击，脱去了由于两汉造神运动所添加的神秘成分和神学外衣，开始表现出更加旺盛的生命力。就魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒不始终处于正统地位，佛道二教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。

隋唐对孔子的评价

　自南北朝以后，迄于隋唐，佛教盛炽，儒学统治地位受到严重挑战。

宋元对孔子的评价

　　宋元时期对孔子的评价总体上是对孔子推崇备至，进一步把孔子神化，用孔子的神圣光环和纲常伦理来维护其封建统治。

　　宋元时期，中国结束了晚唐以来近百年的分裂割据局面，确立了以官僚地主阶级为支柱的专制主义中央集权制。宋元时期的哲学运动以更典型的形式表现了中国中世纪哲学思维的特点及其逻辑发展的曲折。从以前儒教、佛教、道教相互攻伐到相互吸取，由三教鼎立到三教合流，从而产生了宋元时期十分精致的官方哲学：以儒家纲常伦理为核心内容，以精巧的哲学学说为理论基础，吸取佛老思想营养而建立起来的理学唯心主义。

　　孔子学说是理学的理论基础，因此孔子本人的形象在宋元时期作为至圣先师也被塑造得更加完美与高大，无论是皇家朝廷，还是学林名流，对孔子都极力颂扬，对孔子的学说也极力阐发光大。

明代对孔子的评价

　　继宋元之后，明代理学发展到一个新阶段，心学极盛。与之同时，还出现了与之对立的所学。呈现理学、心学和气学三大思潮鼎立的局面。三者对孔子及其学说亦各自有其阐发和评述。

清代对孔子的评价

　　在清朝时代，孔学由盛而衰。论孔者依时代之不同而歧见纷呈，其要者有：

1.治统、道统合一论；

2.朱学即孔学论；
以孔学批评理学；

3.以孔、孟之学批评君主专制；

4.“经学即理学”论；