然而现实证明太虚的想法太过乐观。如佛教弘誓会，本拟以宁波观宗讲寺为本部。然时任方丈的谛闲，“雅不愿寺有佛教弘誓会，诤议时生，式海、静安、玉皇等相率离去。观宗寺遂成台宗法派门庭，住持进退，不复受佛会选任。”3太虚主改剃派、法派为佛教公有，谛老主改佛教公有为法派，二人间之异议自此始。
政治上封建逆流的反扑，对佛教改革运动更是致命的打击。“民国四年，由预备帝制自为的袁世凯公布内务部所制寺庙管理条例三十一条，明令取销了佛教会，全国便没有佛教改进运动可言。”4
太虚在普陀关中反思深造，集成佛教革新的理论。他对佛教制度改革的思考，凝结为《整理僧伽制度论》和《人乘正法论》。太虚认为，中国传统的丛林和小庙的僧制，是适宜于帝制时代而由僧伽律仪演变而成；一入民国，必须相应于共和的政制而有所修改。《整理僧伽制度论》附有组织在家佛徒的《佛教正信会纲要》。其要旨为实行人乘正法的理论，使在家佛徒对佛法由真正的理解，而起正确的信仰──对三宝起清净的信德，明因果业报，实行五戒十善。这不仅应用于个人，而且应用于家庭乃至社会国家之间，建立人与人间的道德能力，以这道德能力改造社会国家，构成佛化的伦理、政治、经济的新社会。所以，佛教正信会是以普遍广泛的人群为对象，依着大乘菩萨精神构造的居士组织。
《僧制今论》
《建设现代中国僧制大纲》
民国十七年，太虚游化欧美期间，内政部长薛笃弼订立了管理寺庙条例二十一条，企图以庙产全部充办社会公益。
在佛教生死存亡关头下，佛徒匆忙集合起来，勉强成立了中国佛教会。中佛会呈请取销内政部的管理寺庙条例，改由立法院另议条例。然立法委员大都认为佛教是封建迷信的遗物，怀让其自生自灭之意，制定了寺庙监督条例。民国十九年，内政部的管理条例被取销。新的监督条例一方面将佛教原有的习惯保存，一方面责令兴办社会慈善事业。
同时，庙产兴学运动仍热烈进行着。中央大学教授邰爽秋等发表宣言，成立庙产兴学运动促进委员会。案经国民党第三届第四次全体会议议决：“本案经教育组审查，认为应送政府，发交教育部，会同内政部及古物保管委员会，妥拟办理。”僧众在监督条例保障之下，仍惶恐不安。
民国二十年，中国佛教会召开扩大的代表大会。太虚拟就保护寺产的提议，由班禅所派代表在国民大会上提出，获得通过，送由国府主席蒋介石公布施行。内中有云：“凡寺产任何机关团体不得侵占，如有侵占，即以法律制裁。”
庙产兴学无形打消，一般寺僧对于佛教会的事业便不再积极进行，中佛会内部遂生障碍。太虚对佛教会极为失望：“当时察知仅为保持寺产之集团，本不愿就职，然尚冀由维护而渐规兴革；委顺曲协，挈携偕进。荏苒两年余，以至今日，乃知此保持寺产集团，不惟无整理僧制、振兴佛教之望，且有最近暴露其实以整理僧制、振兴佛教为雠敌者，则余不应再空耗其精力于中国佛教会，故特郑重声明退出，以明今后之责。”1会中虽仍列太虚名字，但他从此不再预闻会务。
出于对传统僧制的绝望，太虚乃重新议订新的建僧计划。此即《建设现代中国僧制大纲》，简称《建僧大纲》。
《大纲》认为，以前所提整理僧伽制度论、僧制今论、佛寺管理条例等，都企图根据原有的僧寺制度而改革，然而在事实上、环境上，都难以通行。故谓，“现代的僧，当然要依现代的时势所宜，而不必泥用古代僧制。”精取慎选少数有高尚僧格的，制成三级僧制：一、学僧制，亦名比丘僧制。二、职僧制，亦名菩萨僧制，从事布教及办理慈善文化教育等事业。三、德僧制，亦名长老僧制；此宜行于山林茅蓬。太虚后来提出，原有僧众中，既不能作学僧，也不能当职僧者，索性将他淘汰，年老及残废者安置于养老院、残废院。无信心、无戒、无行者，即迫令还俗，设工厂、农场收容。
此论对前议《整理僧伽制度论》等颇有修正。僧数剧减至四万许，亦不依据各宗寺院，《僧制今论》之服劳众亦弃而不论。印顺认为：“盖取法于西洋神教之僧制”。2根据太虚自己在《建设现代中国佛教谈》中的解释，《建僧大纲》僧制改革构想主要还是基于中国佛教特点，参照日本、西藏、锡兰等地教制而产生的。
《菩萨学处》
1940年，太虚出访南亚五国，回国后曾讲《从巴利语系佛教说到今菩萨行》，对锡兰佛教在社会中的实践激赏为“大乘行”。他认为锡兰佛教虽传小乘教理，却能使人民普学三皈五戒，举国信行人天善法，佛教成为人民的宗教；并广作社会慈善、文化、教育等利益国家社会的事业，表现佛教慈悲博济的精神。太虚痛感，中国佛教说在大乘而行如小乘，症结盖在僧制。太虚遂产生建立一个“菩萨学处”作为改进中国佛教的模范道场的思想。2
太虚想建设的菩萨学处略分以下次第：对三宝尚无正信和正见的徒众受结缘三皈。对佛教已有正当的了解和信仰的知识份子受正信三皈。受五戒及短期八关斋戒者为五戒信众。由五戒后或可直接发起菩提心、受菩萨戒为在家菩萨；或可进入出家阶级，作沙弥、比丘，受十二年的教育而成为出家菩萨。在家菩萨，终身在家实行六度四摄固宜；若经过二十年以上来出家，可适用宝华山般的传戒仪式，五十三天中受完沙弥、比丘、菩萨的三坛大戒，顿成出家菩萨。出家菩萨自有其集团制度。更有已具德行、已成菩萨者，统理菩萨学处在家菩萨、出家菩萨之事业。菩萨学处以六度、四摄为行之纲领。具体来说，出家的可作文化、教育、慈善、布教等事业；在家菩萨从事农、工、商、学、军、政各部门的工作，领导社会作利益人群的事业。