杨氏认为，生当末法，人们已不能像佛陀当世诸弟子一样地当世证道。若要解脱轮回，则勤修净土，先求得不退转之境，是最佳途径。“惟有净土横超一门，是至捷至妙之法也”（《与冯甫华书》），他说：
如来设教，万别千差，末法修行，难进易退，有一普度法门，速成不退，直趋佛果者，即念佛往生净土法门也。
（《般若波罗密多会演说》）
更有净土一门，不假勤修，不废俗谛，一念净信，顿抄彼岸，可谓方便中之大方便，直捷中之最直捷矣。（《三身义》）
在他看来，净土一门，法门博大，并不限于钝根之人始能修持。他说﹕
净土一门括尽一切法门，一切法门皆趋净土一
门，此是纯杂无碍，利根上智所行之道也。（《与李澹缘书》）
杨文会不但自己深信净土，而且还“老婆心切”地劝人归向净土。他说：
坐禅一法，只能专修，与劳动之事，两相违背，纵修亦不得力。念佛法门，则时时可行，其得力甚速也。……惟有念佛一门无论作何事业，皆可兼修，且收效最速，一生净土，即登不退地也。（《与吕勉夫书》）
此时学佛法，不能求证道，若求证道，反遭魔障，但须专念弥陀，求生净土，舍报之后，不受轮回。（《与廖迪心书》）
尽管如此，杨文会对日本净土真宗却并不完全认可，且多有驳异。在他看来，日本真宗与净土宗义不合处颇多。
首先，在杨氏看来，夫菩提心为净土正因，古来阐教大士，莫不以佛经为宗，横说竖说，皆不违经旨，而日本真宗却唱言舍菩提心，实为南辕而北其辙也。他说：
佛由菩提心成，犹之饭由米成。今欲吃饭而不准用米，试问可的饭乎？今欲念佛而不准发菩提心，试问可见佛乎？佛者，究竟菩提也；舍菩提心，则无由的佛，犹舍米无由的饭也。（《杂评》）
其次，杨氏认为，考经中佛说云云，平心论之，虽以他力为所信，仍以自力为能信也，而日本真宗纯提他力，完全忽视自力，只述“易行道”，扫除“难行道”，显然与佛陀本意不合，与经意大相违背。他说：
我辈笃信他力，仍不废自力，诸经之公义也。公等单说他力，不许稍涉自力，黑谷之私见也。欲树一家之门庭，废千佛之正轨，吾不知其可也。……贵宗不能合于经义，即此固执之病也。以凡夫情量判如来圣教，远之远矣！
……贵宗以十八愿为宗本，判第十九愿为本意，则佛有违心之语。故取一愿令人专修可也，贬诸愿谓非佛意不可也。（《杂评》）
第三，在他看来，日本的净土真宗之所以“变调”，与中国莲宗判然分二途，关键在于真宗断章取义，对佛经任意废弃。他说：
释迦如来，说法度生，流传经教，普应群机。净土真宗，断章取义，直欲举三藏教典而尽废之，岂不孤负佛恩哉。（《与日本后藤葆真书》）
南条之意，欲将本宗教旨，译布天下万国，美则美矣，而未尽善也。夫所谓断章取义者，果与全经意旨不相违乎？若与全经不相违，则不得谓之断章取义。若相违，则不得谓之释迦教，则谓之黑谷教矣！（《阐教刍言》）
对于日本净土真宗违背经意之举，杨文会大有“是可忍，孰不可忍”的感觉，甚至认为日本佛教之衰始于净土真宗1。为此，他愤而叹言：
颠倒说法至于至极，如师子身中虫，自食师子肉。故知佛法非外人所能破也！（《杂评》）
杨文会之所以如此“苦口婆心”，一则是对佛法的慎重，大有卫护“正法”的意味；二则是站在民族主义的立场上，警惕日本借助佛教对中国的渗透以达到扩张的企图。他说：