《大乘起信论》是马鸣菩萨所造(不过也有人认为是后人伪托)，以“一心开二门”总括了佛教大纲。在中国佛教史上，《大乘起信论》受到了广泛的引用和推崇，是中国佛教的理论基础之一。不过，杨文会对《大乘起信论》的推崇却已远远超出了一般所谓的重视，而是一种信仰和尊重。遍观杨氏全部遗着，被他称赞最多的佛书就是《大乘起信论》。
有马鸣菩萨所作起信论，文仅一卷，字仅万言，精微奥妙，贯彻群经，学者苟能熟读深思，如法修行，从十信满心，得六根清净……与十方诸佛，无二无别也。（《三身义》）
大藏教典卷帙浩繁，求其简要精深者，莫如起信论。（《会刊古本起信论义记缘起》）
鄙人常以大乘起信论为师。（《与郑陶斋书》
杨文会甚至以《大乘起信论》为本经建立了一个佛教宗派“马鸣宗”，“仆建立马鸣宗，以《大乘起信论》为本”。（《与李小芸书》）尽管这个“马鸣宗”在中国佛教史上鲜为人知，既不象禅宗、净土宗那样有声有势，也不象华严宗、天台宗那样有完备的理论体系，实际上它也缺乏有效的宗教组织系统，充其量只是个“准佛教宗派”而已，但是，通过“马鸣宗”的建立，无疑彰显了《大乘起信论》，大大地提高了它在中国佛教史上的地位1。二十世纪二三十年代，那场《大乘起信论》真伪的大论战，可以说是由他间接促成的，纵然杨氏尊崇《起信论》不是促成“论战”的主因，但是，至少也是一种助缘。
禅宗自六祖慧能之后，宗风大振，于诸宗中，大有一枝独秀之势。但是，却有不少学者认为，“佛法之衰，实由禅宗”。对此，杨文会深有同感2，对禅门宗风颇致不满。他说：
支那境内，禅宗一派空腹高心，西来大意几成画饼。（《阐教刍言》）
慨自江河日下，后后逊于前前。即有真参实悟者，已不能如古德之精纯，何况杜撰禅和，于光影门头，稍得佳境，即以宗师自命，认贼为子，自误误人。（《十宗略说》）
今时禅侣，未开正眼，以宗师自命，扫除经教，轻蔑净土，其不损善根而招恶果者几希！（《与陈仲培书》）
禅门扫除文字，单提“念佛的是谁”一句话头，以为成佛作祖之基，试问三藏圣教有是法乎？（《佛学研究会小引》）
近代根器浅薄，动辄以禅宗自命，究竟旨趣，茫然无知。（《答释德高质疑十八问》）
若欲除却禅门之病，须先通佛教教义，研读佛家经论。他说：
坐禅之法，门径甚多……若空心静坐，默照邪禅，解是外道禅也，离佛法悬远。僧徒学禅，必揣其根器利钝，于出世四种禅，随宜学习；不依古法，能透禅关，无有是处。（《答释德高质疑十八问》）
在杨氏看来，如果研习通达《起信论》、《楞严》、《唯识》诸书之后，再去阅读禅宗语录，始能处处有着落。
在回归原典以指导实修时，杨文会尤其重视唯识法相之学，认为斯学能矫正禅门之病。他说：
以五位百法，摄一切教门。立三支比量，摧邪显正，远离依他及遍计执，证入圆成实性。诚末法救弊之良药也，参禅习教之士，苟研习此道而有得焉，自不至颟顸佛性、笼统真如。（《十宗略说》）
至于唯识法相之学，自从唐朝玄奘、窥基光大斯学之后，唐中叶以来，唯识宗即告没落。数百年来，真能认识斯学之价值者，可谓屈指可数。杨氏不拘拘于净土、华严，对唯识学颇为推崇，誓愿精研唯识一门，以续千年之坠绪。他说：
……专心研究因明唯识二部……不至颟顸笼统，走入外道而不自觉，实振兴佛法之要门也，切于净土道理深为有益。盖净庄严土，总不离唯识变现也。（《与桂伯华书》）
正是杨氏对唯识学的推崇备至，对《唯识》古本的搜寻整理，后来的唯识学研究才有了坚实基础。为此，欧阳渐在《杨仁山居士传》中，这样说到：“明末诸老，仗宗镜研唯识，以故相宗八要诸多错谬，居士(指杨仁山)得唯识述记而刊之，然后圭臬不遗，奘、基之研讨有路。”
二十世纪佛学之复兴，实有得于居士、学者、寺僧于法相唯识的探赜索隐。其中，杨文会推动在前，欧阳渐、太虚等人助浪在后。杨氏之所以成为近代唯识学思潮承前启后的奠基者，亦实因是。