五十七岁时，大师示疾，遗命身体火化，屑骨和粉，分施水陆禽鱼，以结往生西方之缘。跏趺而坐，面西念佛，举手而逝。
圆寂三年后，门人如法荼毗。启龛，见大师趺坐巍然，发长覆耳，面貌如生。火化后，牙齿俱不坏，与鸠摩罗什大师的舌相不坏，同一征信。门徒们不忍遵从遗命，便奉灵骨，建塔于灵峰。
蕅益大师著述宏富，凡四十余种。净宗著述主要有《弥陀要解》、《灵峰宗论》以及大师亲选的《净土十要》等，都是净业行人修学的经典之作。
2.思想
蕅益大师的佛学思想淹贯宏富，兹仅以大师的净土思想，略标为三：
⑴
念佛即圆顿心宗
大师倡禅教律三学一源之说，三学之结穴归根则在念佛一门。念佛三昧名宝王三昧，三昧中王，凡偏圆权实之种种三昧，无不从此三昧中流出，亦无不还归此三昧门。净宗念佛法门圆顿之要旨，体现出广度利钝众生的善巧方便。
当时有卓左车居士以崇禅抑净之心，投书问难于大师：“如何是念佛门中通身入理向上一路，直踏毗卢顶上行作略？如何是学人初下手时便离四句、绝百非念佛？如何是念佛人最后极则淆讹处脑后一锤？从来宗门语句，壁立万仞，一涉净土，定属廉纤。冀和尚将向来自性弥陀、唯心净土等语，撇向一边，亲见如来境界，快说一番，震动大千世界。”大师答言：“向上一著，非净非禅，即禅即净，才言参究，已是曲为下根。果大丈夫，自应谛信是心作佛，是心是佛。设一念与佛有隔，不名念佛三昧；若念念与佛无间，何劳更问阿谁？……净土极则事，无念外之佛为念所念，无佛外之念能念于佛；正下手时，便不落四句百非，通身拶入；但见阿弥陀佛一毛孔光，即见十方无量诸佛；但生西方极乐一佛国土，即生十方诸佛净土，此是向上一路。若舍现前弥陀，别言自性弥陀；舍西方净土，别言唯心净土，此是淆讹公案。经云：‘三贤十圣住果报，唯佛一人居净土’，此是脑后一锤。普贤十大愿王，导归极乐，谁敢收作权乘？忆佛念佛，不假方便，自得心开，谁谓定属廉纤？但能深信此门，依信立愿，依愿起行，则念念流出无量如来，遍坐十方微尘国土，转大法轮，照古照今，非为分外，何止震动大千世界而已。”答语明快犀利。
大师回答弟子恭请心要之问，答云：心要莫若念佛。念佛心即是佛。是故念一声，有一声佛名显现；念十百千万声，有十百千万佛名显现；而不念时便寂然。念性既是缘生无性，则无性不碍缘生。倘不念佛，正恐又生种种杂念；纵不生杂念，亦恐堕在无生窠臼。故必以佛号生我之念，使我念念不离佛号，此乃心外无佛，佛外无心；是心作佛，是心是佛。果如此信得及，直下念去，则诸佛出广长舌相以证之。若人专念阿弥陀，号曰无上深妙禅。至心想像见佛时，即是不生不灭法。金口诚言，可不信哉！
大师从“一即一切”的圆顿理念出发，判言念佛法门乃总持一切的妙法。《示念佛法门》云：“岂知念得阿弥陀佛熟，三藏十二部极则教理，都在里许；千七百公案向上机关，亦在里许；三千威仪，八万细行，三聚净戒，亦在里许。真能念佛，放下身心世界，即大布施；真能念佛，不复起贪瞋痴，即大持戒；真能念佛，不计是非人我，即大忍辱；真能念佛，不稍间断夹杂，即大精进；真能念佛，不复妄想驰逐，即大禅定；真能念佛，不为他歧所惑，即大智慧。”这段文句与莲池大师的“一句阿弥陀佛，赅罗八教，圆摄五宗”之说，同一韵致。
⑵
淹贯诸宗，会归净土
大师注重行解相资，一生精进修行之余，前后阅律藏三遍，大乘经两遍，小乘经及大小论、两土撰述各一遍，撰《阅藏知津》、《法海观澜》二书，用作后世众生涉猎佛典之指南。其《大病中启建净社愿文》云：“敬就灵峰藏堂，邀同志法侣……和合一心，结社三载。每日三时课诵，称礼洪名；二时止静，研穷大藏。教观双修，戒乘俱急，愿与法界众生，决定同生极乐。”由上可证知大师淹贯诸宗，会归净土之特色。
大师以此自行，亦以此化他。开示学人：圆顿行人，通达万法，圆悟一心；自行则无惑不破，化他则无机不接。欲遍通一切法门，虽三藏十二部，言言互摄互融，然必得其要绪，方能势如破竹，应以《华严经》、《法华经》、《首楞严经》、唯识宗为司南；而要通达这些经典，又须藉天台智者大师、华严贤首大师、法相窥基大师的诠释为准绳，融会贯通，并会归于净土。以此开解，即以此成行，教观齐彰，禅净一致，卓绝千古。大师这一思想，遥接慈愍三藏、永明大师之遗响，善巧导引他宗行人皈投净土，同时亦强固专修净业者的信心。
⑶
严持戒律，专志求生
大师目睹当时律学多讹，禅徒空腹高心，不重视戒律，遂以弘律自任。撰述《重治毗尼事义集要》、《梵网合注》等。作《五戒歌》云：“受戒易，守戒难，莫将大事等闲看。浮囊渡海须勤护，一念差池全体残。理胜欲，便安澜，把定从来生死关。任他逆顺魔军箭，凛凛孤怀月影寒。……三皈五戒果精明，观音势至为师友。”
大师对戒律的持犯开遮有甚精深的理解，并身体力行，严于解剖自己。每自谓躬行多玷，不敢为人作师范。曾于安居日，燃顶香六炷，设阄佛前，问堪作和尚否？乃至当退居菩萨沙弥优婆塞否？得菩萨沙弥阄，遂终身不为人授戒。
据大师弟子成时记载，成时法师始晤大师，大师一日对成时说：“吾昔年念念思复比丘戒法，迩年念念求西方耳。”成时法师听了大骇，谓何不努力恢复佛世芳规耶？久之，始知大师在家发大菩提愿，出家一意宗乘，径山大悟后，彻见近世禅者之病，在绝无正知见，非在多知见；在不尊重波罗提木叉，非在著戒相。故抹倒禅之一字，努力以戒律教观匡救，尤志求五比丘如法共住，令正法重兴。后决不可得，遂一意西驰。冀乘本愿轮，仗诸佛力，再来此土兴隆佛法。至于随时著述，竭力讲演，皆聊与有缘众生下圆顿种，非法界众生一时成佛，直下相应，太平无事之初志矣。
由此思路一转，大师晚年可谓专修专弘净业了。《自像赞》中，大师自况：“不参禅，不学教，弥陀一句真心要。不谈玄，不说妙，数珠一串真风调。由他讥，任他笑，念不沉兮亦不掉。昼夜称名誓弗忘，专待慈尊光里召。悬知莲萼已标名，请君同上慈悲。”念佛矢志净土的目标确定，亦假之以忏悔自讼，洗濯心垢，藉此惭愧种子，方堪送想乐邦。大师以身说法，感人至深。五十六岁时示疾，曾寄钱牧斋书云：“今夏两番大病垂死，季秋阅藏方竟。仲冬一病更甚，七昼夜不能坐卧，不能饮食，不可疗治，无术分解，唯痛哭称佛菩萨名字，求生净土而已。具缚凡夫损己利人，人未必利，己之受害如此。平日实唯在心性上用力，尚不得力，况仅从文字上用力者哉？出生死，成菩提，殊非易事，非丈室谁知此实语也。”大师示疾，抛却己分，专仰佛力济拔，对自负高慢者，亦不啻当头棒喝。
大师《病间偶成》有“名字位中真佛眼，未知毕竟付何人”之句，表明大师虽自谦是烦惑未能伏断的名字位凡夫，然则大彻大悟，知见与佛齐等，以肉眼作佛眼用，其诸著述言说，皆可考诸佛祖而俟百世，故堪作末法之慧炬，导引众生出离生死苦海。