中国伊斯兰的教派分化，出现于十七世纪末、十八世纪初。也就是说，在此之前一千年只有逊尼派。什叶派，虽在伊朗占90％、在伊拉克占60％、在印度占25％、在巴基斯坦占21％、在阿富汗占15％，可是在中国只有1％左右，且主要集中在新疆。故中国可以说只有逊尼派。所有教派，亦可说只是逊尼派内部之分支。中国逊尼派内部的分支，细说也只有两派，即传统派与强调修道的苏菲派。

所谓传统，是说他们遵奉五功，以念（念清真言）、礼（礼真主）、斋（斋戒）、课（课施财帛）、朝（朝觐麦加）为修持方法。可是修道派认为这些均只是形式性的，称为教功教乘、而非道功道乘。

道功道乘须强调内心修养，这种观念及修行法，称为苏菲。这个词，本意指羊毛，修道人不饰边幅，多穿一袭羊毛，故有此称，亦有顺命、坚忍、守贫之意。这个教派，在明代中期以后才传入，迅速得到发展，我认为是基于底下两个因素：一是佛教的启发，二是门宦制度的需要。

教乘与道乘的区分，其实甚类似佛教「教下」与「宗门」之分，禅宗批评教下佛教依经传、饰外行，而自诩明心见性，受到社会的欢迎，这样的历史显示了中国社会对修行人有重内心修持的期待，苏菲派之传入符合了这样的期待，也运用着同样的策略，区隔出了市场，

门宦制度，则是中国伊斯兰特有之制度，出现于清初。所谓门宦，意即指其採取中国巨族门第制度之意。门宦的头领，为其教民的领袖，犹如族长，族内归其统治，採嫡长子继承制。教徒对族长教主行跪拜礼，类如封建家族或邦国。这本来是不合乎伊斯兰教义的。该教不拜偶像，也不拜活人，只崇奉真主，更无门宦制度。故只能说这是明清间伊斯兰教徒人数扩增之后，结合中国传统封建体制形成的新教团制度。对清政府来说，此一制度亦便于它对回教的管理。因此，门宦制颇受清政府支持。

门宦的主持者当然不需要安贫修道。但鼓励其教民安贫、守分、顺命、坚忍、修道，却颇为必要。这也是为什么所有门宦都是苏菲派的缘故。

中国伊斯兰之所谓教派，大别仅是如此。在这个大区分底下，派别之分，其实甚为琐末。从我们教外人看来，有时甚至会觉得非常可笑。例如四大门宦中，哲合林耶创于干隆时，主张高声念。虎非耶，创于雍正时，主张低声念。嘎的林耶，康熙十三年来华，又主张念不重要。逊尼派的伊合瓦尼，则主张不要聚众念，一人念就好。河州地区，为了先礼拜后开斋，还是先开斋后礼拜，也在干隆间分化成开前（如花寺门宦）开后（如格迪目）两派。此外，如为亡者行葬礼时，因回教是站着葬，葬时要不脱鞋？在洗亡人时，是否在亡人身旁念《古兰经》的第二十章〈塔哈章〉？念〈塔哈〉是否可使亡人避免蟒蛇？是否人断气后，先举行传香炉的仪式，用香转水床一周，再将亡人移至水床之上去洗，还是先洗亡人并将其装入匣中之后再转香炉？亡人在生前撇欠斋拜，无法还礼，是用转经的办法还是用转钱的办法去补其所欠斋拜的罚金数目？坟坑内是否可以用书写经文的围坑布？能否在亡人尸体上放护胸「都阿」（祈祷词）？亡人亲属能否穿孝服、勒孝带、带黑纱？可否在亡人去世的当天及殡埋后的七日、四十日、百日、周年等办纪念活动？又如，礼拜中的一个仪式是坐定，这时要念作证词，念作证词时要不要举右手食指来表示认主独一？接「都阿」后是抹一次脸还是抹两次脸？是否应强调男穆斯林留鬍鬚，女穆斯林必须戴盖头？……种种争论，也都形成教派间的分歧。

因此，总体说来，中国伊斯兰之特点不在教派而在教制，即门宦制度；教派之分也不在教义而在教法。

而教法之分也只是琐屑的，大原则上并无大差别。例如以伊斯兰历九月为斋戒月、男女戒一月，禁食、禁房事。食时，血、猪、自死、勒死、捶死、跌死、斗死、野兽吃剩之物，或未奉阿拉之名而杀之物，均不得食。此外，禁饮酒、吸烟、禁赌、禁拜神像、也禁求籤。丧葬时，以静（不哭、不拜），净（洗净、穿尸衣），速（早亡午葬），薄（俭葬），土（不火葬、不水葬），站（面西而立，埋入）为原则，都是各教派一併遵守的。