道教在新疆的复兴情况与佛教大体相同。它也是随同内地官兵、商贾和百姓的到来而得以复苏的。由于当时进入新疆的军民以信仰道教者居多，所以道教在新疆取得了比佛教更大的发展。

当时，大型的道教宫观虽然不是很多，但是带有我国多神崇拜传统的道教建筑，如万寿宫、关帝庙、龙王庙、城隍庙、娘娘庙等等，却遍布天山南北，数量之多仅次于伊斯兰教的清真寺。据《三州辑略》记载：乌鲁木齐及周围地区的道教宫观很多，如万寿宫、关帝庙、城隍庙、文昌宫、龙王庙、真武庙、文昌庙、魁星阁、财神庙。巴里坤会宁城有万寿宫、关帝庙；汉城有万寿宫、城隍庙、关帝庙等等，多达百余座。由此不难看出，道教在北疆地区发展之迅速。

道教不仅在北疆地区迅速传播，在南疆地区也取得了空前的发展。据《回疆通志》记载，在喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔、吐鲁番、哈密等地，都建有万寿宫、关帝庙。有些地方还同时建有其他的道教庙宇，如乌什除万寿宫、关帝庙外，还有山川社稷坛、马祖殿、火神殿各一座；哈密有文昌宫、火神庙、财神庙、无量庙、罗真庙、城隍庙等。

道教庙宇各有自己的祭典时间和仪式。万寿宫祭典为每年十月初六日、冬至、元旦。有的则分春秋两季举行。万寿宫的祭典均于黎明时分举行。祭典活动的规模一般都比较宏大，庄严隆重。主祭官一般由当地军政长官担任。届时，主祭官率文武官员朝服齐集庙所，行“三跪九叩首礼”。《三州辑略》生动详尽地记载了关帝庙的祭典仪式：“正祭日寅时，各官朝服齐集庙所”。祭典开始，主祭官、陪祭官相继就位后，通唱“瘗毛血，迎神上香”，引唱“引主祭官诣盥洗所盥手净巾”后，再引至“关圣帝君香案前立”，“主祭官跪上香上瓣香，行一跪三叩首礼”。礼毕，与引生引复位。主祭官、陪祭官俱行三跪九叩首礼。继之，举行献酒、读祝文、献帛等一系列仪式。祭典结束时，“主祭官行三跪九叩首礼，各官俱随行礼与焚祝帛、主祭官各官旁立候，祝帛焚半，礼毕退班。”

由于各地政府的支持，道教在新疆获得了重大发展。但也正因为如此，随着清朝灭亡而失去官方支持的道教，从民国时期起便逐渐趋于衰落。