天主教传入新疆的具体时间不详。据德国学者霍尔根·凯斯顿称：耶稣定居印度时，曾到处讲道，“文献多次记载，他经常返回喀什。”他还认为，距喀什6英里的马利亚墓的墓主马利亚，可能就是《新约圣经》中《腓力比书》所说的，在耶稣受难后坚持不背叛他的三位同名马利亚的妇女之一，并称“这座位于喀什的马利亚墓葬完全可能具有真实的背景。”这只是他个人的推测，学者一般根据元代新疆已有也里可温教，推断当时天主教已传人新疆。但也里可温教并不单指天主教，所以天主教传人新疆的时间还有待于新资料的发现。有史可考的第一位进入新疆的天主教传教士，是天主教耶稣会会士、葡萄牙人鄂本笃。鄂氏于1603年到达新疆莎车，在该地逗留了一年。他能讲流利的波斯语，精通伊斯兰教教义。在新疆的一年间，他带着另外几个天主教徒到过叶城、和田、喀什和哈密等地，除了发现一张内容为基督教的画之外，没有发现这些地区还有基督教徒。对鄂氏在新疆是否进行过传教活动，是否发展过信徒等情况，史载阙如。

1840年鸦片战争以后，天主教随着英美等外国势力在中国的殖民化进程，开始了在中国的大规模传播。天主教在新疆的大规模传播晚于内地，大约在清末民初。最先来新疆传播天主教的是德国和法国的传教士。据《新疆图志·交涉志》记载，清光绪八年(1882年)，法国天主教士石天基在绥定(今霍城县)设教堂。三年后，又有法国天主教士梁萌德在宁远县(今伊宁市)小东梁设教堂。大约与法国传教士同时，一位名叫亨德里克斯的荷兰传教士，受某天主教会的派遣来华传教。他先去了蒙古，不久就来到喀什。据说19世纪末20世纪初到过喀什的外国人对这位传教士留下了深刻印象。当时英国驻喀什总领事的夫人在其所著的一本书中，就专门介绍过这位传教士，称他是一位懂多种语言、知识渊博的人。1900年斯坦因来新疆考古探险时，在喀什也曾经常见到这位著名的传教士。斯坦因给亨氏的评价是“慈善的神父”，说他“总是带来许多新闻和传闻，从这些常与原始材料相左的信息中无成见地搜集一些情报，或许会给因缺乏一份当地报纸而遗憾的人们带来很大的安慰。”斯坦因还谈到在喀什有一个瑞典传教团。这表明当时在喀什除荷兰传教士亨德里克斯外，还有一个瑞典天主教传教组织。

随着外国传教士的不断到来，到民国初年．在全疆各地的重要市镇，如乌鲁木齐、伊宁、喀什、莎车、绥定、英吉沙等地，都建立了天主教堂。盛世才统治时期，天主教同基督教一样，一度受到沉重打击。到国民党统治时期，中外天主教传教士又纷纷来到新疆，使新疆天主教得以迅速恢复和发展。在这些传教士中，既有真正热心于传教事业的神职人员，也有以传教为掩护的间谍。这些间谍以传教为名，建立秘密组织，把一些亲信教徒发展为侦探，加以训练后，派往各地搜集情报。抗日战争和解放战争时期，一些天主教堂大肆从事间谍活动，广泛搜集有关新疆的军政情报，还进行破坏活动。这些间谍活动既损毁了天主教的形象和声誉，自然也遭到新疆当局的惩处。

东正教是随俄罗斯人传人新疆的。18世纪后期，一些不堪沙皇政府压迫和剥削的俄罗斯人，陆续迁至新疆。俄罗斯人信仰东正教，随着俄罗斯人的到来，东正教也随之传人新疆。当时进入新疆的都是普通的东正教信徒，没有神职人员。近代以来，随着中俄一系列不平等条约的签订，沙俄取得了在新疆的传教权。俄罗斯传教士开始进入新疆，在俄罗斯人聚居的地方开设教堂。到“十月革命”前，在乌鲁木齐、伊犁、塔城、阿勒泰、喀什等地都建立起了东正教教堂。俄罗斯传教士的活动主要是组织和主持俄罗斯东正教徒的宗教活动，他们在其他民族中的传教活动没有取得多少进展。当时，来新疆的俄罗斯人很多，其中大多数加入了中国籍，数量达到万余人。由于这些俄罗斯人都信仰东正教，这也就是说，当时的东正教徒已有万余人。“十月革命”后，不同阶层的俄罗斯人大量进入新疆。还有一些我国原来在俄罗斯已与当地女子结婚的华工，也携家来新疆定居。这些华工有的已信仰东正教，而他们的家属则都是东正教徒。东正教也随着这些俄罗斯人和华工的到来而得以迅速发展。由于一些仇视共产党和苏维埃政权的白俄军官、地主、贵族和传教士来新疆后仍顽固坚持其反动立场，继续从事反苏反共活动，因而受到当时还亲苏亲共的盛世才的打击，东正教也受到牵连，教堂被封闭。在披着宗教外衣的反苏反共分子被逐渐清除和盛世才的统治结束后，东正教才恢复了正常的宗教活动。