今天新疆最主要的宗教是伊斯兰教，

伊斯兰教，中国旧称“大食教”、“天方教”、“回教”、“清真教”等。公元7世纪初由麦加古莱什部落人穆罕默德创立于阿拉伯半岛。基本教义由信仰、宗教义务和善行三部分构成。信仰包括六个方面，故称“六大信仰”，即信仰安拉为唯一、至上的主宰，信仰穆罕默德是安拉的使者，信仰安拉派遣的天仙无处不在，信仰《古兰经》为天启经典，信仰后世复生和末日审判，信仰一切皆由安拉前定。宗教义务有五项，称为五项宗教功课，又简称“五功”，即念诵清真言、作证词以表白自身信仰，按照教法规定做礼拜、斋戒、缴纳天课和朝觐。伊斯兰教的基本经典是《古兰经》和“圣训”，前者是穆罕默德在23年传教过程中．以安拉的名义颁布的言论汇集；后者是穆罕默德本人及其认可的弟子的言行录。这两部经典是伊斯兰教教义、教法、伦理、哲学及各种社会思潮和学说的经典根据和理论基础。

穆罕默德去世后不久，阿拉伯统治集团就在“圣战”的旗帜下开始了对外军事扩张。

伊斯兰教也就随着阿拉伯军队传播到被征服的地区，成为世界性宗教。公元7世纪后期，随着阿拉伯人对中亚的征服，伊斯兰教逐渐成为这里的主要宗教。在阿拉伯势力崩溃后，中亚相继出现了几个由当地信仰伊斯兰教的地方封建主建立的伊斯兰政权。

伊斯兰教传入新疆大约在9世纪末至10世纪初，即我国唐末至五代初。这与先期传入的祆教、佛教、摩尼教等，先传入新疆再传入内地的情况有很大不同。其主要原因首先是因为阿拉伯军队受到唐朝势力和突厥人的阻遏，使主要依靠武力传播的伊斯兰教没能够继续东传。后来，中亚伊斯兰教萨曼王朝向喀喇汗王朝发动的“圣战”又屡屡受挫，从而延缓了伊斯兰教向新疆传播的进程。

9世纪中后期，在新疆西部到中亚一带相继出现了两个政权。一个是由操突厥语的一些民族在新疆西部至中亚一带建立的喀喇汗王朝，另一个是由当地封建主在中亚建立的伊斯兰萨曼王朝。这两个境壤相接的王朝在初期尚能和平相处。后来，随着萨曼王朝不断发动对喀喇汗王朝的“圣战”，双方关系逐步恶化。893年，萨曼王朝攻占了喀喇汗王朝的副都怛逻斯城，迫使喀喇汗王朝的副汗奥古尔恰克·卡迪尔汗迁往喀什噶尔(今新疆喀什)。从此，喀什噶尔成为喀喇汗王朝的副都。

萨曼王朝攻占怛逻斯城后不久，统治集团就发生了内讧。在内讧中失败的王子纳斯尔。本·曼苏尔，化装潜逃到喀什噶尔，向奥古尔恰克·卡迪尔汗寻求避难。自怛逻斯之战失败后，奥古尔恰克·卡迪尔汗一直在伺机复仇。纳斯尔到来后，他决定利用萨曼王朝的内讧给对手以打击。于是，他盛情款待纳斯尔，并委任这位来自敌国的王子为阿图什地区的行政长官。纳斯尔做了阿图什的行政长官后，首先施展“牛皮巧计”在阿图什建立了新疆历史上的第一座伊斯兰教的清真寺—阿图什大清真寺。

不久又把奥古尔恰克·卡迪尔汗的侄子苏图克·布格拉汗发展为穆斯林。

苏图克·布格拉汗接受伊斯兰教后，一边暗中跟着纳斯尔学习《古兰经》和伊斯兰教知识，一边秘密在汗族成员，特别是青年中发展信徒。经过多年的发展，在他25岁时终于率由伊斯兰教信徒组成的3000名骑兵，成功地发动了宫廷政变，推翻了其叔父的统治，夺取政权，成为喀喇汗王朝第一位接受伊斯兰教的可汗，也是新疆历史上第一位地方政权的穆斯林首领。

苏图克·布格拉汗执政后，立即宣布伊斯兰教为合法宗教，并号召和鼓励人们改宗伊斯兰教。但终其一生也未能把伊斯兰教推行到喀喇汗王朝全境。伊斯兰教历344年(公元955／956年)，苏图克·布格拉汗在喀什噶尔去世，葬于其入教之地的阿图什。其墓至今尚存。

阿图什大清真寺的建立和苏图克。布格拉汗接受伊斯兰教，标志着伊斯兰教正式传入新疆。