摩尼教是继祆教后，传入新疆的又一古代波斯宗教。摩尼教约于六世纪传入新疆地区。在内地唐武宗会昌五年（845）灭佛时，摩尼教亦遭严重打击，转而成为秘密宗教，并吸收道教及民间信仰，从而改称明教。其后明教又与弥勒教、白莲社相结合，而演变成明代末年之白莲教。

新疆的古迹遗址及文书中有不少摩尼教的踪迹。摩尼教的艺术文化遗址主要集中在回鹘高昌古城，包括草庵、壁画、绢麻、刺绣文献、译经等等。回鹘是维吾尔的先民，高昌即今天的吐鲁番。

我国旧译“末尼教”、“牟尼教”。因其崇尚光明，又有“明教”、“明门”、“明尊教’’之称。摩尼教于公元3世纪中叶由摩尼(216q76年)创立于波斯。摩尼教是在祆教二元论的基础上，吸收基督教、佛教、诺斯替教等思想材料而形成的。以“二宗三际论”为根本教义。“二宗”指光明与黑暗，即善与恶；“三际’’指初际、中际和后际，即过去、现在和未来。摩尼教认为，在初际，光明与黑暗、善与恶是相对的二元，各有自己的王国，互不侵犯。到中际时，黑暗侵入光明王国，光明与黑暗、善与恶之间反复斗争。在摩尼及其宗教的教化之下，在世界末日的后际，光明最终战胜黑暗，世界重新回到初际时光明与黑暗彼此分离的状态。摩尼教的主要经典有《彻尽万法根源智经》、《净命宝藏经》、《赞愿经》、《沙普拉甘》等。

摩尼教曾一度盛行于波斯，后遭祆教排挤，被官方宣布为异端而予以取缔，摩尼被处以死刑，信徒随即四散逃亡，摩尼教也就随着逃亡的信徒传播到世界各地。据说摩尼在世时，摩尼教就已经传播到中亚的粟特地区。后来，向东方逃亡的摩尼教徒大多来到这里，粟特成为摩尼教的第二故乡，这对摩尼教的继续东传具有重要意义。粟特人以善于经商而闻名。信仰摩尼教的粟特商人把摩尼教传播到他们的足迹所到之处。新疆是粟特商人前往内地经商的必经之地，也是他们进行商业活动的主要地区之一。据文献记载，最晚在唐朝初年，粟特人就已在新疆的阿尔泰、塔城、吐鲁番、罗布泊等地区定居下来，形成一个个粟特人的聚居区。大量粟特摩尼教徒的到来，自然也就把摩尼教传播到了新疆。据此推断，摩尼教传入新疆的时间应在6世纪末7世纪初。可能由于当时摩尼教的活动局限于粟特人聚居区，也没有和其他宗教发生冲突，其影响同当时正处于鼎盛时期的佛教和祆教相比微不足道，所以没有引起人们的关注，也就没能为正史所记载。

摩尼教在新疆虽然没能得到广泛传播，但在漠北回鹘汗国却取得了重大发展。唐宝应二年(763年)，回鹘汗国的牟羽可汗宣布摩尼教为回鹘汗国的国教。据《回鹘毗伽可汗圣文神武碑》记载，唐宝应元年(762年)，牟羽可汗屯兵洛阳时，在那里遇到睿思等摩尼教的四位高僧，受其说教后深为折服，翌年即携四僧返国。回到漠北后，四位摩尼教高僧奔走于汗国各地，大力宣传和推行摩尼教。由于有统治阶级的支持，摩尼教很快就成为占统治地位的宗教并被宣布为国教。摩尼教成为国教后，其僧侣也享有很高的社会政治地位，统治者常与他们商议国家大事。在回鹘与唐朝的交往中，他们也发挥着重要的作用。回鹘遣使唐朝时，几乎都有摩尼教的僧侣同行。

9世纪中叶漠北回鹘汗国破灭后，西迁的一支回鹘进入吐鲁番地区，在这里建立了高昌回鹘政权。初时，高昌回鹘仍以摩尼教为国教。回鹘可汗周围每天都聚集着三四百名摩尼教徒，为他高声朗诵教主摩尼的著作。以摩尼教为国教的高昌回鹘政权的建立，有力地促进了摩尼教在新疆尤其是吐鲁番地区的发展。当时，高昌成为摩尼教东方教区教主所在地，在高昌、交河和唆里迷，都有摩尼教的寺院和教团组织。这些寺院中设有院主、法事主、传教师、唱诗班、写经僧以及从事杂役的男女信众。

在官方的支持下，摩尼教寺院不仅占有大量土地，而且对依附农户的剥削名目繁多，数量惊人。和佛教徒一样，高昌的摩尼教徒也十分重视石窟的开凿和绘制宣扬摩尼教教义的壁画。近年在吐鲁番地区发现了一批摩尼教的石窟寺院。在已发现的三个石窟群中，可以确认其中的39个洞窟属于摩尼教石窟。这些原为摩尼教的石窟，在回鹘由摩尼教改信佛教后，也被改造为佛教石窟。将石窟中的摩尼教壁画用白灰浆覆盖，然后绘上佛教壁画。随着灰浆的逐渐脱落，摩尼教的壁画重新显露出来。如同佛教壁画一样，摩尼教壁画的主要内容也是宣扬摩尼教教义的。如伯孜克里克千佛洞第38a窟，在主室正面墙上绘画的是一幅生命树与死亡树交叉图，两树主干两次交叉，由下向上分成三段。这是一幅典型的摩尼教壁画。

画中的生命树和死亡树分别象征光明王国和黑暗王国，即摩尼教教义所宣扬的“二宗”；树干两次交叉，表示黑暗侵人光明王国并与光明相混同，以及二者之间的长期斗争；分为三段则明确表示了摩尼教的三际论。该壁画的主旨是弘扬摩尼教的根本教义“二宗三际论”。这一内容的壁画，是摩尼教绘画的主题。此外，在吐鲁番还发现了大量摩尼教寺院遗址和各种文物。其中一尊教主摩尼的塑像尤为珍贵。像高8厘米，黄铜铸制，空心。该塑像为坐像，摩尼头戴宝冠，身着袈裟，双手已残断，但可看出似交叉置于腿上，面相清瘦、慈祥，呈结跏趺坐于莲花座上。造型生动，铸制精细，工艺水平高超。该塑像是迄今为止所发现的唯一一尊摩尼的塑像，具有极高的文物与研究价值。在回鹘人改信佛教后，新疆摩尼教才逐渐衰落并最终消失。