一、新疆的原始宗教
1．原始宗教
考古资料表明，在旧石器时代晚期，新疆地区就有了人类的活动。由于旧石器时代的遗址和出土文物太少，这一时期的宗教情况目前尚不清楚。新石器时期的遗址和大量文物证明，当时的人类已经产生了灵魂和灵魂不死的观念。他们相信人有可以脱离肉体而独立存在的灵魂，而且灵魂是不死的，人的肉体死亡后，灵魂在另一个世界里仍然过着同现实世界一样的生活。所以他们在埋葬死者的同时，也将其生前使用过的生活用品、生产工具等随同死者一起埋葬。
他们还相信万物皆有灵魂，相信超自然力量，认为有一种神秘的力量在操纵着大自然，并把这种超自然力量人格化。为了获得大自然的恩赐，人们便通过各种形式开始了对自然的崇拜。
崇拜日月山川、风雨雷电等一切自然现象和自然物。在罗布淖尔(今新疆尉犁县境)发现的一处氏族社会的墓葬，该墓葬的突出特点是坟墓的地表立有七圈环列木桩，圈外是呈放射状四向展开的列木，其状恰如一轮华光四射的巨日，表现了当时的罗布人对太阳的崇拜。在富蕴县唐巴勒洞中，有一幅彩绘岩圆，上部是两个同心圆，分别代表日、月，旁绘彩云，下部是一个形状怪异的人头像。类似反映日月崇拜的岩画，在新疆各地都有发现。古代塔什干人自称“汉日天种”，表明了他们对太阳的崇拜。古代吐鲁番地区的回鹘人认为水是神圣的，所以，人们常常以“银或俞石为筒，贮水激以相射，或以水交泼为戏，谓之压阳气去病。”与我国傣族的泼水节相似。
新疆的原始居民也崇拜动植物。古罗布人崇拜麻黄草和小麦，死后要把这两种植物随葬。以牧猎为生的居民多崇拜动物，对狼尤为崇拜。农耕居民则崇拜老鼠。古代于阗人就对老鼠崇拜有加。玄奘在《大唐西域记》中详细记载了于阗人崇拜老鼠的情况。于阗人对老鼠的崇拜源于一个古老传说：据说鼠神曾帮助于阗人打败入侵的匈奴，于阗王“感鼠厚恩，建祠设祭，奕世尊敬，特深珍异。”自此以后，于阗“上自君王，下至黎庶，咸修祀祭，欲求福佑。”人们在行经老鼠洞时，都要下马到洞前礼拜致敬。奉献给老鼠的祭品，有各种美味佳肴，甚至还有衣服、弓箭、鲜花等。他们认为，“若无享祭，则逢灾变”。20世纪初，在和田的丹丹乌里克遗址出土了一块彩绘木板，画面是一“奇异的鼠头神像”。这是古代于阗人崇拜老鼠的有力证据。
图腾崇拜也十分盛行。据《山海经》等古文献记载，周穆王在西域会见的西王母，“蓬发戴胜”，“虎齿豹尾”。这个西王母可能就是当时活动在昆仑山一带的以虎、豹为图腾的母系氏族部落的首领。古代新疆的许多民族除虎、豹外，也以狮子、狼、骆驼等动物，甚至以太阳、树木等为图腾。如突厥、黠戛斯、回鹘等都以狼为图腾。回鹘的图腾还有狮子、骆驼、树等。在维吾尔族关于其族源的神话传说中，维吾尔先民的第一位首领卜古可汗就是由树所生。现代维吾尔人虽然不再把树视为其民族的图腾，但他们对树依然十分爱护。凡百年以上的大树，维吾尔人都认为其有“神性”，在这样的树下不可便溺，否则就会招致噩运。
图腾崇拜是人类对生殖现象不理解的产物。当人们粗知生殖的道理后，就开始了对生殖的崇拜。首先成为崇拜对象的是生育的直接承担者女性及其性器官。此后，男性及其性器官也成为崇拜的对象。在新疆各地出土的大量女性木偶，男性石祖、木祖以及反映生殖崇拜的岩画，忠实而形象地记载了新疆地区古代居民对生殖的崇拜。
进入父系社会后，随着以男性为中心的家庭的出现，人们对男性生殖器官的崇拜逐渐演变为对祖先的崇拜。匈奴人每年都要集体举行祭祀祖先的活动。突厥人不但重视对氏族或部落祖先的祭祀，个人对自己祖先的祭祀也十分隆重。据《隋书》记载，突厥人死后，“停尸帐中，家人亲属多杀牛马而祭之，绕帐号呼，以刀骛面，血泪交下七度而止。”将死者埋葬后，还要“表木为茔，立屋其中，图画死者形仪及其生时所战阵之状。”古代维吾尔人认为，“家堂坟茔乃人之根本，且有默佑之灵”，故十分重视对祖先的祭祀。
2．萨满教
原始宗教进人晚期阶段后，逐渐出现了神职人员和以万物有灵观念为核心的简单教义以及一定的宗教仪式。这一时期的原始宗教被称为“萨满教”。其得名是因为其神职人员在满——通古斯语中为“萨满”，即汉语中的“巫”。萨满教作为原始宗教的高级形式，其基本特点是信仰萨满具有超自然异能，可臻于疯狂，与精灵直接沟通。萨满是作为氏族神在人间的化身和代理人而出现的，是人与神鬼之间的中介，因此在氏族或部落中享有特殊的地位。其主要职责是主持氏族部落的宗教活动，祈求氏族神灵保佑本氏族五谷丰登、人畜兴旺，为氏族成员祈儿求女，占卜吉凶，治病消灾等。后来，萨满逐渐参与氏族部落重大事务的决定。
据史籍记载，匈奴、柔然、突厥、回鹘等曾在新疆活动的许多古代民族，都信仰过萨满教。萨满在这些民族中享有很高的社会地位。由于笃信萨满是神灵在人间的化身，所以凡涉及本民族的重大问题，尤其是军事行动，首领都要事先征求萨满的意见，由萨满占卜吉凶，征求神意，然后才能决定和或战。据《旧唐书·回纥传》记载，唐永泰元年(765年)，回纥军队出发去中原之前，两位萨满占卜后即预言：“此行大安稳，然不与唐家兵马斗，见一大人即归”。回纥军队进入中原后，即遇到唐朔方节度使郭子仪，萨满的预言得到应验，回纥兵大喜，认为“‘巫师(即萨满)有征矣’，欢跃久之”。军队出动时，萨满还要随军行动，以随时为军队祈求神灵佑助。同上书记载，唐朔方先锋兵马使白元光与回纥合兵共击吐蕃，一日欲夜袭敌方，但当晚明月当空，不宜偷袭，正踌躇时，回纥人派随军萨满前来。该萨满随即作法，“便致风雪”，从而保证了夜袭的成功。
萨满教是生命力极强的宗教。各民族不管历史上宗教信仰如何变化，不管其接受的新宗教排他性强弱，萨满教或渗入到新的宗教中，或以习俗的形式，总是能够顽强地存在下来。伊斯兰教传入新疆一个多世纪后成书的《福乐智慧》和《突厥语大辞典》中，都可以看到萨满教的影响。如《福乐智慧》中就专列一章，讲国王应该如何正确对待“喀木(萨满)”。成书于12—13世纪的《真理的入门》一书，作者玉格乃克作为一位虔诚的维吾尔族穆斯林诗人，在书中就感叹世风日下，无奈地说：现在去清真寺做礼拜的人少了，到处都在跳“萨满舞”。时隔几百年后的今天，维吾尔人在一些节日活动中还有跳“萨满舞”的。在维吾尔族古文献《乌古斯可汗的传说》一书中，就大量反映了古代维吾尔人信仰萨满教的情况。乌古斯可汗召集部落大会时，都要按照萨满教的仪式在大帐的两侧各立一根木杆，在杆顶挂上金鸡、银鸡，杆下分别拴上黑羊、白羊。这种仪式后来逐渐演变成为挂羊头、牛尾、布条等。即使在接受伊斯兰教后，这些仪式也没有多少改变。至今维吾尔族穆斯林在朝拜麻扎(即圣墓)时，仍然在麻扎周围插木杆，并在其上挂羊头、羊皮、布条，同时还要集体跳萨满舞。在民间仍然盛行“巴合西(即萨满)”跳神治病，尤其是在南疆农村，人们生病后有时还是去找“巴合西”。哈萨克、蒙古、柯尔克孜等民族也都程度不同地保留了萨满教的遗存和习俗。