天主教传入新疆的具体时间不详。据德国学者霍尔根·凯斯顿称：耶稣定居印度时，曾到处讲道，“文献多次记载，他经常返回喀什。”他还认为，距喀什6英里的马利亚墓的墓主马利亚，可能就是《新约圣经》中《腓力比书》所说的，在耶稣受难后坚持不背叛他的三位同名马利亚的妇女之一，并称“这座位于喀什的马利亚墓葬完全可能具有真实的背景。”这只是他个人的推测，学者一般根据元代新疆已有也里可温教，推断当时天主教已传人新疆。但也里可温教并不单指天主教，所以天主教传人新疆的时间还有待于新资料的发现。有史可考的第一位进入新疆的天主教传教士，是天主教耶稣会会士、葡萄牙人鄂本笃。鄂氏于1603年到达新疆莎车，在该地逗留了一年。他能讲流利的波斯语，精通伊斯兰教教义。在新疆的一年间，他带着另外几个天主教徒到过叶城、和田、喀什和哈密等地，除了发现一张内容为基督教的画之外，没有发现这些地区还有基督教徒。对鄂氏在新疆是否进行过传教活动，是否发展过信徒等情况，史载阙如。
1840年鸦片战争以后，天主教随着英美等外国势力在中国的殖民化进程，开始了在中国的大规模传播。天主教在新疆的大规模传播晚于内地，大约在清末民初。最先来新疆传播天主教的是德国和法国的传教士。据《新疆图志·交涉志》记载，清光绪八年(1882年)，法国天主教士石天基在绥定(今霍城县)设教堂。三年后，又有法国天主教士梁萌德在宁远县(今伊宁市)小东梁设教堂。大约与法国传教士同时，一位名叫亨德里克斯的荷兰传教士，受某天主教会的派遣来华传教。他先去了蒙古，不久就来到喀什。据说19世纪末20世纪初到过喀什的外国人对这位传教士留下了深刻印象。当时英国驻喀什总领事的夫人在其所著的一本书中，就专门介绍过这位传教士，称他是一位懂多种语言、知识渊博的人。1900年斯坦因来新疆考古探险时，在喀什也曾经常见到这位著名的传教士。斯坦因给亨氏的评价是“慈善的神父”，说他“总是带来许多新闻和传闻，从这些常与原始材料相左的信息中无成见地搜集一些情报，或许会给因缺乏一份当地报纸而遗憾的人们带来很大的安慰。”斯坦因还谈到在喀什有一个瑞典传教团。这表明当时在喀什除荷兰传教士亨德里克斯外，还有一个瑞典天主教传教组织。
随着外国传教士的不断到来，到民国初年．在全疆各地的重要市镇，如乌鲁木齐、伊宁、喀什、莎车、绥定、英吉沙等地，都建立了天主教堂。盛世才统治时期，天主教同基督教一样，一度受到沉重打击。到国民党统治时期，中外天主教传教士又纷纷来到新疆，使新疆天主教得以迅速恢复和发展。在这些传教士中，既有真正热心于传教事业的神职人员，也有以传教为掩护的间谍。这些间谍以传教为名，建立秘密组织，把一些亲信教徒发展为侦探，加以训练后，派往各地搜集情报。抗日战争和解放战争时期，一些天主教堂大肆从事间谍活动，广泛搜集有关新疆的军政情报，还进行破坏活动。这些间谍活动既损毁了天主教的形象和声誉，自然也遭到新疆当局的惩处。
东正教是随俄罗斯人传人新疆的。18世纪后期，一些不堪沙皇政府压迫和剥削的俄罗斯人，陆续迁至新疆。俄罗斯人信仰东正教，随着俄罗斯人的到来，东正教也随之传人新疆。当时进入新疆的都是普通的东正教信徒，没有神职人员。近代以来，随着中俄一系列不平等条约的签订，沙俄取得了在新疆的传教权。俄罗斯传教士开始进入新疆，在俄罗斯人聚居的地方开设教堂。到“十月革命”前，在乌鲁木齐、伊犁、塔城、阿勒泰、喀什等地都建立起了东正教教堂。俄罗斯传教士的活动主要是组织和主持俄罗斯东正教徒的宗教活动，他们在其他民族中的传教活动没有取得多少进展。当时，来新疆的俄罗斯人很多，其中大多数加入了中国籍，数量达到万余人。由于这些俄罗斯人都信仰东正教，这也就是说，当时的东正教徒已有万余人。“十月革命”后，不同阶层的俄罗斯人大量进入新疆。还有一些我国原来在俄罗斯已与当地女子结婚的华工，也携家来新疆定居。这些华工有的已信仰东正教，而他们的家属则都是东正教徒。东正教也随着这些俄罗斯人和华工的到来而得以迅速发展。由于一些仇视共产党和苏维埃政权的白俄军官、地主、贵族和传教士来新疆后仍顽固坚持其反动立场，继续从事反苏反共活动，因而受到当时还亲苏亲共的盛世才的打击，东正教也受到牵连，教堂被封闭。在披着宗教外衣的反苏反共分子被逐渐清除和盛世才的统治结束后，东正教才恢复了正常的宗教活动。
5．道教在新疆的复兴
道教在新疆的复兴情况与佛教大体相同。它也是随同内地官兵、商贾和百姓的到来而得以复苏的。由于当时进入新疆的军民以信仰道教者居多，所以道教在新疆取得了比佛教更大的发展。
当时，大型的道教宫观虽然不是很多，但是带有我国多神崇拜传统的道教建筑，如万寿宫、关帝庙、龙王庙、城隍庙、娘娘庙等等，却遍布天山南北，数量之多仅次于伊斯兰教的清真寺。据《三州辑略》记载：乌鲁木齐及周围地区的道教宫观很多，如万寿宫、关帝庙、城隍庙、文昌宫、龙王庙、真武庙、文昌庙、魁星阁、财神庙。巴里坤会宁城有万寿宫、关帝庙；汉城有万寿宫、城隍庙、关帝庙等等，多达百余座。由此不难看出，道教在北疆地区发展之迅速。
道教不仅在北疆地区迅速传播，在南疆地区也取得了空前的发展。据《回疆通志》记载，在喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔、吐鲁番、哈密等地，都建有万寿宫、关帝庙。有些地方还同时建有其他的道教庙宇，如乌什除万寿宫、关帝庙外，还有山川社稷坛、马祖殿、火神殿各一座；哈密有文昌宫、火神庙、财神庙、无量庙、罗真庙、城隍庙等。
道教庙宇各有自己的祭典时间和仪式。万寿宫祭典为每年十月初六日、冬至、元旦。有的则分春秋两季举行。万寿宫的祭典均于黎明时分举行。祭典活动的规模一般都比较宏大，庄严隆重。主祭官一般由当地军政长官担任。届时，主祭官率文武官员朝服齐集庙所，行“三跪九叩首礼”。《三州辑略》生动详尽地记载了关帝庙的祭典仪式：“正祭日寅时，各官朝服齐集庙所”。祭典开始，主祭官、陪祭官相继就位后，通唱“瘗毛血，迎神上香”，引唱“引主祭官诣盥洗所盥手净巾”后，再引至“关圣帝君香案前立”，“主祭官跪上香上瓣香，行一跪三叩首礼”。礼毕，与引生引复位。主祭官、陪祭官俱行三跪九叩首礼。继之，举行献酒、读祝文、献帛等一系列仪式。祭典结束时，“主祭官行三跪九叩首礼，各官俱随行礼与焚祝帛、主祭官各官旁立候，祝帛焚半，礼毕退班。”
由于各地政府的支持，道教在新疆获得了重大发展。但也正因为如此，随着清朝灭亡而失去官方支持的道教，从民国时期起便逐渐趋于衰落。
五、当代新疆宗教
1．新疆宗教现状
1949年新疆和平解放后，经过对社会经济制度的深刻改造和宗教制度的重大变革，新疆的宗教状况发生了根本的改变。清除了教会中的帝国主义势力，推行了独立自主、自办教会和自传、自治、自养的方针，使基督教、天主教由帝国主义的侵略工具变为中国信徒自办的宗教事业。废除了宗教封建特权和压迫剥削制度，揭露和打击了披着宗教外衣的反革命分子和坏分子，使佛教、道教和伊斯兰教也摆脱了反动阶级的控制和利用。在经历了“文化大革命”的一段曲折后，随着党的宗教信仰自由政策的全面贯彻落实和对宗教事务的依法管理，现在新疆各个宗教都步人了良性发展的道路。
新疆现在仍保持着多种宗教并存的基本格局。现有宗教为伊斯兰教、佛教、基督教、天主教、东正教和道教。
伊斯兰教是新疆地区信仰民族和人口最多、分布地域最广、社会影响最大的宗教。信仰伊斯兰教的民族有维吾尔、哈萨克、回、柯尔克孜、乌孜别克、塔吉克、塔塔尔、东乡、撒拉、保安等10个民族，总人口一千多万．占全疆总人口的50％以上。新疆伊斯兰教教派主要有逊尼派、什叶派和从教义方面来讲属于逊尼派的苏菲派。除塔吉克族外，逊尼派在信仰伊斯兰教的各民族中都是主要教派，人数约占新疆穆斯林总数的90％以上。什叶派在新疆有两个支派，塔吉克族信奉其中的伊斯玛依派(又称“七伊玛目”派)，一部分维吾尔人信奉“十二伊玛目”派。苏菲派是伊斯兰教的神秘主义派别，维吾尔人称为“依禅派’’或“依禅教”，传人回族中以后，形成了门宦。该教派在明清之际曾一度成为新疆伊斯兰教的主流教派，后随着和卓势力的衰落而衰落下来。现在主要分布于喀什、和田、阿克苏、克孜勒苏柯尔克孜自治州、巴音郭楞蒙古族自治州、吐鲁番、哈密等地区，具体人数不详。回族伊斯兰教只有逊尼派和苏菲派，其中逊尼派又分为格的目、伊赫瓦尼和三抬派三个支派。苏菲派有四大门宦，即虎夫耶、哲合仁耶、库布林耶和格底林耶。回族伊斯兰教实行教坊制，格的目和虎夫耶为大坊，哲合仁耶为小坊。按照教派在回族中出现的时间顺序，格的目又称“老教”，哲合仁耶称为“新教”，伊赫瓦尼称为“新新教”或“新兴教”。
新疆佛教分为汉传佛教和藏传佛教(俗称“喇嘛教”)。信仰汉传佛教的主要是汉、满等民族。由于人们大多只是在家中吃斋念佛：烧香拜菩萨，信徒人数难以确切统计，目前经常参加佛教活动的约1万人。信仰藏传佛教的有蒙古、锡伯、藏等民族，总人口近20万人．主要分布在巴音郭楞和博尔塔拉两个蒙古自治州以及和布克赛尔蒙古自治县、察布查尔锡伯自治县。
1949年以前，新疆共有基督教教堂20多座，信徒1
000多人，教职人员10余人。改革开放以来，基督教在新疆迅速发展，到20世纪80年代中期，基督教信徒达到4
000多人，目前已发展到43
300余人，是近年来新疆发展最快的宗教。信徒主要分布在乌鲁木齐、昌吉、哈密、伊犁等地区以及生产建设兵团的一些农牧团场。
天主教自传入新疆以来一直没有重大发展。新中国成立后，由于同基督教相同的原因，天主教的活动基本上停止下来。改革开放后，才逐渐恢复了活动。目前有信徒4
000余人，主要分布在乌鲁木齐市、昌吉回族自治州和伊宁市。
东正教随俄罗斯人传人新疆后，由于俄罗斯人不向本民族以外的人传播东正教，所以其发展主要依靠俄罗斯族自身人口的增加，这种状况一直持续到现在。目前，俄罗斯族总人口约9
000人，他们普遍信仰东正教，但经常参加宗教活动的很少，只有几百人。信徒分布基本与俄罗斯族的生活地域相一致，主要在伊犁、塔城、乌鲁木齐等地。现有东正教堂2座，活动点1处，没有专职的教职人员。
新疆道教在经历清代的一度繁盛后，便迅速衰落。20世纪
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新疆宗教历史及现状