咱雅班第达在西藏期间，格鲁派正受到藏巴汗朋楚克那木札勒和噶玛噶举派等势力的联合压制。1636年，拜巴噶斯之弟、和硕特部首领固始汗与准噶尔部首领巴图尔珲台吉赴西藏会见五世达赖罗桑嘉措和四世班禅罗桑却吉坚赞，双方商定，由卫拉特蒙古出兵青藏，清除格鲁派政敌。固始汗于是年秋季出兵青海，经过长达6年的征战，终于击败格鲁派在青藏的敌对势力，推翻藏巴汗政权，建立了以他为首的蒙藏僧俗贵族联合统治的封建政权。格鲁派从此成为藏传佛教中占统治地位的教派。

卫拉特蒙古贵族与格鲁派上层的结盟，促进了藏传佛教在卫拉特蒙古的发展。萨满教最终被排斥，藏传佛教成为卫拉特蒙古各部共同信奉的唯一宗教。

1640年，在卫拉特一喀尔喀蒙古王公会议上，制定了著名的《蒙古一卫拉特法典》(《察津必齐克》)。在该法典中，专谈藏传佛教的条文占有显著地位，“这些条文以法律形式规定喇嘛教为全蒙古所有汗国和公国的正式国教”，确立了藏传佛教在卫拉特蒙古的独尊地位。该法典规定：“十人中必有一人献身于佛”，以保证僧侣来源。为保证僧侣队伍的稳定，对破坏戒律擅自还俗的僧侣，规定没收其一半的牲畜和财产。法典还赋予僧侣种种特权和法律保护，如规定：“掠夺属于僧侣的爱玛克(指血缘集团的民族、部族、家族或地缘集团的州、郡、村落以及其他形式的集团．如军队、团体等)者，科以铠甲百领、骆驼百头、牛千头的财产刑”；向僧侣征用大车者，处以罚母牛一头的财产刑；将献佛之马用于运输赋役者处以罚马一匹的财产刑；詈骂、殴打僧侣者，处以罚马一匹至九匹的财产刑，等等。

为确保藏传佛教的独尊地位，法典对卫拉特蒙古的传统宗教——萨满教及其宗教职业者萨满的活动，予以限制和打击，规定了对违规者的惩罚条例。违反取缔萨满教所崇拜的偶像翁衮的规定者，处以马一匹的财产刑。邀请男女萨满来家者，科以与被邀萨满人数相等马匹的财产刑。诅咒高贵者及平民百姓的萨满，分别处以马五匹和马二匹的财产刑。法典对萨满教虽然严加限制，但处罚并不十分严厉，唯其如此，萨满教才能够在失去官方地位后，继续保存下来。

卫拉特蒙古信奉藏传佛教后，新疆地区的宗教格局也随之发生了变化，形成了天山南路以伊斯兰教为主，天山北路以藏传佛教为主，伊斯兰教和藏传佛教并立的多种宗教并存的新格局。由藏传佛教的崛起而形成的这种两强并立的宗教格局，成为有清一代新疆宗教的主要特点。这一特点的形成和保持，一是当时伊斯兰教正处于自传入新疆以来最激烈的内部纷争时期，叶尔羌汗国也陷入统治集团内部无休止的权力斗争和政教矛盾的困扰，使伊斯兰教失去凭借世俗政权强制传播的条件。二是信仰藏传佛教的卫拉特蒙古人，只注重于在本民族内部发展和强化藏传佛教，即使在其强盛时期也无意于依靠实力对外强制推行自己的宗教。如准噶尔兴起后，虽然不断进行政治扩张，但却从来不曾在被占领地区强制推行藏传佛教。就是在灭亡叶尔羌汗国，占领南疆后，也只是树立伊斯兰傀儡政权，收取贡赋，而没有迫使当地的穆斯林改信藏传佛教。这就使藏传佛教与其他宗教，特别是伊斯兰教避免了冲突，得以和平相处，从而长期维持了新疆地区藏传佛教与伊斯兰教并立、多种宗教并存的宗教格局。

藏传佛教在成为卫拉特蒙古全民信仰的宗教后，对该民族的政治、经济、文化及其社会生活。都产生了广泛而深刻的影响。

由于王公送子当陀音成为传统，因此各部首领都出身于喇嘛，自幼就受到藏传佛教的教育和熏陶。在他们执掌政权后，往往借助与达赖和班禅等格鲁派上层的特殊关系，抬高其身价，作为争夺和控制权力以及向清廷讨价还价，甚至进行分裂活动的资本。准噶尔首领噶尔丹，就是被其父巴图尔珲台吉送往西藏学经的子弟之一。他在学经期间，与格鲁派上层建立了密切的关系，被五世达赖喇嘛授予“呼图克图”的尊号。当巴图尔珲台吉死后，诸子争夺汗位时，噶尔丹在达赖喇嘛等西藏僧俗上层的支持下，从西藏返回准噶尔，一举夺取了汗位。达赖喇嘛又赐予他“博硕克图汗”的称号，以示支持。为称霸蒙古，噶尔丹以哲布尊丹巴·呼图克图不尊敬达赖喇嘛的使者为由，大举进攻喀尔喀蒙古，造成了该地区和我国西北地区的长期动荡。此后，随着准噶尔势力的增强，噶尔丹又在西藏实权派人物第巴桑结的支持下，利用藏传佛教开始进行分裂活动。他的后继者也都效法他，将藏传佛教作为分裂的工具，多次发动叛乱。但是，这些叛乱无一不遭到广大人民群众包括广大僧侣甚至大多数高级僧侣的反对，以失败告终。

为了利用藏传佛教维护自己的统治，卫拉特蒙古的统治者采取多种手段发展藏传佛教，赋予僧侣种种特权，使他们处于特殊的社会地位。一些高级僧侣的地位甚至高于世俗官员，成为统治集团的重要成员，其影响也越来越大。《西域图志》记载：“厄鲁特俗尚黄教，凡决疑定计，必咨于喇嘛而后行。自台吉、宰桑以下，或顶礼膜拜焉，得其一抚摩一接手者，以为大福”。他们利用自己的这一特殊地位和宗教影响，积极参与重大世俗事务的决策。从历史的发展来看，宗教上层参与世俗政治的负面作用和影响，远远大于正面作用和影响。卫拉特蒙古僧侣的参政也是如此。一些僧侣以爱国弘法为宗旨，为维护卫拉特蒙古的内部团结和稳定，为维护国家的统一，作出了重要贡献。但也有一些僧侣特别是一些地位很高、对决策能够产生重大影响的高级僧侣，或个人野心膨胀，篡权夺位；或附逆叛乱，助纣为虐，危害极大。所以清王朝在平息叛乱后，非常重视对参与叛乱的喇嘛的打击，尤其对倡乱的喇嘛更是严加惩处，毫不宽贷。

藏传佛教对卫拉特蒙古的经济生活也产生了影响。信仰藏传佛教前，卫拉特蒙古人的经济属于典型的游牧经济，居民不事农耕，过的是居无定所、逐水草而徙的游牧生活。信仰藏传佛教后，随着喇嘛庙的兴建，在卫拉特蒙古地区出现了以喇嘛庙为中心的定居点。1643年出使准噶尔的俄罗斯使者伊林在谈到和布克赛尔时说：霍博克萨里(今和布克赛尔)系由四五个小镇组成，

但这里小镇仅指一两幢砖房，通常只是一座喇嘛庙。转入定居生活的游牧民把周围的草地开辟为耕地，形成一个个农耕区，过上了定居的农业生活。在这些农耕区，喇嘛既是农耕区的规划者，也是耕作方法的制定者和指导者。巴图尔珲台吉时期，在他的居处就住着一位喇嘛，为其制定耕作方法。

随着藏传佛教的传播和发展，在卫拉特蒙古地区出现了藏传佛教的寺院—喇嘛庙。最初的喇嘛庙只是一些较大的蒙古包，内中供奉佛像、经典、法器等，是举行佛事活动的地方。大蒙古包周围环绕一些供僧人居住的小蒙古包，共同构成卫拉特蒙古的早期寺院—库伦。后来，在西藏喇嘛和工匠的指导下，建起了西藏风格的喇嘛庙。卫拉特蒙古各部的统治者都十分重视喇嘛庙的修建。一些著名的喇嘛庙几乎都与这些统治者的名字联系在一起。巴图尔珲台吉统治时，请来了西藏的喇嘛，修建了第一座砖木结构的西藏风格的喇嘛庙，并“引入了佛教的一切规矩”。噶尔丹也从西藏请来喇嘛，帮助他修建了几座喇嘛庙。但这些早期的喇嘛庙，都没能留存下来。噶尔丹策零时期，准噶尔经济有了较大的发展。这时，喇嘛庙的修建也开始追求大型和豪华。噶尔丹策零从内地请来汉族工匠，在伊犁河畔相继建造了固尔扎和海努克两座著名的喇嘛庙。固尔扎庙位于伊犁河北岸，因庙顶装饰金碧辉煌，故称金顶寺。海努克庙位于伊犁河南岸，寺顶银光闪耀，又称银顶寺。两寺隔河相望，蔚为壮观。《西域图志》记载：两寺“高刹摩霄，金幡耀日，栋甍宏敞，象设庄严”。寺中供养喇嘛6000余人。噶尔丹策零有事时，集众喇嘛诵经，西域各部头目首领“俱输货物以为礼”。这里俨然成了卫拉特蒙古的宗教中心和圣地。据《西陲总统事略》记载：“每岁首、盛夏，其膜拜顶礼者远近咸集，捐珍宝，施金银，以事庄严。庙之闳瞻，遂甲于漠北。”

藏传佛教对卫拉特蒙古的文化也产生了广泛深远的影响。信奉藏传佛教后的卫拉特蒙古的文学作品，大多带有宗教的烙印。不仅直接弘扬宗教教义，记述僧侣宗教生活的作品及著名僧侣的传记中有大量的宗教内容，在一般作品中，也有许多直接或间接反映宗教教义、宗教活动、宗教习俗等方面的内容。《咱雅班第达传》是卫拉特蒙古接受藏传佛教后，第一部关于藏传佛教僧侣的传记作品。这部由咱雅班第达的弟子拉特纳勃哈德勒所作的传记，详细记述了咱雅班第达一生的宗教活动和政治活动，是了解卫拉特蒙古的政治、经济、文化、宗教，特别是藏传佛教早期传播情况的重要资料。在民间广泛流传的《格萨尔王传》、《江格尔传》等英雄史诗中，也都有大量的宗教方面的内容。

4．基督教、天主教、东正教在新疆的传播

基督教又称“耶稣教”，是中国对基督教“新教”的专称。基督教是近代传人新疆的西方宗教之一。据《新疆图志·交涉志》记载：清光绪三十年(1904年)，“喀什瑞典耶稣教堂设于疏附县北关，男教士三人，女教士四人”。这是关于基督教传人新疆的最早的汉文记载。但据西方基督教会20世纪初的一项调查，在19世纪最后的二十年，瑞典行道会的传教士到达南疆地区，在那里同其他传教士一起传教近四分之一世纪。1892年，行道会进入喀什；以此为中心向外扩展。到1921年，在南疆地区已形成四个传教中心：喀什、叶城、疏勒和英吉沙，有传教士7人。这项调查还附列了新疆基督教的传教点和各传教点设立的时间：喀什，1892年；叶城，1895年；迪化，1908年；疏勒，1909年；英吉沙，1912年。以上各传教点，除迪化是内地会的传教点外，其余均为行道会建立的。

上述两种记载大体相同，由此可以确定。基督教传人新疆的时间是在19世纪末，首先由瑞典行道会传人南疆地区，继由内地会传人北疆地区。

1889年，英籍内地会传教士胡进洁来华。在内地活动几年后，于1905年前后来到乌鲁木齐，设福音堂于北大街(后移至库后巷)，吸收了16名男女加入基督教。胡为了传教方便，着汉人服装，并很快学会了维吾尔语。他的传教范围很广，除乌鲁木齐外，还去过南疆的库车、焉耆等地。胡不仅在汉族、维吾尔族中传教，也积极在蒙古等民族中发展信徒。盛世才时期，胡进洁被以英国间谍之名关进监狱，长达13个月之久，致使他曾一度精神错乱。胡在新疆的长期传教活动中，虽然也发展了包括维吾尔族在内的一些少数民族入教，但人数很少，发展缓慢。在胡进洁之后，相继又有马慕洁、马尔昌等外国传教士来新疆传教。这些早期来新疆的传教士除传教外，还在所到之地开办圣经训练学校、医院、孤儿院和学校等，以扩大基督教的影响，吸引人们人教。外国传教士在新疆的早期传教活动，虽然把基督教传播到了天山南北各地区，但信徒不多，影响不大。盛世才统治时期，取缔了一切教会，基督教的传教士或被捕入狱，或被迫离开新疆，教堂被改做他用，教产被没收，基督教受到传人以来的第一次沉重打击。

国民党统治时期，一批来自英、美等国的基督教传教士来到新疆。这些传教士于所到之处积极开展传教活动，发展信徒，建立教会。这一时期，进入新疆的基督教的传教差会，除原有的内地会、行道会外，还有长老会、圣公会、浸礼会、安息日会、信义会、卫理公会、美以美会、循道公会等。继外国教会之后，一些内地教会的传教士也开始来新疆传教。1948年，山东济南和潍县两地灵修院的传教士和信徒10余人来哈密传教。他们一方面积极在哈密传教，一方面派员前往巴里坤、吐鲁番、焉耆、阿克苏、吉木萨尔、喀什等地发展信徒。次年，他们在哈密新城修建了一座教堂，将其教会组织定名为“基督教西北灵工团”，下设布道、灵育、医药等7个部，并且创办了《西北灵工》和《灵工通讯》两个刊物，在新疆和内地发行。西北灵工团共发展信徒103人，成员主要是职员、军警、医生和职业教徒。