阿布都拉汗出走后，尧乐巴斯汗经过一年的时间，才在准噶尔部的僧格台吉和穆罕默德·玉素甫和卓父子的支持下，夺得汗位。作为酬谢，他把喀什噶尔的统治权和象征汗权的旗、印、牌交给了僧格台吉，而把管理叶尔羌汗国事务的权力交给了穆罕默德·玉素甫和卓父子。据《伊达耶特传》记载，位于喀什噶尔的自山派中心拜什克然木村，成为凌驾于汗宫之上的“宫上之宫”。阿帕克和卓负责“宫中的日常活动”，并从此开始崭露头角。
穆罕默德·玉素甫和卓把持朝政后，对黑山派进行了疯狂的报复。凡是跟随与尧乐巴斯汗争夺汗位的和卓穆罕默德·阿布都拉去阿克苏的黑山派信徒和异密的家属，均遭杀害。穆罕默德·玉素甫和卓父子的暴行，激起了各族人民特别是黑山派群众的强烈不满和反抗。1670年，黑山派和卓在叶城、泽普和帕米尔山东部地区。发动了声势浩大的黑山派群众的暴动。穆罕默德·玉素甫和卓和尧乐巴斯汗均被暴动者杀害。暴动者在叶尔羌拥立尧乐巴斯汗的幼子阿布都·拉提甫为汗。拉提甫汗上台不久，就设计将参与暴动的异密杀死。阿克苏的伊斯玛仪闻讯出兵叶尔羌，拉提甫汗兵败后逃往喀什噶尔，伊斯玛仪在叶尔羌登上汗位。黑山派和卓穆罕默德·阿布都拉以拥立之功得以把持朝政，又开始了对白山派的屠杀。
阿帕克和卓在其父被杀后，即赴叶尔羌将其遗体运回喀什噶尔，葬于城郊的雅格都。这个后来以“阿帕克和卓麻扎“闻名遐迩的陵园，成为白山派的圣地。伊斯玛仪上台后，阿帕克和卓逃往中亚的达合比德。不久，他纠集了一伙达合比德人，秘密潜往阿图什，煽动当地的白山派信徒发动了暴乱。暴乱很快就被喀什噶尔统治者巴巴汗平息。巴巴汗宣布收回汗的种植园阿瓦提村，并下令把阿帕克和卓驱逐出叶尔羌汗国。
据《大霍加传》称，被逐后的阿帕克和卓在外度过了近10年的亡命生涯。后来，他流浪到内地，在甘肃、青海一带传播白山派苏菲主义教义，收受门徒，开苏菲派传人内地之先河。阿帕克和卓去内地的目的不单是为了传教，而是静待叶尔羌汗国的变化，并寻求支持自己的势力。在甘、青期间，他接触过肃州的一位大喇嘛，可能是受其影响，阿帕克和卓决定前往西藏。在西藏，他对“拥有至高无上的权力和地位”的达赖喇嘛谎称：“叶尔羌、喀什噶尔的民众都是我的弟子、门徒和苏菲。但是，暴君却统治了这些地方”，他祈求达赖喇嘛帮助他夺回失去的权力，“使这些地方重归我们所有“。达赖喇嘛答应了他的要求，写信给伊犁的准噶尔首领噶尔丹，要求他“亲自领兵，收复暴君统治的那些地方，让阿帕克和卓登上王位。“阿帕克和卓持达赖喇嘛给噶尔丹的手谕又去了肃州，拜见了达赖喇嘛在肃州的代表。这位大僧侣也修书致函噶尔丹，要他支持阿帕克和卓，甚至明确提出要噶尔丹：“见信后万勿迟延，立即带兵一万两千人，前往喀什噶尔和叶尔羌，杀戮暴君巴巴汗及子女家属，使这位高贵的客人重登喀什噶尔和叶尔羌都城的宝座。”
1680年，阿帕克和卓到达伊犁，向噶尔丹递交了达赖喇嘛及其在肃州代表的信函，并声称自己在喀什噶尔和叶尔羌都有大量的追随者，只要噶尔丹出兵，轻而易举就可以占领这一地区。此时噶尔丹不仅统一了厄鲁特蒙古各部，而且还征服了吐鲁番和哈密，正在谋划着吞并叶尔羌、喀什噶尔等南疆其他地区。阿帕克和卓的到来，给他提供了极好的时机。于是噶尔丹派出一万两千骑兵，以阿帕克和卓为向导，经阿克苏、阿图什、喀什噶尔直达叶尔羌城下。经过一番激战，叶尔羌镇守伊瓦兹伯克战死，黑山派领袖阿布都拉和卓被迫出走印度，伊斯玛仪汗率阿布都拉和卓的两个儿子舒艾布和达涅尔，以不改变其信仰为条件，开城投降。伊斯玛仪汗及其家族成员被押往伊犁喀布尔格囚禁，吐鲁番的统治者阿布都·热西德被立为叶尔羌汗。
阿帕克和卓只是恢复了白山派领袖的地位，而没有如愿夺得叶尔羌汗国的统治权。心有不甘的阿帕克和卓施展阴谋手段，终于让噶尔丹废黜了阿布都·热西德汗，叶尔羌汗国宣告灭亡。阿帕克和卓被噶尔丹委任为天山南路四城(叶尔羌、喀什噶尔、和田、阿克苏)总督，其长子叶海雅(汗和卓)为喀什噶尔阿奇木(行政长官)，其他各城阿奇木则由阿帕克和卓任命。阿帕克和卓终于依靠准噶尔的军事力量建立了梦寐以求的白山派和卓政权。但是，这个政权不过是在准噶尔统治者卵翼下·
为准噶尔统治者“办理回务”，即代理他们实行对天山南路进行统治的一个傀儡政权。
阿帕克和卓为表示对其宗主准噶尔统治者的忠心，除按照规定每年向准噶尔交纳1O万腾格(原意为银，转义为银币)白银、15
OOO察拉克(古代维吾尔族衡器名)小麦及其他财物外，他还以个人的名义每月向噶尔丹敬奉4000腾格白银。为此，阿帕克和卓推行了极其繁重的赋税制度，对劳动人民进行经济剥削和掠夺。为讨好准噶尔贵族，阿帕克和卓还切断了叶尔羌汗国时期建立起来的与中原地区的政治、经济、文化联系和交往。对内则实行宗教封建独裁统治，镇压黑山派，排斥异己，强制推行白山派教义教法，焚毁一切非白山派的典籍和文献。
阿帕克和卓的统治和准噶尔贵族的掠夺，使天山南路的阶级矛盾和民族矛盾空前激化。1692年，在叶城、泽普、英吉沙等地，爆发了由黑山派和卓领导的、以黑山派信徒为主体的大规模群众暴动。暴动得到了包括白山派大本营喀什噶尔地区各族人民的响应，迅速波及天山南路各地。阿帕克和卓见大势已去，遂宣布放弃汗位，跑到准噶尔控制下的哈密和吐鲁番去了。但是，不久他又凭借准噶尔贵族的支持，夺回了权力。为保白山派和卓政权的统治，他决心彻底铲除黑山派和卓势力。为此，他以“共同管理回务“为由，把已逃到克什米尔的黑山派和卓舒艾布和达涅尔兄弟骗回叶尔羌。在行至边境时，舒艾布有所警觉，遂让达涅尔返回克什米尔。当舒艾布一行到达叶尔羌附近的提士纳河岸的桑株时，埋伏在那里的阿帕克和卓的“一伙狂热的信徒”突然冲出，将舒艾布杀死后扔进了河里，几百名随从也全被杀害。黑山派经此次打击后，势力急剧衰落。
1695年，叶尔羌的黑山派群众再次举行暴动。暴动群众冲人宫中，把阿帕克和卓杀死。虽然暴动很快被镇压下去，但白山派和卓家族也由于阿帕克和卓的突然死亡陷入了残酷的权力斗争，白山派在内讧中元气大伤。1696年，叶尔羌汗室后裔穆罕默德·穆敏·阿克巴什汗乘噶尔丹在昭莫多被清军打败和白山派统治集团互相争斗之机，举行暴动，一举攻占叶尔羌，登上了汗位。随后，阿克巴什汗对白山派进行大规模清洗。据《和卓传》记载，他一次就杀了一千名白山派的“狂信者”。阿帕克和卓的后裔仓皇逃往印度。
白山派和卓政权垮台后，天山南路陷入了空前的混乱。各地封建主纷纷拥兵自立，白山派和黑山派和卓也分别在喀什噶尔和叶尔羌建立了自己的政杈。而这两个和卓政权都去竭力争取准噶尔的支持。最终，黑山派赢得了胜利。他们以阿帕克和卓给准噶尔的同样条件，取得了同样的权力，即为准噶尔统治者“办理回务”，从而建立了以准噶尔为宗主的黑山派的和卓政权。1754年以后，黑山派和卓乘准噶尔统治集团内讧，势力衰落之机，驱逐准噶尔在叶尔羌、喀什噶尔、和田等地的驻军、官吏和商人，摆脱了准噶尔贵族的统治，开始了黑山派和卓政权独立执政的时期。
1755年，清军平定准噶尔部达瓦齐叛乱后，决定把原被准噶尔羁押于伊犁的白山派和卓阿合玛特的长子、大和卓波罗尼都派往南疆，利用其影响去招服维吾尔人，以实现对南疆的和平统一；其弟小和卓霍集占留在伊犁管理“回务”。波罗尼都受命后，即同清朝使者一起，率领由清军、准噶尔人和山地居民组成的一支千余人的军队前往南疆。波罗尼都以清朝廷委派的官员与和卓的双重身份招服维吾尔人，各地不满黑山派和卓统治的维吾尔人纷纷归顺。黑山派和卓虽然进行了抵抗，终因众叛亲离而失败。黑山派和卓家族中，除阿布都拉和卓和他的两个儿子脱逃外，其余全部被杀。黑山派和卓势力从此退出了历史舞台。
波罗尼都收复南疆后，立即宣布天山南路从此进入“可汗秦(指清朝皇帝)的时代”。
不久，厄鲁特蒙古辉特部台吉、时已归附清朝的阿睦尔撒纳发动叛乱。小和卓霍集占不念清朝解救之恩，反“率众助逆，以与勤王之台吉、宰桑战”，参与了叛乱。在平叛清军即将抵达伊犁时，霍集占怕清廷追究，潜往南疆。他一人南疆，即提出“收罗各城，可以自立”的分裂主张，煽动波罗尼都背叛清朝。1757年，霍集占杀害清廷派往南疆进行招服的官员阿敏道，正式发动了叛乱。1759年清军在新疆各族人民的大力支持和配合下，终于平息了这场历时两年四个月并波及南疆大部分地区的叛乱。
19世纪上半期，在浩罕汗国等外国势力支持下的和卓后裔，先后发动了“张格尔和卓之乱”、
“玉素甫和卓之乱”、
“七和卓之乱”、“倭里汗和卓之乱”等多次叛乱。这些以建立独立的政教合一的伊斯兰政权为目的的叛乱，不仅根本违背了历史发展潮流，也违背了新疆各族人民的共同心愿，因此也就注定了必然失败的命运。
玛合图木·阿杂木和卓家族势力的兴衰史证明，伊斯兰教上层势力的非正常发展乃至恶性膨胀，必然侵夺世俗权力；一旦他们夺取权力，则必然建立中世纪式的政教合一的政权，把社会拉向倒退；这种政教合一的统治，给各族人民包括穆斯林群众带来的只是更加深重的苦难；在他们失去权力后，必然利用其宗教影响，以更加的疯狂来夺回失去的权力，造成社会的激烈动荡。这也是17至19世纪新疆伊斯兰教发展变化的一个突出的特点。
清王朝平定和卓后裔的叛乱，维护了国家的统一和新疆的社会稳定，打击了和卓势力，消除了危害新疆社会的隐患。
3．藏传佛教在新疆的传播与发展
藏传佛教即俗称的喇嘛教，是佛教传入西藏后，融合当地的苯教而形成的具有藏族特点的佛教。
藏传佛教传入新疆的时间，史无明载。唐代，吐蕃屡人新疆，与唐朝、大食争夺西域。虽然迄今还没有发现这一时期藏传佛教的文化遗存，但毋庸置疑的是，信仰藏传佛教的吐蕃在新疆的长期活动，必然把这一宗教带入新疆。近代以来在和田地区发现的藏传佛教的“欢喜佛”塑像，在吐鲁番地区发现的藏文佛经、马面观音、十一面观音等壁画，有人认为是10一11世纪藏传佛教的文物。但这一时期吐蕃早已退出新疆，所以我们认为这些文物应属唐代遗存。时间约为唐朝中晚期。这一时期，应是藏传佛教传入新疆的时间。
有关藏传佛教在新疆的早期传播情况，目前尚不清楚。但从藏传佛教文物的分布可以推断，在和田、吐鲁番这些吐蕃活动时间较长的地区，藏传佛教比较流行。在吐蕃退出新疆后，藏传佛教也随之趋于式微。但在喀喇汗王朝和于阗李氏王朝的宗教战争期间，原为政治对手的于阗和吐蕃，由于都信仰佛教，因此出于共同对抗伊斯兰教的目的，双方抛弃前嫌，加强了联系。斯坦因认为，吐蕃还通过奠居在拉达克及西部领土的显然属于突厥的首领来支援于阗。这种密切联系，必然扩大藏传佛教在于阗的影响，促进该教在于阗的流传。