额什丁和卓的先祖原是中亚布哈拉(在今乌兹别克斯坦境内)一个苏菲派教团的首领。成吉思汗征服中亚后，被流放到新疆喀喇昆仑山一带，后来移居到位于罗布泊地区的罗布‘怯台镇。这是一个介于和田与吐鲁番之间的重镇，也是穆斯林比较集中的地方。作为被流放者，他们来到新疆后一直比较安分。但是到额什丁和卓的父亲谢赫贾拉里丁时，他开始在罗布．怯台传播苏菲派教义，招收门徒弟子。但信者不多，弟子也只收了十几个。贾拉里丁遂决定离开罗布·怯台去阿克苏发展。这一决定不仅改变了该和卓家族的命运，也对新疆伊斯兰教的传播和发展产生了深远的影响。贾拉里丁父子在阿克苏遇到秃黑鲁帖木儿汗，并发生了前文所讲过的事件。额什丁和卓家族在传播伊斯兰教的过程中，与秃黑鲁帖木儿汗结成了利益一致的密切关系。秃黑鲁帖木儿汗利用额什丁和卓家族推行伊斯兰教，巩固了自己的统治地位，额什丁和卓家族则借助秃黑菲鲁帖木儿汗的权力扩大了伊斯兰教，特别是苏菲派的传播范围，从而扩大和巩固了该家族的宗教地位和影响。秃黑鲁帖木儿汗以额什丁和卓引导其入教和传播伊斯兰教之功，不仅聘任他为自己的宗教导师和顾问，而且封其为天山南路伊斯兰教教长，世袭罔替。
额什丁和卓获封天山南路伊斯兰教教长后，为巩固自己的地位和特权，除大力在一般群众中发展信徒外，尤其重视吸收统治集团的成员。许多王公大臣、部落首领纷纷效法秃黑鲁帖木儿汗，拜倒在额什丁和卓门下，成为该和卓家族的门徒。额什丁和卓家族还十分热衷于宗教教育和苏菲主义思想的传播。额什丁和卓就曾用一年的时问，专门为秃黑鲁帖木儿汗讲授伊斯兰教的经典和常识以及苏菲派的道乘思想。在库车期间，他在秃黑鲁帖木儿汗的支持下，兴办了“瓦里耶”经文学院，并成为传播苏菲主义和培养苏菲派骨干力量的中心。当时的许多蒙古王公贵族都进入这所学院学习。学员毕业后，被派往阿克苏、焉耆、吐鲁番、喀什噶尔、叶尔羌等地。额什丁和卓培养的这些忠实信徒，成为苏菲主义的积极传播者和额什丁和卓家族在各地的骨干力量，使该和卓家族的势力迅速扩大到南疆各地，成为当时新疆最大的一支宗教政治势力。
随着额什丁和卓家族势力的不断壮大，他们所获得的政治、经济特权也越来越多。在这些特权中，最重要的一项特权是对汗位继承和任命大臣的“认可”权。这项权力规定，察合台汗国在确定汗位继承人和任命大臣时，必须征求额什丁和卓家族的意见，得到他们的认可。由于当时伊斯兰教上层势力还不够强大，世俗政权还比较牢固，这一权力在察合台汗国时期更多的只是形式上而不是实质性的。但是．它开创了伊斯兰教上层势力干预政治乃至控制政权的先例。
额什丁和卓家族所获得的主要的经济特权是可以得到一部分宗教课税。伊斯兰教的课税是伊斯兰国家赋税的主要组成部分，税率为10％。额什丁和卓家族通过汗的赏赐、占有瓦合甫(宗教寺产)地和水利设施、信徒的捐献等多种方式和渠道大量聚敛财富。在库车、阿克苏、吐鲁番等地，都有汗赏赐给该家族的土地。他们在阿克苏的鄂依库勒庄园就有500户农奴为他们耕种。他们占有的瓦合甫地数量更为惊人。据说由库车的亚尔克大渠、欧康达外吉大渠和吐鲁番的乌次旦加依大渠灌溉的农田，都是额什丁和卓家族的瓦合甫地。据伊斯兰史料记载，额什丁和卓家族通过各种手段，在“农商两业之中积累了大量财富”，成为察合台汗国最大的宗教封建主。
宗教地位的巩固，政治影响的扩大和经济实力的加强，使额什丁和卓家族的政治野心逐渐膨胀起来。他们不再满足于形式上的政治特权，而是要求控制汗国的实际权力。他们利用“教长认可”和推荐大臣的特权，积极参与朝政，排斥异己，培植自己的势力，后来甚至发展到随意废立可汗。但在同世俗统治集团的斗争中，额什丁和卓家族最后遭到失败。被其先立后废的歪思汗在夺回汗位后，抛开额什丁和卓家族，从中亚聘请了纳格什班底教团的大毛拉马黑麻·卡桑尼为宗教导师和顾问。自此以后，察合台汗国的可汗也都如法炮制，不再聘用额什丁和卓家族成员做宗教导师。在失去所依附的世俗政权的支持后，额什丁和卓家族便走上了衰落之路。
继额什丁和卓家族之后兴起的是穆罕默德·谢里甫和卓家族势力。15世纪末16世纪初，东察合台汗国再次陷入动乱。1514年，察合台后王赛德汗在叶尔羌建立了叶尔羌汗国。在长期的动乱中，拥兵自重的察合台诸后王和蒙古贵族在互相攻伐中都受到程度不同的削弱，而伊斯兰教上层势力却乘机发展起来，使世俗统治者更加依赖于他们来提高自己的影响和维护统治。于是上至可汗下至各部落首领,
几乎无不聘请著名苏菲为自己的宗教导师。在这种背景下，叶尔羌汗国建立伊始，就把聘请宗教导师的做法作为一项制度确立下来，这就是“宗教导师制”。按照这个制度，每一位汗都要聘请一位苏菲做自己的宗教导师。这一制度原本是苏菲派教团内部师徒相授的一种教学方式。叶尔羌汗国实行这一制度的目的，当然
不是可汗们要去学习什么苏菲主义知识，而是在苏菲主义盛行的情况下，利用这些著名苏菲的影响来巩固和加强自己的统治。由于和卓不仅有所谓“圣裔”的身份，而且又往往是苏菲派教团的首领，所以叶尔羌汗国所聘请的导师都是来自中亚的和卓。叶尔羌汗国的宗教导师制吸引了大批的和卓从中亚来到新疆，并围绕导师职位展开了激烈的斗争。
为防止和卓以势干政，叶尔羌汗国的统治者不再从额什丁和卓家族中聘请宗教导师，而是聘请那些从中亚来到新疆不久，虽有一定声望但缺乏社会基础的和卓当宗教导师。赛德汗在执政的十几年中，先后聘请了两个宗教导师。阿不都。拉失德汗上台后，也没有继续延聘其父赛德汗的宗教导师，而是另行选择了从中亚来新疆不久的穆罕默德·谢里甫和卓。穆罕默德·谢里甫和卓是中亚塔吉克人，自幼家境贫寒，后来进入中亚著名的亚赛维派神学院学习。经过多年的勤学苦修，终于成为一名“虔诚的亚赛维派苏菲”，获得导师认可，具备了离开导师自创新教团的资格。毕业后他在中亚各地活动了十几年，却没能招收到弟子，建立自己的教团。于是，他以访问苏图克·布格拉汗麻扎之名来到新疆。据说他经过四处寻访，终于“发现”了“早已不为人知”的苏图克·布格拉汗麻扎，遂在此结庐隐修。但是不久他就宣称自己因“无意中泄露了苏图克·布格拉汗麻扎的秘密”，而决定前往麦加朝觐，以“洗赎这一罪过”。朝觐归来后，他名义上继续在苏图克·布格拉汗麻扎“隐修”，实际上则游走于各地，以怪异的装束、言行和诸如让拐棍发芽之类的所谓“卡里玛特”
(意为“奇迹”)来吸引人们的关注，扩大自己的影响。正在寻找宗教导师的阿不都·拉失德汗慕名前往阿图什，在穆罕默德·谢里甫和卓显示了“奇迹”后便拜倒在他门下，并随即将其接到叶尔羌，举行了隆重的拜师仪式，正式宣布穆罕默德·谢里甫和卓为自己的宗教导师。叶尔羌的王公贵族和百姓也都跟着阿不都·拉失德汗成了这位和卓的门徒。
穆罕默德·谢里甫和卓家族也取得了许多经济特权。他们在叶尔羌、喀什噶尔等许多地方都占有大量瓦合甫地和其他不动产。据说仅在叶城就有阿不都·拉失德汗赏赐给该家族的60帕特曼(注：古代维吾尔族的计量单位．1帕特曼约合5石3斗，一说573斤，这里指1帕特曼种子可播种的土地面积)的土地和10个奴隶。随着政治和经济实力的不断加强，穆罕默德·谢里甫和卓家族迅速成为继额什丁和卓家族之后在新疆兴起的第二支和卓家族势力。但是，由于当时叶尔羌汗国政治稳定、经济繁荣、汗权巩固，特别是阿不都．拉失德汗对和卓干预朝政保持高度警惕，使该和卓家族始终没有能够像额什丁和卓家族那样得以操纵叶尔羌汗国的朝政。后来，该和卓家族的地位被玛合图木·阿杂木和卓家族所取代。
玛合图木·阿杂木和卓原名阿合买德·卡桑尼，乌兹别克人，中亚最大的苏菲主义组织“纳格什班底派教团”的首领。额什丁和卓家族和穆罕默德‘谢里甫和卓家族的相继兴起，引起了这位和卓对新疆的兴趣。为了扩大纳格什班底教团的势力，他亲自来到叶尔羌汗国。由于当时穆罕默德·谢里甫和卓家族正处于鼎盛时期，玛合图木·阿杂木和卓自感难以取代其地位，只好在发展了一些信徒后返回了中亚。此后不久，叶尔羌汗国因阿不都·拉失德汗去世而引发了继承权之争。为了加强竞争力，他的儿子们纷纷寻求和卓的支持。这就为玛合图木·阿杂木和卓家族进入新疆提供了有利的时机。在叶尔羌汗国发生权力之争前不久，玛合图木·阿杂木和卓家族也因他的去世引发了继承权之争。在内讧中失败的幼子伊斯哈克和卓，只得前往阿富汗、伊朗和中亚各地游历传教，并进行分封自立、自创教团的活动。但他的这一违规行为最终使他被驱逐出中亚。正在他无家可归，四处流浪之时，却意外地接到了叶尔羌汗国阿不都·克里木汗的邀请。伊斯哈克和卓进入新疆后就卷入了叶尔羌汗国统治集团的斗争。他在途经阿克苏时，会见了汗的兄弟、汗位觊觎者巴巴·穆罕默德，并表示了对他的支持。所以他一到达叶尔羌，就同阿不都·克里木汗发生了激烈冲突，遭到汗的驱逐，不得不离开叶尔羌前往和田等地去传教。在和田他又因没能显示他所吹嘘的“奇迹”，把和田统治者忽雷失速檀死去的妻子救活，而与忽雷失速檀反目，被迫去了阿克苏。此时巴巴·穆罕默德已成为阿克苏的统治者，伊斯哈克和卓把巴巴·穆罕默德纳为弟子，并在他的支持下开始了在阿克苏的传教活动。伊斯哈克和卓在新疆进行了十多年的活动，虽然也招收了一些弟子，但终因与阿不都·克里木汗不和，未能进入叶尔羌汗国上层，最后返回了中亚。
巴巴·穆罕默德汗继承汗位后，已年迈的伊斯哈克和卓没有再回新疆，但在去世前指定他年仅两岁的儿子和卓萨迪为其在叶尔羌的代理人。和卓萨迪七岁时，被穆罕默德汗接到叶尔羌，并亲自负责对他的教育和培养，伊斯哈克教团的事务则由伊斯哈克的心腹舒图尔海里排代理主持。在宫中长大的和卓萨迪谙于权术，他主持伊斯哈克教团的事务不久，就清除了舒图尔海里排等人，牢牢控制了教团的一切权力。伊斯哈克教团在他的领导和穆罕默德汗的支持下，迅速发展起来，信徒达到四万多人，并取代乌瓦依西教团成为叶尔羌汗国的官方教团。与此同时，和卓萨迪的地位和影响也在不断上升。穆罕默德汗死后，和卓萨迪操纵了几位汗的废立。在汗位的频繁更迭中，汗权不断被削弱，而和卓萨迪的权力却在不断加强，几乎完全把持了叶尔羌汗国的朝政。
在经济上，该和卓家族通过各种手段聚敛了富可敌国的财富。他们的经济来源主要有三个方面：一是汗的赏赐。据伊斯兰史料记载，仅穆罕默德汗赏赐给伊斯哈克和卓的村庄就有策勒的科克·古姆巴赫村和叶尔羌附近的托古兹肯特(维吾尔语，意为九个村庄，这些村庄是皮雅玛、古玛、章古雅、绰达尔、桑株、包尔雅、达瓦、科什塔克、维吐格拉克)。该家族所获得的汗所赏赐的村庄还有喀什噶尔的法依沙巴德和牌祖巴特、和田的撒拉和阿克苏的阿克杨莱等。二是赋税豁免权和软玉开采加工权。和田玉驰名国内外，是和田地区的支柱产业和主要的经济来源，因此和田玉的开采加工权自古就属国家所有。穆罕默德汗为了表示对其宗教导师的忠诚，竟然把“原属国家所有的和田河床与矿场的玉石开采权”作为礼品送给了伊斯哈克和卓家族。三是信徒“敬献”的礼品。在苏菲派教团中，教主被视为安拉在人间的代理人。所以信徒总是尽其所有给教主献上自己的礼品以表忠心，礼品的种类包括金钱和各种财物，以至牲畜、土地等等。
到17世纪中后期，玛合图木·阿杂木和卓家族已由宗教贵族上升为叶尔羌汗国的大宗教封建主。既拥有雄厚的经济实力，又控制着世俗政权的玛合图木·阿杂木和卓家族，作为叶尔羌汗国一支重要的宗教政治势力，在天山南路兴起。
2．和卓家族的内斗及其后裔的历次叛乱
玛合图木·
阿杂木和卓的两支后裔在争夺新疆教权的斗争中逐渐形成了两个势不两立的集团——白山派与黑山派。清代文献又称“白帽回”、“黑帽回”，或“白帽回子”、黑帽回子”。民族文字资料中称为“阿克塔克”(白帽派)、“喀喇塔克”(黑帽派)，或
“白柳派”、“黑柳派”，“白旗派”、“黑旗派”等等。这些名称都是人们根据两派的外在特征所起的，而不是本派的自称。按照苏菲派教团名称的一般规则，两派的正式名称应为“伊禅卡朗派”和“伊斯哈克派”。至今，以这两个名称自称的教团“伊禅尼耶”和“伊斯哈克耶”,仍是新疆地区两个重要的苏菲派教团。
白山派和黑山派的名称大约出现于18世纪前后，但两派的分歧和形成却由来已久。玛合图木·
阿杂木去世后，伊禅卡朗作为长子取得了纳格什班底教团教权，伊斯哈克在争夺继承权失败后，即开始了自创教团的活动。在叶尔羌汗国的十多年中，伊斯哈克完成了创建教团的进程。在和卓萨迪时期，伊斯哈克教团发展成为新疆的主要教团，并控制了叶尔羌汗国的宗教权力。伊禅卡朗不愿伊斯哈克独占新疆，遂派其子穆罕默德·玉素甫和卓前来新疆与和卓萨迪争夺叶尔羌汗国的宗教统治权。从此开始了玛合图木·
阿杂木和卓两支后裔之间，也是白山派与黑山派之间长达几个世纪的残酷斗争。
明万历四十八年(1620年)，穆罕默德·玉素甫和卓赴麦加朝觐后，直接来到新疆。当时，和卓萨迪正把持着叶尔羌汗国的朝政。穆罕默德·玉素甫和卓没有直接去叶尔羌，而先去了喀什噶尔。在这里，他以纳格什班底教团“正统”的身份出现在教民中，传播本派的教义主张，广招门徒。和卓萨迪当然不会自动让出自己的地盘。于是，两派为争夺信徒展开了激烈斗争。在这场斗争中，阿不都·拉提甫汗为摆脱和卓萨迪的控制，曾一度支持穆罕默德．玉素甫和卓，但不久即迫于黑山派的强大压力而改变态度，不得不下令将穆罕默德·玉素甫和卓逐出喀什噶尔。
穆罕默德·玉素甫和卓被迫前往黑山派势力薄弱的哈密。他在哈密生活了十几年，当地的大量居民和达官显贵、学者成为白山派信徒。在此期间，他还娶了哈密统治者的女儿为妻。著名的阿帕克和卓就是这位妻子在哈密所生。穆罕默德·玉素甫和卓在哈密发展白山派势力的同时，还时刻关注着叶尔羌的形势。
在穆罕默德·玉素甫和卓离开喀什噶尔的十几年里，叶尔羌汗国内乱频仍，汗位不断更迭，政局不稳，社会动荡，汗统在和卓萨迪的操纵下，也转入了拉失德汗的幼子、吐鲁番统治者阿布都·拉西木汗一支。穆罕默德·玉素甫和卓认为时机已到，遂携家返回喀什噶尔。他通过自己的一位为阿布都拉汗当侍从的信徒，结识了这位叶尔羌汗国的统治者。正力图摆脱和卓萨迪控制的阿布都拉汗，对穆罕默德·玉素甫和卓父子的到来深表欢迎。为表示自己的诚意，他还把原属于汗的种植园阿瓦提村赠献给了穆罕默德·玉素甫和卓。但是，后来由于阿布都拉汗加强同清朝及邻国关系的主张和做法，遭到穆罕默德·玉素甫和卓父子的反对和抵制，双方发生了矛盾。穆罕默德·玉素甫和卓父子转而支持与其父不和的阿布都拉汗之子、喀什噶尔统治者尧乐巴斯汗。汗位觊觎者尧乐巴斯汗正需要一位著名和卓来加强自己的地位，于是双方一拍即合，尧乐巴斯汗拜穆罕默德·玉素甫和卓为其宗教导师，从而结成了反对阿布都拉汗与和卓萨迪的同盟。
伊斯兰教历1005年(公元1645／1646年)，和卓萨迪去世，留下两个尚未成年的儿子。黑山派的教务暂由和卓萨迪的海里排和卓·赛义德·穆罕默德(别称和卓·谢平)代理主持。穆罕默德·玉素甫和卓认为这是打击黑山派的好时机，于是他以向和卓萨迪的麻扎祈祷为名，前往叶尔羌。他一度取得了巨大的成功，阿布都拉汗和许多黑山派信徒“开始信仰他而离开了萨迪的儿子们”。
但黑山派很快就进行了反击。在海里排的率领下，黑山派信徒把和卓萨迪的儿子驮在脖子上到阿布都拉汗面前示威。阿布都拉汗再次迫于黑山派的压力，下令把穆罕默德·玉素甫和卓逐出叶尔羌。穆罕默德·玉素甫和卓回到喀什噶尔后，在加紧发展白山派势力的同时，积极策动尧乐巴斯武力夺取汗位。他们的阴谋活动引起了阿布都拉汗的警惕，他对白山派信徒和尧乐巴斯的追随者进行了屠杀。1667年，穆罕默德·玉素甫和卓父子发动了白山派数万人的暴乱。暴乱得到许多异密(指地方官吏和贵族)的支持。阿布都拉汗在众叛亲离的情况下，只得宣布放弃汗位，前往麦加朝觐。后来客死异乡。