自1223年始，倭寇多次侵扰朝鲜半岛，给金州、海州等地的沿海居民带来了巨大灾难。元代，倭寇在中国沿海的活动也相当频繁，尤其是在元末，“倭屡入寇，抑无所纪”。中国沿海各地，从福建到江浙，再到山东、辽东沿海，均遭受过倭寇荼毒。
倭寇侵扰沿海，多与来华日本商人相关，尤其是庆元地区的倭患更是如此。元朝虽然有时也实行海禁，但海禁时间较短，政策不具有延续性，而且禁民不禁官，禁内不禁外，海禁期间甚至仍然鼓励招徕外商。在这种环境下，元朝海外贸易兴盛，日商频繁来华贸易。
1274年（元至元十一年、日文永十一年）和1281年（元至元十八年、日弘安四年）元世祖忽必烈发动了两次侵日战争。
据不完全统计，至元十四年（1277）到至正二十四年（1364）的88年间，中日之间至少有43次通商，而实际数量可能为此数的数倍之多，且绝大多数为日本商船来华贸易。即使是在元日处于敌对的状态下，元日两国间的贸易也不曾中断。
从地理位置来讲，庆元距离日本最近，故自宋代以来一直就是对日贸易的重要港口，来华的日本商船几乎都是驶抵庆元。
日本商人到中国贸易时通常都会携带武器。这些武器既可用于海上自卫，但同时也可用于杀烧抢掠，为中国海防埋下了安全隐患。
元日战争过后，元朝对日本商人的防范意识开始加强。
至元十六年，日本商船四艘，篙师二千余人至庆元港口，庆元路总管府达鲁花赤哈剌带在确认日本商船并无威胁之意时，方准其贸易。
至元二十一年，元朝任命哈剌带为沿海上万户府达鲁花赤。次年，哈剌带“奏对请庆元亲军衣装，禁戢倭人、海寇、私盐数事，上嘉纳之”。
至元二十九年六月，日本到庆元贸易，风坏三舟，惟一舟到达。十月，日本舟又“至四明，求互市，舟中甲仗皆具，恐有异图”。为此，元廷又“令哈剌带将之，以防海道”。
大德六年（1302）十月，改浙东宣慰司为宣慰司都元帅府，次年元帅府从婺州徙治庆元，以镇遏海道。大德八年二月，鉴于江南沿海地区的兵力薄弱，元廷又调集蕲县王万户翼汉军100人、宁万户翼汉军100人、新附军300人守庆元，蒙古军300人守定海。四月，又“置千户所戍定海，以防岁至倭船”。大德十年日本商人有庆等人驶抵庆元进行贸易，“以金铠甲为献，命江浙行省平章阿老瓦丁等备之”。
随着贸易的进行，庆元有些地方吏卒对日本商人“不能用公前后待之之道，而利其货宝，劫之以兵”，“欺虐凌侮，致其肆暴，蓄毒火攻，残民骨肉”，从而引发了至大二年（1309）日本商人火烧庆元的暴行。
暴乱初发时，当地官员却“不能敌”，致使日本商人在庆元大肆焚掠，“倭人作乱，火城市，杀吏民”。彼时，日本商人到庆元贸易都是“馆于庆元天宁寺”。天宁寺始建于唐大中五年（851），为历史悠久的著名寺院，然而在这次日本商人暴动中却未能幸免于难，“火于倭人”，惨遭破坏。这些日本人虽是商人，但是却“戈矛剑戟，莫不毕具”，攻击性极强，就连当时的浙东都元帅府也受到了冲击，幸得张复初等人的英勇抵抗，“格杀其渠贼”，方得解围。
庆元著名的玄妙观也在这次倭寇侵掠活动中被烧毁。据虞集（1272–1348）《庆元路玄妙观碑铭》载：“岛夷岁以土物互市，郡境吏卒侵渔之，不堪以忿，持所赍流黄等药火城中。官府、故家、民居几尽，观亦与焉。盖至大二年也。”《庆元路玄妙观重修道藏记》也称玄妙观“入国朝，易今名。继有倭夷之灾，观与藏俱毁。至大辛亥，吕真师既谋兴复，首葺藏殿，置轮机，具像设。”据此可知，玄妙观被倭寇烧毁，后又于至大四年重新修复。
元人吴莱在延祐元年（1314）前后所作的《论倭》中对倭寇杀伤抢掠的行径和庆元官兵无力应对尴尬境遇做了生动描述：乡自庆元航海而来，艨艟数十，戈矛剑戟，莫不毕具，铦锋淬锷，天下无利铁。出其重货公然贸易，即不满所欲，燔焫城郭，抄掠居民。海道之兵，猝无以应，追至大洋，且战且却。戕风鼓涛，汹涌前后，失于指顾，相去不啻数十百里，遂无奈何。丧士气，亏国体，莫大于此。
为加强沿海戒备，至大二年，江浙省从水路沿海万户府新附军中调取三分之一，与陆路蕲县万户府汉军相参镇守。至大四年十月，因“庆元与日本相接，且为倭商焚毁”，枢密院遂下令于“冲要去处，迁调镇遏”，加强海防力量。延祐三年（1316），“大臣以浙东倭奴商舶贸易致乱”，遂奏请派遣汉卿宣慰闽、浙，抚戢兵民，海陆为之静谧。延祐四年，王克敬被派往庆元“监倭人互市”。“往监者惧外夷情叵测，必严兵自卫，如待大敌”，王克敬到任后，实行怀柔政策，将卫兵“悉去之，抚以恩意，皆帖然无敢哗”。
日本学者藤家礼之助认为至正年间日本商人焚掠庆元事件为“倭寇的前奏”，高荣盛进而认为该事件是一个明显的信号或肇端，在一定程度上开启了之后的一系列倭寇事件，为元代倭患的一个“标志性起点”。从后来所发生的诸多倭寇事件分析，也验证了此观点。
至正庆元倭患平息不久，庆元又爆发了另外一次严重的倭患事件。据元朝学者程端礼1344–1345年的记载：初，倭寇来鄞，防御之官控御无度，且启肆慝，焚屋庐，剽玉帛，民甚患之。公镇遏，严师控制，贸易持平，表之以廉介，怀之以恩威，乃俛首詟服，恭效贡输之礼。尝中夜倭奴四十余人擐甲操兵，乘汐入港。公亟讯之，得变状，征所赂上官金还之。倭旋及昌国北界，掳商货十有四，掠民财百三十家，渡其子女，拘能舟者役之，余氓奔窜。公亟驾巨舰追之。进其酋长，谕之曰：“曩不轨，在律无赦。圣上仁慈，不忍殄歼。汝敢怙终，复肆虿毒！汝亟用吾命，幸宽贷之。稍予迟违，则汝无遗类矣。”皆股栗战恐，愿尽还所掠以赎罪。公从之，遂招徕其民，给衣食，使之保聚，皆两举手，环公拜且泣曰：“吾父母也。”
据目前所掌握的资料，这是最早明确使用“倭寇”一词的中国文献。文中所记的谔勒哲图（1299–1344），图伯特氏，世居燕山，祖上战功显赫，延祐庚申（1320）钦受符命授怀远大将军蕲县翼上万户府、达噜噶齐，正三品，不久又奉檄镇海口，因功受赏，加授定远将军，至正甲申（1344）拜浙东道宣慰使都元帅加中奉大夫兼前职。程端礼“知公颠末最详”，故撰文记述其生平。
结合上下文背景可知，此次倭寇事件大约发生在1320年代。因当时庆元地方官吏贪污腐败，苛待日商，故引起后者愤而报复。当时进犯鄞县的倭寇人数也颇多，一次就多达40多人，且携带利器，组织有方。倭寇流窜到昌国北界（今浙江嵊泗县境内）后，抢劫了14处商家和130家民宅。倭寇不但抢商货、掠民财，而且还焚屋庐、掳民人，给沿海居民造成了极其恶劣的影响。为平息倭寇，谔勒哲图一方面促进公平贸易，另一方面则加强军备，严防倭寇。在“驾巨舰”追击到倭寇后，谔勒哲图并不是直接将之歼灭，而是晓之以大义，最终将之招安。谔勒哲图采用恩威并施的方式很快将倭寇平息，从而赢得了民众的高度赞扬，“立祠铭其德于石”，元朝著名诗人乃贤（1309–1368）、张仲深、张宪等均有专门诗作纪念谔勒哲图抗倭事迹。
泰定元年（1324）六月六日，倭寇进犯鹤沙（今属上海浦东新区），残杀居民达600人，瞿妇乔永贞氏拒辱反抗，后死于倭寇刀下。赵天放歌颂其气节曰：“倭贼杀民凡六百，独有妇乔死贞白。”泰定二年（1325）十月，日本商船又驶抵庆元海口，浙东宣慰司使马铸随即向之宣告朝廷严格管理贸易的旨意。然而，日本商人初闻旨意之时，“疑骇不肯承命”。马铸见状，一边反复申谕，一边整顿军队，加强巡警，规范商贸。最终，庆元的中日贸易市场得以正常运转。至顺元年（1330），张震任庆元路同知，总管府事。张震上任后，继续实行恩威并施的政策，“接之以诚而防之不测，交易而退，遂以无事”。
至正十七年，方国珍控制浙东地区，陈仲宽将往其麾下任职，乌斯道作文《送陈仲宽都事从元帅捕倭寇序》为其送行：
倭为东海枭夷，处化外。比岁，候舶趠风，至寇海中，凡水中行而北者病焉。……矧倭寇蜉蝣耳，不足当吾锋，又奚言哉。然彼尚艨艟剽轻，出入波涛中若飞，有不利则掎沙石，大舟卒不可近，此不可不豫计也。且彼既弗归顺，素摈弃海外，今又犯我中国地，枭馘固当，第虏吾中国人日伙，就为乡导，为羽翼，求其回心内附，岂得已哉。苟我军相攻击，玉石弗暇论，必令吾中国人自告者免，乃生致之，此又参佐所当言也。
倭寇凭借其轻便艨艟，出入海中，屡犯沿海，影响了正常航运。彼时，倭寇已多有虏获中国沿海居民，逼迫其为向导，为虎作伥。乌斯道序文中亦用“倭寇”一词，表明此时“倭寇”已为士人所习用。
元人姚桐寿在至正癸卯（1363）所作的《乐郊私语》中记载了发生在浙江澉浦的倭寇事件：
近年长吏巡徼，上下求索，孔窦百出。每番舶一至，则众皆欢呼曰：“亟治！厢廪家当来矣！”至什一取之，犹为未足。昨年番人愤愤，至露刃相杀，市舶勾当死者三人。主者隐匿，不敢以闻。射利无厌，开衅海外，此最为本州一大后患也。
宋初，澉浦置市舶场，元至元十四年（1277），设市舶司，大德二年（1298），澉浦、上海二处市舶司并入庆元市舶提举司。姚桐寿文中所记的“番人”当指日本商人，因其不满澉浦港官吏的勒索愤而反抗报复，三位市舶司官员在冲突中被杀。此次倭寇事件，当发生在至正二十年（1360）前后。
除此之外，元人诗词中也多有对于倭寇来犯的记录，如黄镇成的《岛夷行》：
岛夷出没如飞隼，右手持刀左持盾。
大舶轻艘海上行，华人未见心先陨。
千金重募来杀贼，贼退心骄酬不得。
尔财吾橐妇吾家，省命防城谁敢责。
黄镇成（1287–1361），字元镇，号存斋，邵武人，曾“历览楚汉名山，周流燕、赵、齐、鲁之墟”达十余年，最后“浮海而返”回到家乡。从黄诗可以看出，倭寇经常携带利器，“右手持刀左持盾”，乘大船出没海中，杀人掠货，给中国居民造成了极大恐慌。
除江浙沿海外，福建沿海也曾遭受过倭寇侵扰。丘葵（1243–1332），字吉甫，号钓矶，福建泉州府同安县人，“元时倭寇至其宅，他无所犯，惟取遗书以去，故其著述多无传”。此次倭患应发生在丘葵去世后，即元末时期。
1330年代，倭寇活动逐渐扩展到北方沿海地区。据《湖南宪副赵公神道碑》记载，至元年间（1335–1340），赵天纲曾奏称“山东傍海诸郡，奸盗潜通岛夷，叵测上下，数千里无防察之备，请置万户府益都，出甲兵、楼橹以制其要害，凡七十二处。”可知，山东沿海的奸盗之人与倭寇相互勾结，濒海之地颇受其害。这是目前所见到的有关山东倭寇活动的较早记录。
从至正十八年开始，倭寇又开始“连寇濒海郡县”。是年，倭寇进攻辽东的金复州等地，地方官奏请朝廷派人“往赏赉而抚安之”。二十三年八月丁酉，倭寇又侵掠蓬州，守将刘暹奋勇抵抗，大败倭寇，“至是海隅遂安”。然而，沿海并没有像《元史》所记载的那样转而变得安定，事实上倭寇活动仍在继续。据宋濂（1310–1381）《元故秘书少监揭君墓碑》记载，揭汯（1304–1373）曾在北方沿海遭遇倭寇：
时淮浙乱道不通，留家四明之慈溪，挟子枢浮海而北，过黑水，抵铁山，卒遇倭寇。同行多被害，君脱走，趋辽东，转之山东。
结合碑文上下文可推知，此次倭寇事件应发生在1362–1368年之间，地点在渤海湾的铁山。揭汯去世于洪武六年二月，碑铭应在此后不久所作。碑铭中言“同行多被害”，可见揭汯此行尚有其他同行者。同行者的详情我们可以在元末明初文学家戴良所作的《袁廷玉传》中找到：
南台中丞月鲁不花公治书，胡公均，兵部郎中揭公汯，将赴北，会于上虞，廷玉曰：“月公肤似凝脂，目如点漆，聪睿而文官二品。今秋有中台之命，然不宜往。往则不祥。”公问为何，廷玉曰：“面有紫赤气，如玉印纹。玉印除，拜象也。然紫赤火色岂宜往水位？胡公鼻梁耸，得阴贵助，司空杨州分野，红气润泽，六八日内除南方台聀。揭公骨气巉岩，举动端悫，馆阁器也，但神庭金柜黒气如弓，此去大不利，纵有美擢而到任难矣。月泛海而北，果为倭宼所害，妻妾皆被虏。胡拜侍御史，开台于闽，揭与倭宼之难脱身，赴北授秘书少监，未任而国事去。
从中顺大夫秘书少监揭汯给《九灵山房集》所作的序言可以看出，该书原稿至迟在元至正二十五年（1365）就已经完成。那么，这是否也意味着《袁廷玉传》这一篇章也是在1365年就已经完成了呢？由于文中并没有直接提及写作时间，故我们只能从文中所记内容推测。该文传主袁珙（1335–1410），字廷玉，以字行，号柳庄居士，鄞县（今宁波）人，知名相师。文中记载袁珙曾为程徐看相，后程徐官至吏部侍郎，但未言具体任职时间。查《明史》知，程徐被授予吏部侍郎是在洪武二年。所以，此文应是洪武初年所作，但不会早于洪武二年。
戴良文中虽记有同行者姓名，但是同样未言明倭寇发生的具体时间。我们只能根据同行者遇害的时间来推断之。同行者中的月鲁不花，字彦明，号芝轩，蒙古逊都思氏。元顺帝元统元年（1333），登进士第。乌斯道在《送逊都月公赴山南廉访使序》中提到“至正二十六年夏五月，诏逊都月公为山南江北道肃政廉访使”，故月鲁不花应在当年启程，不料途中遇害。通过考证，萧启庆也同样认为月鲁不花死于1366年。《元史》对月鲁不花一行遭遇倭寇杀害一事记载颇详：
俄改山南道廉访使，浮海北而往，道阻，还抵铁山，遇倭贼船甚众，乃挟同舟人力战拒之，倭贼绐言投降，弗纳。于是贼即登舟攫月鲁不花令拜伏，月鲁不花骂曰：“吾朝廷重臣，宁为贼拜邪。”遂遇害。当遇害时，麾家奴那海刺杀首贼。次子枢密院判官老安、侄百家奴扞敌，亦死之。同舟死事者八十余人。事闻，朝廷赠摅忠宣武正宪徇义功臣、银青荣禄大夫、辽阳等处行中书省平章政事、上柱国，谥忠肃。综合以上资料可知，1366年月鲁不花、胡均、揭汯等一行在渤海湾铁山附近遭遇倭寇，众人遂顽强抵抗，但却不敌，致使月鲁不花及其妻妾、儿子等80余人都被杀害，胡均、揭汯等人幸免于难，得以逃脱。被害人之多，令人震惊，足见倭寇人数之多、活动之猖獗。