南宋以后，朝廷偏安一隅，政治、经济、文化中心亦随之南移。到了元代，浙江吴兴（今湖州）的制笔业异军突起，渐渐取代了宣笔的地位。湖笔虽採用紫毫、狼毫、鸡毫、羊毫，但它主要是以羊毫制笔，因为羊毫价廉易得，其价值只有兔毫的二十分之一，所以为湖笔的发展提供了极为有利的条件。湖笔的羊毫主要採用「嘉兴路」的山羊毛，这里的山羊毛，毛细、锋嫩、色白、质净。笔管出自余杭县文山，非此则不中笔材。湖笔选料考究，工艺精绝，从选择原料到制成笔，要经地近百道工序，制成的笔具有锋颖尖锐，修削整齐，丰硕圆润，劲健有力的特点，即所谓「四德」，被誉为「毛颖之技甲天下」。元代许多着名的制笔家都是出自吴兴的笔工，如冯应科、张进中、吴升、姚恺、杨茂林、沈秀荣、潘又新等。吴兴的笔工也大量向外输出，使湖笔在江苏、浙江各处普遍制作，驰名于东南各地。吴兴笔工的技艺受到了极高的贊誉，如《归安县志》载：「元冯应科制笔妙绝天下，时称赵子昂字、钱舜举画、冯应科笔为吴兴三绝。」仇远在他的诗中亦贊道：「浙间笔工麻粟多，精工唯推冯应科。

到了明清时期，制笔在工艺上不但讲究实用，且更注意装饰。随着书画艺术的发展，作为工具的毛笔制作也发展到了鼎盛时期。这一时期笔头的选毫极精，多捆扎出竹笋式、香盘式、兰花式、葫芦式等多种形式。当时用毫有羊毫、紫毫、狼毫、貂毫、猪鬃等不同性质的毛，兼毫制笔多被采用，使笔毫软而圆健，强劲有力，刚柔适中，经久耐用。根据书法、绘画的要求，还新创了楂笔、斗笔、联笔、提笔等写特大字的大型笔，而且在笔管的制作形式上也创制了许多精巧的工艺，有金管、银管、瓷管、斑竹管、象牙管、玳瑁管、琉璃管、绿沉漆管、棕竹管、紫檀管、花梨管、珐琅管，等等，还加上雕刻、镶嵌，大体以吉祥图案为主，形成了一种特制的工艺品。现今各博物馆所陈列的那些富丽堂皇的笔，多为明清遗物。

除了以上所介绍的宣、湖两大笔派之外，尚有江西、镇江、湖南诸派。江西派，原宗宣州派，历史较早，现在汉口的邹紫光阁笔庄，即江西派的嫡传。镇江派，以专制水笔知名，精致耐用，销行各地。湖南派原宗江西，不过百余年的历史，以制羊毫及鸡毫笔有名，但工料远不及湖州派，其势力在西南诸省，然售价低廉，颇为一般人乐用。

毛笔是中国传统文化的重要组成部分。