西域古国于阗国建立于公元前252年左右，张骞通西域后，中原王朝才知道了于阗国的存在。《史记•大宛列传》记载：“（大宛 ）东北则乌孙 ，东则扜罙 、于窴（于阗）”。于阗国地处塔里木南沿，东通且末、鄯善，西通莎车、疏勒，位于丝路要冲，因盛产美玉而闻名。关于于阗国的来历，有以下说法：
《于阗国授记》、《于阗古史》《于阗教法史》都有类似的记载：建立于阗国的人是被阿育王抛弃的王子，他被汉王菩萨收为义子，长大后西奔，建立于阗国。
实际上，于阗国人是斯基泰人的一个部落，流落到南疆后，姓氏叫做“Vi-ca”的部族首领，（汉译音为“尉迟”，意为“征服者”）。建立了于阗国。《北史》中记载“自高昌以西，诸国等人，深目高鼻。惟此一国，貌不甚胡，颇类华夏”。 这是因为他们是藏族和印度的混血部族。
有关于阗的得名，历来说法不一。有人从于阗建国的神话得出结论，“于阗”是“地乳”的意思。有人根据于阗的梵文名“优地耶那”（ “遐意的果园”或“花园”）推测，于阗的真正含义是绿洲之国。
如今，学术界大多认同俄国学者布锡尔和日本学者白鸟库的研究结论：“于阗”是古代吐蕃语“玉城”之意。因为他们是古代吐蕃人的后代，而且该地区自古盛产美玉，故而得名。张骞通西域时，于阗只有不到两万人。但是到了东汉时期，于阗国兼并了周边的皮山、渠勒、戎卢、扜弥等城，成为“领户32000，人口83000，胜兵30000余人”的强国。到了北魏时期，他们被吐谷浑、柔然攻袭，尉迟氏在夹缝中求生存，直到唐朝，玄奘经过此地，在《大唐西域记》中写下“自兹以降，奕世相承，传国君临，不失其绪”的文字，说明于阗一直是尉迟氏执政。
贞观二十二年（公元648年），于阗成为“安西四镇” 驻地之一。于阗与中原的关系从此密切。公元649年，国王尉迟伏阇信到长安，朝见新登基的李治。李治非常高兴，“赐金带、锦袍、布帛六十段，并宅一区”。
天宝年间，国王尉迟胜到朝见唐玄宗，唐皇 “以宗室女妻之，授右威卫将军、毘沙府都督”，在安史之乱期间，尉迟胜亲统兵五千帮助中原平叛，后终老于长安。唐肃宗时期，唐廷授予国王尉迟曜兼四镇节度副使，抵抗吐蕃入侵。
咸亨元年（670年）吐蕃进占于阗，四年后（673年），于阗人赶走了吐蕃，唐朝在于阗设毗沙都督府。后来，唐朝国力愈发衰退，吐蕃人再次占据于阗。张义潮在沙州起义后，于阗也在851年前后摆脱了吐蕃统治。
唐朝灭亡后，汉化程度较深的于阗国怀念唐朝，国王尉迟婆跋自认是“唐之宗属”，于是改名为李圣天（当然，“圣天”也不是一个纯粹的汉名，它其实有很强突厥色彩）。938年，后晋政权册封李圣天为“大宝于阗国王”，从此“大宝于阗国”成为该国正式的国号。960年，宋朝建立。第二年，李圣天派遣使者前往东京进贡玉石等物。
在当时的西域，信奉伊斯兰教的喀喇汗国正在大肆屠杀异教徒。受迫害的佛教徒有一部分逃到于阗。喀喇汗国以此为由，从962年开始，发动了一场侵略战争。这场战争持续四十多年， 史称“喀喇于阗战争”。
战争爆发后，于阗国先是请求宋王朝的支援。但赵匡胤考虑到中原尚未统一，就没有派兵前去。不过，在高昌和吐蕃的支持下，于阗还是在战争的初期取得了一定优势，攻占了喀喇汗国的陪都喀什噶尔。
但喀喇汗王朝夺回了喀什噶尔后，双方进入了相持阶段。喀喇汗王朝的博格拉汗见短期内难以攻下于阗，索性向西扩张，翻过葱岭去攻打萨曼王朝。于阗王觊觎喀喇汗王朝的财富，见有机可乘，再次攻占了喀什噶尔。玉素甫•喀迪尔汗即位后，在国内调集了 14万兵力，不但夺回了喀什噶尔，还兵临于阗城下。无奈的于阗王决定投降，喀喇汗国占领了于阗。后来，喀喇汗军撤出于阗国，又经过一轮战争，喀喇汗王朝大约在1004年或1006年征服了于阗全境。
有人说，这一次战败，于阗国消失了，当地佛教遭到毁灭性打击。于阗从此伊斯兰文化。这个说法对吗？
实际上，于阗国并没有就此灭亡，西域的伊斯兰教化延续了数百年之久，一个像于阗这样的千年佛国，也不可能在一夜之间伊斯兰化。
《宋史•于阗传》记载，宋仁宗嘉佑八年（1063年），于阗国王派使者“贡方物”， 元丰八年（1085年），宋神宗驾崩，于阗国使者入贡，还为去世的神宗举行了佛教的仪式。《宋会要》记载，在1118年，于阗使者前来朝贡，副使由佛教僧侣担任。可见直到北宋末年，于阗国仍然没有亡，佛教仍然在于阗国有很高的地位。当然，这不是说于阗国内没有伊斯兰教徒。事实上，于阗一直执行宗教信仰自由政策，宋哲宗元祐七年（1092年），于阗国派一名伊斯兰教徒出任使者，这从侧面反映出他们的宽容。
1132年，辽国皇室后裔耶律大石在叶密立（今新疆额敏县）重建辽国，史称西辽。于阗成为西辽的附庸。西辽政权的统治阶层信奉佛教，但他们并不排斥其他信仰。随意耶律大石死后，也获得了当时穆斯林学者的高度评价。
到了1219年，成吉思汗西征，蒙古大军迅速占领了西域。1222年，察哈台汗国建立，大约于1227年之后不久便最终征服了于阗国，于阗国才最终灭亡。
算起来于阗从战国一直延续到宋代，前后大约1400年。