2003年3月，新疆喀什地区客运公司一辆定期国际班车在吉尔吉斯斯坦纳伦州被烧毁，21名乘客全部遇难。其中有中国公民18人(包括15名维吾尔族同胞)。吉尔吉斯斯坦司法机关认定，此事件与“东突厥斯坦解放组织”有关。
有资料显示，“9·11”恐怖事件之后，国际恐怖活动在新疆周边国家与地区频频发生，大约60％的恐怖暴力活动发生在中东、高加索、中亚、南亚、东南亚地区。境外“东突”分裂势力在阿富汗的基地被摧毁后，中亚成为侵扰新疆前沿，他们在那里招兵买马，重新武装。在车臣、阿富汗、巴基斯坦等地溃散的“东伊运”恐怖暴力分子，逐渐在那里聚集，并颇具规模。这股势力，与本·拉登基地组织、塔利班残余势力、“乌兹别克伊斯兰运动”等恐怖组织一直有联系。
中亚阿塞拜疆的巴库有以买买提明·艾孜来提为首的宗教极端势力，他们与车臣恐怖势力联系密切，时刻在策划进入新疆实施恐怖暴力活动。
分裂组织“维吾尔人民党”，哈萨克斯坦将其宣布为非法组织而取缔，但该组织并未停止活动。2003年9月还召开所谓常委会，决定以“基金会”形式重新组建，叫嚣用“武力方式实现独立愿望”，在中哈边境制造暴力恐怖事件。
“东突”分裂恐怖分子在哈萨克斯坦南部活动猖獗。2003年7月，哈萨克斯坦国家安全部门在哈南部重镇奇姆肯特市一普通住宅内搜查时发现屋内藏有爆炸品、武器和军用设备，后经查实，房主人系“东突伊斯兰党”组织成员，该组织正秘密筹划暴力恐怖活动；9月，哈萨克斯坦安全部门捣毁“东突”极端宗教组织“伊斯兰解放党”的地下印刷厂，收缴大量印有宣传极端宗教主义、反政府言论的宣传品；10月，哈萨克斯坦安全部门抓获十名“东突”组织成员，另缴获一千余份反动宣传品。哈萨克斯坦官员表示，“东突”分裂分子的猖獗活动，已对哈萨克斯坦的安全和社会稳定构成严重威胁。
境外分裂势力从未停止对境内的渗透破坏。目前，在境外的“东伊运”、“东突解放组织”、“维吾尔人民党”等分裂组织，其成员达千人以上，时时制造恐怖威胁。2005年新疆维吾尔自治区成立50周年前夕，一自称隶属于“东突解放组织”的“天山雄狮”恐怖组织，以音像形式在“美国维吾尔联盟”和“麦西来甫”网站上发布要对新疆进行武装袭击的威胁。
“9·ll”事件之后，新疆境内分裂势力仍在鼓吹“圣战”，策划实施恐怖暴力活动。如破坏铁路，节日期间以暴力手段扰乱社会，等等。被新疆警方破获的“东突”分裂组织数量并不少，2003–2005年就破获52个。2003年9月，新疆警方在内地省份山西、云南也破获了4个暴力恐怖团伙。
非法宣传品如《你是谁》等书籍、音像制品还在传播，南疆一些重点地区的不少人仍在传播此类宣传毒品。喀什、伊犁等南北疆地区的分裂势力仍在利用“台比力克”进行分裂活动。地下经文学校仍然猖狂，教经地点由固定变为流动，青少年仍在受毒害。
严酷的事实警示于众，“9·11”事件后，新疆分裂与反分裂斗争仍在继续，因此，必须警惕，不能松懈。
2．新疆反分裂斗争的发展趋势
2001年“9·l1”恐怖事件后，恐怖势力成为人人喊打的过街老鼠，“东突”分裂恐怖组织力图拉大与本·拉登、塔利班恐怖组织的。距离，妄图抹去身上的恐怖主义色彩，限制成员发表过激言论，避免所在国将其与恐怖组织联系在一起。在南亚的“东突”分裂恐怖组织，将其在阿富汗的成员向周边的南亚、中亚或中东地区实施战略转移，以保存实力。分裂势力再次扯起所谓维护“人权”、“宗教自由”和“少数民族利益”的旗号，编造所谓“中国政府借机打击少数民族”等谎言，混淆视听，妄图逃脱国际反恐打击。但不论他们怎么改头换面，变化手法，也无法掩盖其恐怖组织的本质，也改变不了其恐怖组织的性质。
2001年10月在上海举行的APEC会议上，中方与到会各国就反恐问题达成共识，对“东突”恐怖组织予以谴责。APEC会议结束后，中国根据中美峰会达成的共识与美国开展情报交流，并将为进入阿富汗的美军提供后勤援助。必要时，解放军的特种部队也将对流窜于中阿边境的塔利班及“东突”恐怖分子进行打击。中国和美国的反恐合作，意味着中国将打击“东突”恐怖主义活动纳入到国际反恐斗争大潮之中。
九届全国人大第24次会议讨论通过了国务院提交的《制止恐怖主义爆炸的国际公约》和《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》两项议案。中国加入国际反恐怖斗争的范围越来越大。中国与国际社会的合作，是打击“东突”分裂势力的重要举措。从1994年到2000年六年间，中国政府已投入430多亿元用于包括新疆在内的民族地区扶贫。这样的方式，是对“东突”分裂分子最大的打击。
2001年12月4日，美国国务院反恐事务协调员泰勒大使抵达北京，与中国就反恐问题举行了磋商。双方重申，恐怖主义严重威胁着世界和平与发展，国际社会应加强合作，采取综合性手段，共同打击一切形式的恐怖主义，并充分发挥联合国和安理会在此问题上的重要作用。双方一致认为，中美加强在各领域的反恐合作，建立中长期反恐交流与合作机制，符合两国的共同利益，有利于进一步发展中美建设性合作关系，也有助于推动国际反恐合作。
为了保护各民族人民的生命财产安全和共同利益，为了维护中国新疆及其周边地区的稳定，为了维护国家统一、社会稳定和现代化建设的顺利进行，中国政府对“东突”分裂恐怖势力无论过去、现在或将来，都将坚决依法予以打击。打击的重点是极少数策划指挥和参与暴力恐怖事件的骨干分子、刑事犯罪分子，对于那些由于受到蒙骗、参与了“东突”恐怖组织一些活动的大多数人，都采取教育、帮助的态度，希望他们改邪归正。打击“东突”分裂恐怖势力不是针对哪个民族、哪个宗教，而是针对暴力恐怖的违法犯罪活动，是为了更好地维护各民族的共同利益，保证正常的宗教活动的进行。这一政策受到了全国人民，包括新疆各族人民的衷心拥护和支持。中国政府反对任何形式的恐怖主义，反对在反恐怖问题上实行双重标准。世界各国人民，不分民族与宗教，不分地域与国别，不分政治和社会制度的差异，都应充分认识“东突”分裂恐怖势力的本质及其所造成的严重危害，识破“东突”分裂恐怖势力各种假面具，共同打击其恐怖暴力活动，不给他们有任何可乘之机。尽管境内外还存在一小撮“东突”分裂恐怖势力，但他们不可能从根本上影响中国神圣领土的完整与统一，新疆的社会稳定、民族团结、社会各项事业进步、人民生活不断改善的大好局面。
“9．1l”事件后，在国际社会共同打击恐怖主义的大背景下；特别是美国对“基地”组织和塔利班政权的毁灭性打击，加之我国与俄国及中亚各国的合作，作为国际恐怖势力一个组成部分的“东突”分裂势力，其国际生存活动空间被大大压缩，其内部分化明显，整合加剧。“9．11”事件后，“东突”分裂势力的活动出现了以下新的动向：
(1)极力开脱暴力恐怖罪责。国际反恐，使“东突”恐怖分子胆战心惊，“9·11”事件发生后，他们说：“美国遭受恐怖袭击对我们进行新疆独立运动并不是一件好事。”“现在，美国要对他(本·拉登)进行报复，在阿富汗塔利班、本·拉登的训练营地中有我们维吾尔青年在接受训练，美国一旦对阿富汗塔利班进行军事打击，实际上也是对伊斯兰革命的打击。而且，这样一来，美国肯定对伊斯兰世界产生反感，对我们新疆独立运动不会像以前那样支持。”惊慌失措之余，他们竟然向美国总统发出唁电，声称“代表全球维吾尔人向美国政府和死难者家属表示最深切的哀悼”；更为有趣的是，他们竟然通过媒体谴责对“美国的恐怖主义袭击以及各种形式的恐怖主义和极端主义。”以此表示他们自己不是恐怖主义，真是令人啼笑皆非。分裂分子非常恐惧戴上恐怖帽子，所以一再表白其所作所为不是暴力恐怖活动。
新疆民族分裂分子通过上述方式，企图洗刷恐怖暴力罪行，妄想摘去暴力恐怖的帽子，显然是徒劳的。2003年12月15日，中国公安部公布了第一批认定的“东突”恐怖组织和恐怖分子的基本情况：
①“东突厥斯坦伊斯兰运动”(简称“东突伊斯兰运动”、“东伊运”)，又称“东突伊斯兰党”、“东突真主党”、“东突民族革命阵线”。该组织是“东突’：恐怖势力中最具危害性的恐怖组织之一。其宗旨是通过恐怖手段分裂中国，在新疆建立一个政教合一的所谓的“东突厥斯坦伊斯兰国”。该组织已于2002年9月11日被联合国认定为恐怖组织。
②“东突厥斯坦解放组织”
(简称“东突解放组织”)，又称“东突民族党”。其宗旨是通过暴力恐怖手段，在新疆建立所谓的“东突厥斯坦”。1996年，该组织在土耳其出笼，总部设在伊斯坦布尔。其创建人为买买提明·艾孜来提，主要负责人有多里坤·艾沙等。“东突解放组织”建立后，在中国和中亚地区实施了一系列暴力恐怖活动。因此，被认定为“东突”势力中最具危害性的恐怖组织之一。