70年代末，新疆大学中语系的阿吉亚可甫，以及到叶城县大清真寺任主持，后担任该县伊斯兰教协会会长、县政协副主席、自治区伊斯兰教协会常委的阿不力克木·买合苏木阿吉，他们通过讲课、讲经、作报告、写文章、著书等形式，制造分裂舆论，传播分裂毒素。
进入90年代后，分裂思潮恶浪翻滚，不少分裂言论反映在包括报刊、电台、文学作品、音像制品、文艺演出等传播媒体中。
这一时期出现了带有分裂思想毒素的出版物。如文章《来自远方彼岸对故乡的问候》、《维吾尔人母亲教育和母亲的素质》、“藏头诗”《老人家向目标迈进》、小册子《穆斯林为什么落后》、宣传品《车臣之路》、《解放之路》、《惊醒》、《安拉您在哪里》、《圣战斗争》、《(冯夫人)及其作者的历史观》、《歌贼王洛宾悬崖勒马》、《回答岁月》、《足迹》等，制造分裂舆论的所谓“社论”《爱国主义与狭隘民族主义的区分》，在一家电台广播。20世纪90年代后期，几年间全疆共收缴煽动分裂的印刷品上百万册。2004年，在警方捣毁的4个窝点中就有3万多册。
带有分裂思想毒素的音像制品泛滥程度更堪担忧，被发现的有《呐喊》、《死亡之路、希望之路》、《狼》、《我们维吾尔》、《我是维吾尔之子》、《恐怖的夜晚》、《宾客》、《独立斗争》、《伊斯兰进行曲》、《一个学者的讲话》、《希望之光》、《平安之路》、《警示》、《路标》、《没有打中的子弹》、《伊斯兰国家》、《伊斯兰解放党的理念》、《教诲》、《穆斯林道路》等此类音像制品，出版销售畅通，几乎都是用维吾尔语制作。在南疆喀什、和田、阿克苏等地区即查获录音带、录像带一万多万盒，仅和田地区即收缴三十多万(册)盒。
以文娱演出和娱乐活动形式传播分裂思想毒素，也频频显现。20世纪90年代以来，南疆出现的“洪水演出队”、“灰色狼”青年文工团，演出节目中传播并煽动分裂。伊犁地区的分裂主义分子则以民间的“麦西来甫”、“茶会”、“台比力克(宣教)”、“踢足球”等形式传播并煽动。
分裂主义分子，通过上述各种方式，制造分裂舆论，攻击党的领导、社会主义制度，特别是民族区域自治政策；从资源、扶贫、人口、计划生育等方面攻击诋毁西部大开发的辉煌成绩；他们以弘扬民族文化为旗号，肆意歪曲新疆历史，宣扬伊斯兰极端主义思想。称“只有建立在《古兰经》和伊斯兰教法基础上的国家才是合法的，否则都是非法的，都在推翻之列”。鼓吹“意识形态彻底伊斯兰化”，称意识形态要“用伊斯兰思想统治一切思想文化”；在民族关系方面，他们反汉排汉，煽动民族仇杀，破坏民族团结。叫嚣“只有杀了汉族人，才能捍卫我们的自由和利益。”“谁杀死汉人最多，谁对东突的解放贡献就最大；谁要加入伊斯兰真主党，谁就要以杀死汉人为见面礼。”1997年，在南疆查获的“伊斯兰真主党”炮制的宣传品《真理之宝》和一自称为“东突驻新疆伊犁分支”的教师，给伊犁州领导写的信，从领土、主权、民族政策、干部政策、计划生育政策、西部开发政策等方面，大放厥词。意思是只有他们(即民族分裂主义分子)才是新疆的主人，才拥有主权，中央政府不能在新疆行使主权。
意识形态方面的问题，在教育阵地大专院校内反应最敏感，民族分裂主义分子对此紧抓不放。改革开放后，新疆校园被分裂组织、团伙处心积虑地染指，他们在师生中建立和发展民族分裂主义组织、团伙。大专院校、中专，乃至中学均发现冠以“东突”或“伊斯兰”名称的“党”、“联盟”、“阵线”等分裂组织、团伙。如“东突星火联盟”、“伊斯兰解放党”等。组织成员少则数人、十数人、数十人，多则数百人。有学生自己组建，也有民族分裂主义分子潜入校园发展组建。纲领明确以“新疆独立”分裂祖国为目的。大专院校是被染指的重灾区，新疆大学是重中之重，这就是80年代部分学生屡屡闹事，90年代部分学生参与恐怖暴力活动的根源。这是意识形态领域中分裂思潮的集中体现。
进入21世纪，意识形态领域中分裂思潮并未减退，鼓吹“东突独立”的书刊、文章相继出笼。《浑泉》、《巴达吾来特》、《喀什和卓》等四部小说，350万字，分16册出版。有5篇吹捧文章紧随其后相继出笼。具有分裂毒素的书稿《苏醒的大地》、《探索者的足迹》出版后，被分裂组织当作教材。煽动分裂的小说《野鸭子》刊登后，一电台播送了“删节本”。2002年元旦，在新疆人民会堂文艺演出的舞台上，竟然有人朗诵攻击党和政府的诗歌。所以，彻底清除意识形态中的分裂思潮，任务十分艰巨。
3.宗教极端势力的恶劣灌输
新疆的反分裂斗争，在意识形态领域中与宗教极端势力的斗争表现尤为激烈。宗教极端势力，疯狂地利用宗教进行分裂活动。他们竭力向新疆民众尤其是信仰伊斯兰教的穆斯林灌输“圣战”、“新疆独立”、“建立政教合一的伊斯兰政权”等分裂新疆、破坏祖国统一的思潮。
新疆13个世居民族中，有7个信仰伊斯兰教(维吾尔族、哈萨克族、柯尔克孜族、回族、塔塔尔族、塔吉克族、乌孜别克族)，人口多、分布广、影响大。宗教极端主义势力紧紧抓住这一特征，以宗教为旗号，与人民政权进行殊死较量。新中国成立以后的50年代和经历了“文化大革命”动乱的60年代，宗教极端势力参与了历次企图颠覆人民政权的反革命暴乱，结果均以失败而告终。进入80年代以后，宗教极端势力与民族分裂势力乘改革开放、政策宽松之机，卷土重来，一次次掀起分裂祖国的恶浪，宗教极端主义势力为了分裂新疆而在意识形态领域中的所作所为，万万不可等闲视之。
(1)不遗余力地争夺青少年
①非法私办经文学校。80年代，私办地下经文学校几乎遍及南疆各地。1988年，仅叶城县到私办经文学校入学的孩童即达两千多人。经文学校的教员1人可以带数百乃至上千学员。此类学校的教员有的就是宗教极端分子，目的就是大量培养他们的接班人。
经过集中整治，私办地下经文学校的情况得到遏制，但并未彻底根治。2001年，阿克苏、和田、伊犁三地州共查处地下经文学校195处，学员946人。2002年，喀什地区查处私办经文学校83处，学员一千二百多人。私办经文学校已经成为分裂势力争夺青少年的场所。
私办经文学校对教育阵地的冲击尤为严重。南疆一些农村，寒暑假期间学生普遍去经文学校读经，有不少学生不是假期也去读经，致使有的学校因学生大部分读经而不能开课。2001年，喀什地区被查处的私办经文学校的塔里甫，45．3％是在校学生，2002年，上升至90％以上。
②教育阵地密布着宗教极端势力争夺青少年的阴云。三股势力将实现分裂的希望寄予年轻一代，因此，他们处心积虑超乎寻常地向青少年灌输分裂主义思想，南疆喀什、和田、阿克苏等地区一些中小学受害最为严重，问题首先出在教师。
在灌输分裂思想中，部分教师充当了邪恶势力的急先锋。
喀什地区教委在一份调查报告中披露：有的学校，个别教师已经成为宗教极端势力和民族分裂主义的骨干分子或活跃分子，他们披着人民教师外衣，利用社会主义讲堂，大肆宣扬圣战，鼓吹民族分裂、新疆独立，煽动学生仇视汉族，反汉排汉。
在这种情况下，问题教师的言传身教，严重污染着幼小儿童的心灵。墨玉县一所小学3名担任班主任的教师，分别在班里向学生灌输宗教意识，授宗教教规课，散发《伊斯兰火炬》、《兄弟们的行动指南》等传播宗教极端主义的书刊，致使许多学生被毒害。喀什地区1998—1999年有35名学生离家出走，有一名学生给家里留言：是为伊斯兰而出走的，要等“伊斯兰王国”成立后才回来。后来查明，他们去了地下经文班学经，有的参加了分裂团伙。
深受毒害的青少年，一批批走向犯罪，有的沦为分裂势力的殉葬品。常见的有书写分裂口号、标语、传单并散发或张贴，投寄恐吓信息；建立分裂组织，在校园内活动；损毁领袖画像，写具有分裂思想的诗歌、文章；离开学校，投身分裂势力，身陷恐怖活动，等等。