在中国，伊斯兰教虽然最早自唐代就开始进入中国，但是真正在中国发展壮大确是在元代。蒙古人把大批中东和中亚地区的色目人迁徙至中国，主要是利用这些外来民族帮助蒙古人对中国进行殖民统治。而这些人大部分是信仰伊斯兰教的，所以在元代伊斯兰教就开始大量进入中国。因为色目人帮助蒙古镇压中国人民反抗有功，所以在蒙元时期划分的四等人中，色目人地位仅次于蒙古人而位列“二等人”的地位。

朱元璋建立明朝提出“驱除胡虏，恢复中华”的口号，在《奉天北伐讨元檄文》中晓谕天下，诏告蒙古和色目人等：“归我者永安于中华，背我者自窜于塞外”、“盖我中国之民，天必命我中国之人以安之，夷狄何得而治哉”、“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异”……，明朝最终北伐灭亡了蒙元。华夏神器重归汉室，汉人重继正统，社稷得以保全，而遗留在中土的蒙古和色目人在中国的地位则一落千丈。

明朝时期，由于色目人曾帮助过蒙元的历史使他们地位历来不高，比如郑和幼时就曾被明军俘获给阉割做了太监。色目人要么被汉族同化成为汉族的一部分，要么就低调苟且地偷生。对了，他们也不愿意再被称为“色目人”，这很容易使人们记起他们那不光彩的历史，所以他们在明朝时改称为“HUI HUI”，即回民。

在明代时期，整个社会环境比较排斥伊斯兰教。而为了摆脱回民在中国这种相当尴尬的不被认可的地位，中国的伊斯兰教学术界确实有过一个“以儒释经”的运动。主要是当时的一些穆斯林的学者考虑如何用儒家思想来解释伊斯兰教，使伊斯兰教中国化。因为他们也确实看到了伊斯兰文明与中国文化格格不入，难以为中国下至民间上自官方所接受，比如，伊斯兰教不许对偶像进行崇拜，而在中国是要祭祀孔孟等圣人的，这为伊斯兰文化所不容。同样出于反对一切以人为偶像的崇拜的缘故，回民的风俗中是不许祭祖和不扫墓的，这对十分注重忠孝节义传统的中国简直是不能容忍的。

所以说，伊斯兰教在中国历来是被官方和民间所边缘化的，甚至是鄙视的。他们只能通过内部自身人口的增加而扩大规模鲜见能向外部其他民族广泛传播招纳信徒的。有明一代，朝廷对道教和佛教典籍多次进行官方刊印出版却从没有对伊斯兰教的任何书籍进行过官方刊印的行为。

也正是为了摆脱这种在中国被边缘和被鄙视的地位，一些伊斯兰教中有先见之明的学者率先提出了“以儒释经”的口号。这些穆斯林学者倡导在不改变伊斯兰信仰的根本前提下加入一些中国本土文化风俗，这样使回教更容易为中国所接受。在“以儒释经”的运动中，一些回民确实改变了不少。譬如，他们既信仰伊斯兰教也同样接受中国儒家文化。特别是一些回教徒也开展祭孔的活动，这打破了伊斯兰教禁止以人为偶像崇拜的传统。

但是自满清统治中国以后，回民的中国化进程被彻底逆转了。一方面原因是：满洲殖民者强调对回汉两族的分化挑拨政策，使回汉关系显著恶化；另一方面，清中叶时期有个回民马明心他从中东引入了伊斯兰教的原教旨主义，即“哲合忍耶”，常被后人称为所谓的“新教”以区别于比较倾向于伊斯兰教中国本土化的“老教”。哲合忍耶这一派强调回民的一切习俗必须严格按照伊斯兰教发源地中东地区的阿拉伯人的生活方式进行。同时，哲合忍耶派最核心的思想就是对不信伊斯兰教的世俗政府和群众进行伟大的“圣战”，把穆斯林同胞从非穆斯林统治下解救出来，推翻世俗政府最终建立伊斯兰式的政教合一的国家。自此以后，哲合忍耶在中华大地不断地掀起了“回乱”……

哲合忍耶掀起的“同治回乱”尽管最终遭到了必然的失败，但是其回归中东原教旨主义的思想却在广大回民中逐步占据了主导地位。自此，中国伊斯兰教的本土化彻底被中断，强调自我独立于中国文明之外的意识成为中国伊斯兰民间的主流。

综上所述，不是我们为什么不承认伊斯兰教是中国文化的一部分，关键是伊斯兰教始终不愿意放弃它的所谓“圣战”思想，不接受像佛教进入中国那样被中国文明所改造，伊斯兰教最终拒绝去掉自身上的外邦异味并且排斥中国文化。