第二次鸦片战争结束，割地赔款阶段：1856年-1860年；

太平天国运动末期：1851年-1864年；

广西大成国起义末期：1854年-1864年；

捻军起义战中期：1852年-1868年；

云南回民起义战中期：1856 年—1873 年；

四川李永和、蓝朝鼎起义战中期：1859 年—1865年。

清王朝为镇压各地起义战争，需要筹措巨额军费，于是加紧了对包括西北地区在内的尚未遭受战争破坏地区的搜括。苛捐杂税相继繁兴，贪官污吏也借机勒索，而这些负担全部落到了陕甘各族人民的头上，苦不堪言。

回族和汉族在宗教信仰、生活习性、价值观上完全不同等；在经济上，回族地主、工商业者也因与汉族地主、工商业者争夺土地和市场而受到排挤打击，自古就有很深的积怨矛盾。于是，在回民中逐渐形成一种仇视汉人的心理。

1862年至1873年发生了惨绝人寰的陕甘回民暴乱，这次叛乱也给后世的西北陕甘等地区留下了永远的伤痛。