1862 年 5 月，太平军扶王陈得才部联合捻军直逼西安，蓝朝柱起义军也由四川进入汉中。起义军进入陕西，地方政府组织团练抵御。而地方团练中有几百名回勇，其中任武、赫明堂曾参加过云南回民起义，这两个人也一直在密谋再次起义事宜。于是他们鼓动回民群众，杀死团练训导赵权中等，然后逃回老家。回老家途中，部分回勇因砍购竹竿与汉人发生争执，被当地团练打死了两名回人。回勇跑到华州告状，知州却说：“你们这些回人勾结长毛太平军，意图谋反，打死一个，就少一贼。”

官府不闻不问的态度，让本来就感觉憋屈的回民更加愤怒，再加上任武、赫明堂立刻利用这个借口，鼓动回民造反，于是数万回民组成了回民军，四处烧杀掠抢汉人。虽然回汉两族素有矛盾，但也从来没发展到大量屠杀的地步。大多数汉族人还不知道发生了什么事，就遭到了动乱回民的大量屠杀。

陕西巡抚一看事情闹大了，不处理一下搞不好也发生什么大起义。于是安排陕西团练大臣、同治皇帝的老师张芾去劝说回民罢手。本来张芾努力安抚回民，讲述回汉一家，进展挺顺利的。这时张芾又要求回民交出带头挑事的任武，而任武和郝明堂却宣布，在张芾的轿子里，发现了一张纸条，上面写着“秦不留回”，意思是朝廷要把陕西回民杀光！？

场面一下就失控了，任武和郝明堂等人斩杀了张芾，和谈彻底谈崩。

据诸多历史学者研究认为，“秦不留回”的纸条，很可能是任武、郝明堂等人故意栽赃设计的圈套，意在破坏和谈，挑拨回汉矛盾，以达到发动回民起义的目的。

回民四处散播汉人勾结朝廷要杀光回人的消息，各地回民纷纷响应，一时之间，回民动乱的烽火迅速遍及八百里秦川，回民队伍扩大至二十余万。当时陕西回军主要首领除了任武、洪兴、赫明堂外，还有马正和、马四元、白彦虎、马生彦、禹得彦、余彦禄、孙玉宝、二河州等。其中有的地主豪强、商人和阿訇等上层分子。

这些穆斯林民兵，记恨与汉人的矛盾冲突，将箭头直指向汉人百姓，在关中各地区对汉人展开了疯狂大屠杀。一路蔓延至甘肃、宁夏等地。

1862年，伊斯兰教哲合忍耶第五辈穆勒师德马化龙，以总大阿訇的身份在宁夏响应陕西回民，宁夏回族杀死地方政府官员，对汉人展开了血腥屠杀。马化龙在1866年向清朝投降降，并改名马朝清以示忠于清朝。1869年重新反叛，回匪在灵州再次展开大屠杀，而汉民的财产及妇女被回匪据为己有。

1866年，各路回民在陇东甘肃董志塬重整，组建了十八大营民兵，白彦虎被推举为十八大营元帅之一。白彦虎一路又从董志塬杀回陕西、宁夏、西宁等地，持续拉拢各地回民发生动乱，屠杀汉人，反抗清军。他也是回民中屠杀汉人最多、最疯狂的高级领导人。

当时陕甘地区一度出现大批汉人改信伊基督教的情况，因为穆斯林民兵不杀基督徒。