陕甘回乱，在西方史学家的眼里，不是 “起义”，也不是“暴乱”，而是伊斯兰教徒对异教徒的一场战争，西方史学家称之为“东干战争”。

陕甘回民动乱的领导权多数掌握在回族上层分子和阿訇手里，他们既没有提出明确的反清政治纲领，也没有提出足以动员和号召各族人民群众共同行动的口号，反而把回民群众的反清斗争引导到宗教教派之争和民族纠纷上来，对不同宗教不同信仰的汉民进行大肆屠杀。而且境外势力也开始插手，并在新疆建立了阿古柏汗国，意图分裂西北。

陕甘回乱的时间，也正是云南回民在杜文秀的带领下起义的时间范围之内，西北的陕甘回乱，是由从云南返回陕西的回民任武推动爆发的。虽然，陕甘回乱与云南回民起义初期的策略方针完全不一致，一个侧重屠杀异教徒汉人，而另一个侧重围攻满清。但从大方向来看，伊斯兰是一个政教合一的体系，是否能说明伊斯兰与中华文明的冲突？

为了促进民族团结，很多资料将陕甘回民叛乱定性为“反清反封建反压迫起义”，实际上，这是一场彻底的宗教、民族武装暴乱，它给汉族人的生命财产带来了巨大的损失。

历史的悲剧不在于如何去掩盖，如何去谴责，而是在于如何学会正确去面对，去反思，去避免悲剧的再次发生。宗教信仰没有错，只是要不侵犯异教徒的合法权益即可。