(一)20世纪80年代分裂主义分子制造的主要案例
这一时期，分裂主义分子寻机闹事，他们往往利用日常生活中某些刑事案件以及党和政府实施的某些政策，煽动闹事。不仅煽动不明真相的群众，而且将黑手伸向大专院校乃至中、小学生，毒害青少年，妄图在实施民族区域自治的新疆掀起大浪，以实现其分裂目的。较典型的有以下案件：
(1)1981年1月13—16日，叶城一清真寺失火，分裂分子乘机煽动暴乱案。清真寺工匠取暖不慎失火，是一责任事故，闹事头目艾买尔·托乎提却煽动为公安干警有意纵火。暴徒及其不明真相的信徒顷刻汇集，冲击地方政权机构，党政部门、公安局、广播站等严重受损。机关干部、干警、执勤部队等共一百五十多人被殴打，多人受伤，闹事最狂热时，约有八百人。分裂骨干宣称“圣战”，叫嚣“伊斯兰共和国万岁”，可见，利用失火掀起分裂恶浪，是分裂势力制造此次暴乱的真实意图。暴乱持续到第4天，政府下令平息，驻军及干警将冲击政权机关仍在那里蛮横取闹的86名骨干收审，头目艾买尔·托乎提被抓获。
此次暴乱，阿·买合苏木大毛拉开办的高级经文学校培养的塔里甫，充当了急先锋，许多成为暴乱骨干、策划者和组织者。这说明暴乱是分裂分子挑动起来的。
(2)1981年5月26—27日，伽师县“东突”分裂分子抢劫武器案件。该年3月，分裂头目艾山·司马义策动并主持成立了分裂组织“东突厥斯坦燎原党”。艾山·司马义是回乡知青，头脑中的分裂毒素从何而来值得深思。他煽动对现实(主要是对升学、就业等)不满的青年，进行有计划、有组织、有目的的分裂活动。“东突厥斯坦燎原党”的目标，是建立“东突厥伊斯兰共和国”，实现所谓独立、自由。为了达到目的，决定以武装暴力抢劫武器。
抢劫武器前，他们作了充分准备，公安、武警等配置武器的部门，被其一一踩点侦查。5月24日，召集所谓“核心成员会议”，决定袭击守备比较薄弱，又有许多枪支弹药的县武装部民兵武器库房，夺得武器后，将围攻县城，夺取政权。26日夜晚，在头目带领下，一百五十余名成员参与行动，分三路到达距离县城7公里的预定地点，将库存武器抢劫一空。抢劫各类枪支152枝、子弹2．8万发，手榴弹78枚。暴徒们自以为已经武装起来了，遂向县城进发。
当时，有高度觉悟的维吾尔族妇女凯麦古丽，急速赶至县武装部，报告武器被抢劫，暴徒将袭击县城的信息，这位妇女是武器库房保管员阿木提江的妻子。暴徒涌至县城时，发现城内戒备森严，不敢轻举妄动，撤离至荒野沙枣林中。公安武警及部队及时出击，将其包围。经过耐心劝说，分裂队伍逐渐瓦解。27日下午5时，全部缴械投降，事态被平息。清查后，13人被起诉。“东突厥斯坦燎原党”约一百五十名所谓党员，绝大部分是青少年，有些还是正在上学的中小学生，这种状况非常令人担忧。
(3)80年代中后期，新疆大专院校的部分学生中出现了一些不正常现象，透过现象看本质，不得不将这些不正常现象与新疆分裂与反分裂斗争相联系。
1988年6月中旬，乌鲁木齐市少数学生上街游行闹事事件。位于乌鲁木齐的几所高等院校的数百名民族学生上街游行，起因是学校厕所里发现用汉文书写的侮辱少数民族的文字。侮辱少数民族必须查处，校方亦很重视，很快就将肇事者查获。学生以此事上街游行，要求平等、民主、自由，矛头指向汉族，情况就不正常了。此间，南北疆许多地方出现鼓吹独立的传单、标语、大小字报等，说明学生的活动与幕后的分裂势力有关。后查明，新疆大学的“大学生科学文化协会”具体策划和指挥了此次事件。
(二)20世纪90年代以来分裂分子制造的主要案例
1990—2001年，“东突”分裂恐怖势力在境内制造的恐怖暴力事件达二百余起。据不完全统计，有162人丧生，四百四十多人受伤。以下列举较为典型的案件：
(1)1990年4月5日，阿克陶县巴仁乡暴乱。分裂组织“东突厥伊斯兰党”策划并实施了此次暴乱，其头目是则丁·玉素甫。3月份即有暴乱苗头，穆斯林教徒抱经宣誓，捐款捐物。4月4日，则丁·玉素甫在喀什对党徒宣布次日巴仁乡起事。5日凌晨，被纠集的二百余信徒包围乡政府示威。下午，三百余名暴徒冲击乡政府，殴打、谩骂、侮辱政府人员，6名公安干警在现场被暴徒夺走武器及各种装备，甚至被扒去警服，有10人被劫持为人质，并以此要挟政府。傍晚，武警边防大队两辆小车在交通要道被拦截炸毁，车上包括副教导员在内的6名警务人员、边防战士被残忍杀害。6日，暴徒继续疯狂施暴，公安、武警等开始反击，则丁·玉素甫被当场击毙。边防军、民兵也出动参加平暴，大部分参与暴乱者被包围后土崩瓦解，负隅顽抗的艾买提·买买提等五十多名暴徒被击溃。阿不都艾尼·吐尔逊等16名分裂骨干持枪逃窜，被追剿部队经过3天奋战，予以全歼，击毙9名，俘获7名。此次暴乱被平息。
在反分裂斗争中，巴仁乡暴乱无论其规模和影响都比20世纪80年代大，分裂分子采用武装对抗的手段，公开与人民政权较量。
(2)1991年2月28日，库车县客运站录像厅爆炸案。当日，“东突”分裂分子在阿克苏地区库车县客运站录像厅制造恐怖爆炸，1人死亡，13人受伤。同日，该县城一私营商店内发现恐怖分子放置的定时炸弹，所幸引爆前被排除。
(3)1992年2月5日，乌鲁木齐市公共汽车爆炸案。当日，在乌鲁木齐市区的52路、30路公共汽车上，“东突”分裂组织“伊斯兰改革者党”制造了两起爆炸，造成车毁，乘客3人丧生、23人受伤。这是在万众欢度春节时，分裂恐怖分子制造的血案。在影剧院和居民住宅楼中也发现了定时炸弹，所幸引爆前被排除。
库车和乌鲁木齐的爆炸案，针对的均为无辜民众，且连连得手，表明爆炸已成为分裂分子行凶的主要手段。
(4)1993年，分裂分子在南疆制造的主要案件：
6–9月，“东突”分裂分子在南疆喀什、和田、莎车、叶城制造爆炸、暗杀案件十多起，造成2人死亡，三十多人受伤，较大的有以下几起：
6月17日，喀什市地区农机公司办公楼爆炸，大楼坍塌，2人丧生、7人受伤。
8月1日，莎车县外贸公司录像厅爆炸，15人受伤。
上述两案，查明是分裂组织“东突民主伊斯兰党”制造的。
8月19日，和田市文化宫爆炸，6人受伤。
8月24日，叶城县政协常委、大清真寺伊玛目阿不力孜大毛拉被两名“东突”分裂分子行刺，负重伤。
(5)1995年，分裂分子制造的和田、伊宁骚乱案件：
①7月7日，和田市骚乱案。当日，有四百多教徒冲击和田地委，呼喊“圣战”口号，其中分裂分子行凶打人，67人被打伤。骚乱事件由分裂分子煽动而起。和田市拜吐拉清真寺1994年扩建，该寺庙哈提甫以讲经为名，鼓吹“圣战”，煽动宗教狂热，且将此种煽动扩大至街道上，安装高音喇叭，聚众多至五千多人，严重阻碍交通，影响民众日常生活和机关单位正常办公。有关部门多次与之协商，均无结果．乃决定更换该清真寺哈提甫。分裂分子乘机蛊惑闹事，引发骚乱。政府采取措施，及时平息骚乱，分裂分子落入法网，有8名被起诉。
②8月14日，伊犁非法游行闹事案件。此前，分裂分子利用民间娱乐形式——麦西来甫聚众煽动，他们设立麦西来甫固定活动地点达200来处，经常聚众达数千人，未经批准便成立了“伊犁青年麦西来甫委员会”。有关部门予以干预，该组织竟煽惑游行示威，参加人数从200人激增至八百多人，之后，有三百多人到州政府前静坐。经劝说，多数人自动散去，少数顽固分裂分子被收审。
在此期间，南疆分裂组织“东突厥斯坦伊斯兰真主党”成员二十多人潜入伊犁，以讲经为名，宣传“圣战”，发展成员。
(6)1996年，分裂分子制造的主要恐怖案件：
①3月22日，新和县阿克木司地克阿吉被暗杀案。阿克木司地克阿吉任县伊斯兰教协会副主席、清真寺副主持。当日，在家中被两名蒙面恐怖分子枪杀。