经过“文化大革命”的浩劫，我国的政治、经济均遭到严重破坏，“文化大革命”结束后，百废待兴。在恢复经济、全面落实政策的过程中，新疆分裂主义势力蠢蠢欲动。进入20世纪80年代，改革开放，政策宽松，分裂主义势力乘机兴风作浪。主要表现如下：
(1)在落实宗教政策过程中，被取缔的经文学校死灰复燃。此类经文学校，当初因为灌输分裂思想毒素，所以被取缔。20世纪80年代初期，经文学校开始隐现，办校之人尚存顾虑，选择办校地点比较隐蔽，主办人有阿訇、一般教徒，甚至学校教员，入学者以青少年为主。由于国家处于落实各项政策之中，此类私办经文学校的出现，并未引起有关部门的重视，更未进行干预。
20世纪80年代中期，私办经文学校呈现大张旗鼓之势，一个阿訇即可教数百名学徒，对办学的有关规定及其手续全然不顾。有关部门曾依法过问，而教员却诱导学生闹事。宗教管理部门制定条规，对经文学校予以规范管理，但效果不佳，不得不进行清理整顿。1989年，全疆私办经文学校共有938所，学员已超过万人。问题是，这些私办的经文学校并非以传授知识为主，分裂分子往往将其作为培养信徒的阵地。
南疆叶城是私办经文学校的重灾区。这一时期，千余名青少年从此类学校毕业。20世纪80年代后期，该县有私办经文学校33所，在读生七百多名，主办此类教育的是阿·买合苏木，他是新疆维吾尔自治区伊斯兰教协会常委、叶城县伊斯兰教协会主席，但却热衷于传播分裂毒素，鼓吹“为新疆独立而斗争”。他对信徒们说：“以经文学校培养力量，实现东突厥斯坦独立。”由他主讲的课程，贯串着歪曲新疆历史，鼓吹“圣战”、分裂等内容，使青少年深受其害。不仅如此，他还实施爆炸、暗杀、抢劫、投毒、制造武器等所谓军训，结果训练出大批暴力恐怖分子，新疆发生的恐怖暴力案件，多数都是这些亡命徒所为。至20世纪90年代初，阿·买合苏木培养的学员已有数百人从事爆炸、暗杀等暴力活动。私办经文学校是20世纪80年代宗教狂热的重要源头，是暴力恐怖活动的基地之一。
(2)境外分裂势力利用国内改革开放的宽松环境兴风作浪。穆罕默德·伊敏、艾沙等在国外长期从事分裂活动，营造了若干个窝点，虽然他们已年迈体衰直至病故，但其窝点仍在。改革开放后，人员交往频繁，境外分裂势力则乘机出动，千方百计向境内渗透，传播其分裂毒素，其手段仍然是紧紧抓住宗教与民族这两大要素。宗教仍然传播泛伊斯兰主义，只是更加极端；民族仍然是泛突厥主义，煽动民族情绪，叫喊独立，分裂国家。这些都给新疆的稳定造成严重危害。
(3)“东突”分裂势力活动频繁，甚嚣尘上。“东突”分裂势力在新疆根深蒂固，尽管每次分裂暴乱都以失败告终，但东突分裂势力无论在思想上或组织上都未能得到彻底清理，所以，一有机会，这股势力不仅露头，而且制造麻烦不断。20世纪80年代，改革开放不断向前推进，东突势力也在恶性膨胀，无论在思想上或是组织上，都比以往越走越远，分裂暴乱事件数量不断上升。
20世纪90年代，是新疆分裂主义分子犯罪活动的高发期，分裂势力在国内外的活动极为活跃，冠以各种名称的分裂组织纷纷出笼，分裂破坏活动频率加快，形式多样，手段残忍，恐怖色彩浓厚。其原因主要是：新疆分裂分子与国际恐怖组织合流，东突势力与塔利班、本·拉登、车臣等国际恐怖组织已经连成一气，别有用心的西方势力藏污纳垢，支持纵容。苏联解体、中亚五国独立，形势剧烈变化，境外分裂势力活动更趋嚣张。分裂组织出笼了六十多个，分布在西亚、中亚、南亚、欧美，乃至俄罗斯、埃及等地。
西亚以土耳其为据点，旁及沙特阿拉伯等西亚国家。早在20世纪中叶，穆罕默德·伊敏、艾沙等在那里集结，以侨民、难民为旗号，成立了所谓“侨民协会”、“难民福利互助会”等，之后，东突分裂组织就不断出笼。至20世纪90年代，出笼了“东突厥斯坦青年民主联盟”，还印发了报纸。老的故去，新的接替，又相继出笼了“东突民族解放联盟”、“民族统一联盟”、“文化协会”、“民族中心”、“民族党”、“基金会”等数十个打着东突旗号的分裂组织。
在中亚的“东突”分裂组织主要分布在哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦。此类分裂组织20世纪60年代开始出笼，20世纪90年代恶性膨胀，号称：国际委员会、解放组织、跨国联盟、民族革命阵线等，前面冠以“东突厥斯坦，’、“维吾尔斯坦”帽子之类的分裂组织即有二十多个。上海合作机制建立后，其活动受到了遏制。
20世纪90年代“东突”分裂组织在南亚地区也有显现，出笼了“东突伊斯兰党”或“伊斯兰真主党”、“青年党”、“突厥党”等。
一些西方势力，庇护纵容恐怖分裂势力，20世纪80年代，“东突”分裂组织纷纷出笼，20世纪90年代恶性膨胀，分裂机构名目繁多：“代表大会”、“统一联盟”、“信息中心”、“统一阵线”、“独立联盟”、“人权同盟”、“协会”，等等，前面不仅冠以“东突”、“维吾尔斯坦”帽子，有些还冠有“世界”、“美国”、“欧洲”、“英国”、“澳大利亚”等帽子。显然，分裂分子已经“不知道”他们的国籍了。
进入20世纪90年代以后，新疆分裂组织急剧增加，并且成立了具有分裂纲领的许多所谓政党。1990—1995年，被破获的分裂案件(包括其政党、组织、团伙的活动)共109起，涉案人员一千余人，说明这一时期分裂活动较为活跃。