东南沿海的倭寇之乱源自明朝海禁政策和日本战国流民。

丰臣秀吉统一日本国内以后，野心勃勃发动了入侵朝鲜的战争，并希望以朝鲜为跳板，向明朝挺进。只不过在明朝万历年间的援朝打击下，丰臣秀吉失败。丰臣秀吉死后，德川家康崛起。德川家康的崛起，也就意味着日本结束战国进入了江户时代。江户时代算得上是日本历史上一个统一的封建时代。这个时代对国内的管控明显加强，流民的情况，比之前要少很多。自然，之前多次出现的海盗现象，也就越来越少了。

中国这边，进入了清朝时期。清朝初期，又进行了更加严厉的海禁。清朝为什么要进行更加严厉的海禁呢？主要是清朝入关以后，南明政权长期存在，又和海盗勾结，形成了强大的海上势力。尤其以郑成功为代表的海上力量，让清朝吃尽了苦头。他们认为这些海上势力依靠大陆的物资发展自己的力量。要打击这些海上力量，最好的办法，就是掐断对他们的物资供应。所以才要实行这样严厉的海禁。在这种严厉的海禁政策之下，加上日本国内对流民的管控，所以之前出现的那种倭寇现象，也就几乎消失了。

后来，当清朝平定了南方，并收回了台湾以后，从康熙年间开始，又渐渐地恢复了海上贸易。这样一来，之前所遇到的那些矛盾，也就没有了，倭寇现象则更加不会出现了。而日本再次与清朝发生战争的时候，是在日本江户时代结束，明治维新兴起，大力发展他们的工业的时候。不过那时候日本对清朝的侵略，就已经是整个国家的战争，而不是之前小打小闹的倭寇袭扰了。