倭寇之乱的出现，首先是从朱元璋开始实行海禁的结果。
朱元璋建国以后，面临的第一件重要的事情，就是恢复国内农耕经济。
中国古代一直是农业大国，农耕经济是国家的命脉，只有农耕经济发展起来，老百姓有粮吃，有衣穿，有房住，社会才会稳定。往往每一个大统一的朝代开篇阶段，都会实行休养生息，也就是尽量少地劳役老百姓，让老百姓能够在自己的土地上专心致志搞农业生产。
同时，朝廷为了鼓励并促进农业生产，除了在税收方面进行一定的减免以外，也就是打击商品贸易，正所谓的“重农抑商”。
农耕社会“重农”好理解，为什么要“抑商”呢？因为古人认为，搞商品贸易由于能够产生高额的利润（古代信息交通不发达，倒买倒卖产生高额利润，是很正常的），因此这使得人们不愿意安心地在土地上劳作。再加上古代最大的问题就是缺劳动力，一旦劳动力变少了，粮食生产也就变少了。再加上商品贸易引发物价混乱，因此，这会给农业生产带来极大的伤害。
明朝初年，朱元璋实行海禁，这实际上就是一种“重农抑商”的举措。毕竟海外贸易产生的利润更大。如果大量的人进行海外贸易，一方面将更少有人在土地上种庄稼，另一方面也造成了大量的白银流通到了海外。当时明朝的钱根本就不够用，大量的白银流通到海外，对明朝是一个很大的伤害。

不过，朱元璋这样做，其实是并不太恰当的。因为经过宋朝元朝的发展后，海外贸易已经形成了好的气候，已经形成了一个好的经济链条，它对农业生产的伤害并不是很大。
当然了，明朝初期，百废待兴，朱元璋做这项禁令，也无可厚非。关键是当后期国内经济发展起来后，统治者应该及时调整政策。但是“祖宗之法不可变”，后期统治者没有及时调整，因此这项政策带来的副作用，也就越来越大。
受伤害最大的，就是海边的渔民，以及海边与明朝海边渔民做生意的那些外国人，尤其是隔得最近的日本人。因为他们一向是通过海外贸易求生活的，现在明朝不准他们出海打渔，不准他们搞海外贸易，这就断了他们的经济来源。也就在这种情况下，海盗自然而然就变多了。
实在来说，这些海盗，绝大多数是日本人，但其中也有明朝海边生活不下去的渔民。
那么，为什么那时候日本人会更多地加入到海盗的行列呢？
因为那时候，日本恰好处在战国时代。也就是说，日本国内是一个乱世。因为是一个乱世，因此日本就没有一种统一的管理，再加上战争频繁，老百姓生活艰苦，无以为继，只好向海外发展。而明朝实行海禁，断了他们的生活来源，于是倭寇就在这时候，变得越来越猖獗。
从这里可以看出，所谓的“倭寇”，并不是国家军队，只是一些日本流民组成的海盗群体。不过随着他们遭受明朝的打击越来越厉害，为了复仇，很多日本的大名（相当于地方诸侯），也加入进来，成建制地和明朝作战。倭寇入侵也就越来越厉害。
因为是流民群体，而日本战国时代一直没有结束，因此倭寇屡禁不绝，成为了整个明朝时期，东南沿海的一个大麻烦。