葡萄牙人的到来是日本人开眼看世界的第一步，带来的贸易和火器对实现日本统一具有重大意义，这期间天主教在日本也曾得到较广泛的传播
15~16世纪正是世界历史大变革的时期：葡萄牙、西班牙、荷兰等早期殖民列强相继崛起，东欧的俄罗斯逐步摆脱了蒙古钦察汗国的统治并走上扩张道路，东亚的大明帝国从明成祖朱棣七下西洋、五出漠北的辉煌顶峰逐渐开始走下坡路，作为蒙古和突厥混血后裔的帖木儿帝国崩溃后分化出一支部族南下进入印度开创了莫卧尔帝国，西亚的奥斯曼土耳其帝国正和新兴的西班牙帝国争夺地中海霸权。
1534年在抵制宗教改革的运动中天主教成立了耶稣会，这个宗教团体致力于在东方传播天主教。由于天主教的东传使日本、中国等东方国家的历史也受到一定程度的影响，其中日本的影响相对较大。天主教得以传入日本和当时西欧的变革息息相关：新航路的开辟和大航海时代的到来使欧洲人开始在全球范围内的扩张——西班牙和葡萄牙签订了《托德西拉斯条约》：在大西洋中部划出一条教皇子午线——线以东属葡萄牙；以西属西班牙。不久美洲新大陆被西、葡两国几乎瓜分殆尽，由此美洲的金银矿藏资源被殖民者带到和东方的贸易中，于是在这一时期中、日、朝等国都出现了一波金银大量流入的狂潮。殖民者不仅热衷于和东方进行贸易，同时也热衷于向东方传播天主教信仰，此时耶稣会扮演了向东方传教的急先锋角色。
1540年西班牙人方济各·沙勿略以国王钦使和耶稣会东方传教团首脑的身份从葡萄牙出海前往东方，在马六甲他遇见了流亡在此的日本浪人弥次郎，后者向他详细介绍了自己的祖国。于是1549年方济各从印度果阿启程前往日本，同年8月抵达日本最南端的鹿儿岛并通过弥次郎见到了当地大名岛津贵久，还从岛津贵久那儿获得了传教许可。事实上岛津贵久对天主教的兴趣更多地集中在和“南蛮人”（日本称从东南亚转来的葡萄牙人等西方人为南蛮人）贸易的巨大利润上，所以他对“南蛮人”的传教士也加以礼遇。方济各得以在九州南部开展传教工作，由于语言和文化的差异，传教的效果不尽如人意。在弥三郎的协助下许多天主教术语被以日本本土的佛教术语加以生硬地解释。不久本土的佛教徒就意识到这个外来的充满排斥性的宗教的威胁，于是岛津贵久开始转变态度——决定禁止天主教的继续传播。
在这样的打击下方济各决定前往京都寻求天皇的支持，以获得在日本全国的传教权利，并借此扩大影响。这个道路充满艰辛，应仁之乱以后的日本处于兵荒马乱的时代，传教士奇怪的面貌和衣着也成为沿路人取笑的对象。但艰辛的付出并不意味着有丰硕的成果。天皇和将军的权威在应仁之乱以后已经损失殆尽，何况风尘仆仆的方济各根本连天皇的面都没能见到。方济各的上京之行一无所获。他在挫折面前翻然醒悟，改变了依靠天皇的想法，决定折回山口，求见在中国地区权势熏天的大名大内义隆，他以“南蛮物”闹钟、火枪、八音盒等新奇之物获得了大内义隆的好感。出于对“南蛮”贸易的渴求，大内义隆成为天主教在山口传播的保护者。有了官方的支持，加上传教士本人的魅力，天主教在山口获得了很大的成功。1551年方济各又接受了府内的大名大友宗麟和当地葡萄牙商会的邀请前往府内，开辟了府内传教点，大友宗麟本人因为“南蛮”贸易和火枪技术而对天主教情有独钟，后皈依天主教。九州北部成为日本天主教的主要传播中心。方济各于1552年病死于中国上川岛，没能实现进入中国传教的梦想。但他的活动使天主教成为当时日本有影响的宗教之一，日本战国的时代也因此被称为“切支丹”（Christian）世纪。
1563年著名的传教士弗罗伊斯（1532-1597）到达日本，他通过和田惟政与当时最有权势的大名织田信长会面，并成功取得了信长的信任。信长利用天主教来打击佛教敌对势力，利用天主教来获得和“南蛮”人贸易的利益和装备军队所需要的枪支。日本天主教因此得以大发展。在这短短一个世纪里天主教传播的迅速实在令人咋舌：信徒疯狂发展到数十万人之多——上到手握兵权的大名，下到为衣食所迫的贩夫走卒中都有皈依者，北到北海道，南到鹿儿岛都有信徒。京都、安土、府内等地成为天主教发展的主要中心。
然而天主教在日本的传播如同昙花一般，只灿烂了短短一个世纪就退出了历史舞台。这和日本的两代统治者：丰臣秀吉和德川家康对天主教的态度有密切的关系。丰臣秀吉本人并不喜欢天主教的“一夫一妻”主张，对天主教说不上有什么好感，所以不会像对洋枪和贸易有着浓厚兴趣的织田信长那样支持天主教的传播。在获得日本政权后丰臣秀吉于1587年发布了著名的《伴天连追放令》：宣布日本为神国，故天主教违反天下御法度，是为非法，所有传教士二十日内必须离开日本不得再来。但允许和“南蛮”人保持商业上的往来。事实上在这一著名命令后天主教禁教还不是很严厉，丰臣秀吉当然不想丢掉和“南蛮”人贸易的巨大利润，也不希望引起切支丹大名的叛乱，因此对西班牙圣方济各会的传教睁一只眼闭一只眼。但就在此时，庆长元年（1596）发生了“圣菲利浦”号事件，从而引发日本天主教史上著名的“庆长大殉教”：1596年一艘西班牙商船“圣菲利浦”号遇海难飘到土佐，增田长盛作为日本方的使节上船处理，扣押了所有船员。在审讯时船长供出了西班牙人是如何利用天主教作为先锋，在取得当地的信任后建立殖民地的。这一供状让丰臣秀吉惊恐万状，他早就担心天主教徒会像国内的“一向宗”一样造反。现在他看到了天主教更大的威胁，毅然决定全面禁教。第二年他把各地的天主教信徒和传教士26人逮捕，处死于长崎。
但天主教在战国时期的传播速度使它在日本民间有了很大的影响，所以从家康开始的德川三代将军的野蛮禁教引起了民间的不满。宽永十四年（1637）在天主教的传播中心九州北部爆发了天主教徒的大规模起义，史称“岛原之乱”。岛原当地的农民以天主教信仰为旗帜，共推天草四郎为首领，德川幕府付出了重大的代价，终于在荷兰人的协助下把起义镇压下去。这次起义也让幕府看到了天主教信徒力量的恐怖，于是更坚定了幕府严格执行锁国政策的决心。天主教信仰从16世纪中叶开始萌芽，到此逐渐衰亡，犹如昙花一现，在创造了一个辉煌的“切支丹世纪”以后退出了日本的历史舞台，天主教信仰也从此转入地下。
天主教的传播在16-17世纪的日本是一件大事。如果没天主教的传入，那么日本战国历史可能会是另一种景象。天主教传教士给日本社会带来了很多副产品：传教士利用自己的西医知识给看不起病的日本穷人治疗，于是西方的医学知识开始传入日本。与此同时传教士还带来了西方的天文学知识和钟表，带来了西方的建筑艺术和绘画雕刻艺术，带来了西方的经院哲学、拉丁语言、法律知识等等。这一切都深刻改变了日本社会的面貌。