当时作为太师辅政的慕舆根自恃战功显赫，高傲自大，看不起慕容恪。慕舆根为挑起事端以作乱，先以可足浑太后干政来挑拨慕容恪，谎称支持慕容恪夺位。但慕容恪不受。吴王慕容垂以及皇甫真及后都劝他诛杀慕舆根，但慕容恪以皇帝新死，国家安稳为首要，决定忍耐。慕舆根挑拨慕容恪不成，于是试图离间慕容暐母子，想要太后诛杀慕容恪等。新帝慕容暐支持慕容恪，劝止了母亲。与此同时，前燕已经在灭冉魏后迁都邺城，以旧都龙城为留京。慕舆根思念辽东祖地，力劝太后和慕容暐建议还都龙城，变相放弃中原地区。慕容恪知道后，联合慕容评密奏慕舆根罪状，派卫将军傅颜诛杀了慕舆根及其党羽。

皇帝新死，就发生诛杀辅政重臣的事件，国内忧虑情绪很高。慕容恪举止如常，出入都只有一人跟从，不肯加添守卫。然后大赦天下，并停发慕容儁生前所集各路兵员，受任理政，兢兢严谨，与司徒慕容评共同协作，虚心待士，谘诹善道，量才授任，燕政为之一新。于是，境内局势渐稳，人心稍为安定。同时，原先征集在邺城的各郡军人都因为国家内部纷乱而经常逃跑，而邺城向南方领地的道路通讯不畅通。慕容恪命令慕容垂南镇蠡台，傅颜率军南巡淮河，终令国家安稳下来。建熙六年，慕容恪与吴王慕容垂共攻洛阳克之，慕容恪夺取洛阳后，随即略地至崤山、渑池，关中大震，前秦天王苻坚亲自到陕城进行防备。不久，慕容恪率军撤回邺城。

慕容恪为将不尚威严，专以恩信御物，务于大略，不以小令劳众。军士有犯法，密纵舍之，捕斩贼首以令军。营内不整似可犯，而防御甚严，终无丧败。建熙七年，慕容恪病重，慕容暐亲临慕容恪府向他询问后事，慕容恪再次向慕容暐推荐慕容垂，说：”我听闻，傅说举荐士人。板筑之人都可以，更何况是国家的懿籓！吴王兼具文武之才，才能仅次于管仲、萧何。陛下如果把政务交给他，国家就能获得安定。不然，我怕二寇肯定会有窥窬之计。”慕容恪言终而卒。死后，赠本官，谥号为桓。