回纥因为在安史之乱中给唐朝帮了大忙，所以其牟羽可汗（移地健）后来多次对唐朝采取了极为傲慢的态度，在与唐朝的互市中长期要求以不合理的高价用战马换取唐朝的丝绢。在公元779年，他甚至还在一些中亚粟特人（安禄山即出自这个族群）近臣的建议下，准备发兵攻打唐朝。但他的这一政策遭到了自己的叔叔顿莫贺达干的激烈反对，最终顿莫贺达干发动政变将牟羽杀死，自立为可汗，后来又被唐朝加封为长寿天亲可汗。
鼎盛时期的回鹘汗国大致疆域
在此期间，急速崛起的吐蕃已经占据了河西走廊，将唐朝与安西和北庭两个都护府的联系切断，而此时回纥汗国就成为了两个都护府与唐朝相互沟通的唯一中转站，回纥也曾多次出兵帮助两个都护府抵抗吐蕃的攻势，可以说为两个都护府的生存起到了重要作用。当然，这里也要说明，因为安西与北庭必须通过回纥（鹘）才能与中原实现沟通，所以在当时的现实里，他们可以说在一定程度上也沦为了回纥（鹘）的附庸，所以西域的局势也渐渐演变成了吐蕃和回纥（鹘）的争霸。
公元789年，长寿天亲可汗去世，其子忠贞可汗多逻斯即位。很快吐蕃就发重兵攻打北庭都护府，回鹘大将颉（xié）干迦斯从漠北出兵援助，但与吐蕃交战却遭遇大败。而此时忠贞可汗又被毒杀，颉士迦斯率部回师，扶植忠贞的幼子阿啜即位成为奉诚可汗，失去了外援的北庭随即陷落，而安西都护府也在不久后被吐蕃占领。几年之后，奉诚可汗也死了，而且没有留下后嗣，之后其大将骨咄禄被拥立为新可汗，即怀信可汗。但怀信可汗已经不是出身于回鹘长期的王族药罗葛部，等于在此时，回鹘汗国发生了一次改朝换代。
回鹘可汗形象
怀信可汗武将出身，因此在战场上还是颇有作为，他在位期间，曾经多次击败吐蕃，从吐蕃手中夺取了部分北庭故地，并占领了武威等地。之后10几年，回鹘一度压倒吐蕃，成为了西域的强权。当时他们与中亚粟特人的贸易往来非常频繁，一度还实现了相当程度的经济繁荣。但从公元823年开始，吐蕃对回鹘攻势再起，之后回鹘王室则发生了多次内讧。公元832年和839年，两任回鹘可汗都在政变中被杀。特别是在公元839年的内乱中，回鹘宰相掘罗引来2万沙陀骑兵介入其中，再加上其境内爆发了严重的饥荒，回鹘国力受到重创。
回鹘王子的形象
第二年，回鹘汗国内乱继续，此时在其北方，原来臣服于回鹘的黠戛（xiá jiá）斯派出八万骑兵介入回鹘内战。他们很快攻占了回鹘首都窝鲁朵八里（在今天蒙古国中部）并将其夷为平地。之后黠戛斯骑兵横扫回鹘全境，将其它回鹘城市也悉数摧毁。经此大难之后，回鹘的许多部落开始四散奔逃。其间虽然还有几个贵族曾经使用过回鹘可汗的名号，但都很快被不同对手击败，回鹘汗国在公元848年宣告灭亡。