维吾尔是新疆人口最多的民族，超过千万。维吾尔族有着悠久的历史。“维吾尔”是维吾尔族自称“Uyghur”的音译，具有“联合”、“同盟”(拉施特《史集》第1卷)和“凝结”的意思。“维吾尔”一名最早见于汉籍是在公元4世纪的《魏书·高车传》里，当时被译写为汉字“韦纥”，是高车部落联合体中的一个部落。
韦纥在约公元7世纪开始史书记为“回纥”(《新唐书》卷217)；788年又改译为“回鹘”（取义“回旋轻捷如鹘”，《资治通鉴》卷233），这个称呼一直延续至宋及五代。元明时期一般译为汉字“畏兀儿”。清朝又称缠回。1934年，中华民国新疆省政府正式规定“维吾尔”为汉译民族名称，此后这一译名就一直沿用到今天。
维吾尔的始祖回纥源于丁零。早在公元前3世纪的时候，蒙古草原和南西伯利亚地区，就活动着很多被统称为丁零的游牧部落。这些丁零人相继受雄霸草原的匈奴、鲜卑和柔然汗国的统治，很长时期内局促于山地森林和蒙古草原的北部边缘，以狩猎和畜牧为生。
维吾尔起源之九姓铁勒，在公元4世纪以后，丁零又被称为“铁勒”，可能是因为牧草太高的原因丁零人由于贯于使用一种”车轮高大，辐数至多”的大车，又被称为“高车”（《魏书》卷103）。他们分布于西起伏尔加河、东至兴安岭的东西万余里的欧亚北方大草原上。其中，活动于贝加尔湖一带的被称为东部铁勒。东部铁勒中较大的部落有9个，回纥是其中之一。为了抵御异族的侵扰和压迫，这9个部落经常结合成暂时的地域性联盟，因此又被称为“九姓铁勒”或简称“九姓”。
回纥部原游牧于色楞格河流域，最初可能由10个氏族组成，也可能是他们有尚“十”的习俗，因此又自称“十回纥”。十回纥以药逻葛氏族为首，部落酋长都由药逻葛氏族选出。
回纥的历史与突厥密不可分，他们都是铁勒的一部分。5世纪中叶以后，在准噶尔盆地东部出现了一个以阿史那氏为核心的铁勒部落，被称为“突厥”。公元552年阿史那氏建立了囊括整个蒙古草原和准噶尔盆地的突厥汗国，回纥和其他铁勒部落成为它的属部。突厥贵族对广大铁勒部落残酷的统治激起了各铁勒部落的反抗。在反抗突厥汗国的斗争中，回纥部周围聚集了越来越多的铁勒部落，力量逐渐强大，与突厥贵族相抗衡。744年，以骨力裴罗为领袖的回纥联盟在唐朝大军的配合下，推翻了突厥汗国，并建立起漠北回纥汗国。
回纥汗国的疆域包括贝加尔湖以南，阴山以北，兴安岭以西和阿尔泰山以东的蒙古草原地区。此后，在汗国存在的近百年中，草原上的各游牧部落以回纥部为核心，逐渐融合团聚为一个统一的回纥族，诸部落原有的名称从此基本消失而统称”回纥”。从那时起，”回纥”名称的内涵也就发生了变化，它不再单纯地指一个原始部落，而已经成为一个包括了草原上各游牧部落的古代民族的名称。788年，回纥改称回鹘。
回纥汗国是唐朝的属国，回鹘汗国与唐的关系一直是融洽的，即使唐朝后期衰落，双方仍然保持友好。回鹘历代可汗都接受唐朝的册封。有三位唐朝公主嫁给了回纥可汗，因此，历代回纥可汗都认唐朝为母家，称中原皇帝为舅。这种甥舅的关系一直持续了几百年。同时，回纥贵族亦有将女儿嫁与唐朝亲王为妃者。当时，中原汉人迁居到草原的也多了起来，他们大多融入回纥人中。 安史之乱，郭子仪曾借回鹘兵。
维吾尔的起源，维吾尔族实际上是一个多源民族，最主要的来源有两支：一支是来自前面提到的蒙古草原的回纥人，另一支是南疆绿洲上的土著居民。回鹘汗国被黠嘎斯击败后，回鹘人大规模向西南进入新疆，草原回鹘和绿洲土著这两部分人于公元840年大规模汇合，至16世纪初完全融合成为现代维吾尔民族。
回鹘西迁新疆以前，也就是9世纪中叶以前，新疆南北的语言文字和人种都有明显的差别。在北疆游牧的多为操突厥语的各铁勒部落，他们是6世纪中叶所建突厥汗国的遗民，并且从那时候就开始了在北疆的突厥语化过程。根据当时的石雕、壁画和文献资料可以看出，他们都属于宽脸、细眼、鼻子较矮而又少胡须的蒙古人种。而当时南疆的居民则多表现为”高鼻深目”、多胡须的欧罗巴人种特征（耿世民：《试论塔里木盆地民族的融合和近代维吾尔族的形成》，载《新疆历史论文续集》，新疆人民出版社1982年版）。南疆各绿洲的语言文字也不统一，据德国古文字专家的研究，共有7种语言24种文字，大都属于印欧语系。其中最主要的是两种塞语：焉耆-龟兹语，在焉耆、库车和吐鲁番一带使用；于阗语，在和田、喀什和巴楚一带使用。而东疆则受到较浓厚的汉文化的影响。
回鹘迁入新疆后直到10世纪中叶以前，新疆的居民多信仰佛教、摩尼教和萨满教。公元943年，情况发生了改变，喀喇汗国的沙土克·布格拉汗皈依伊斯兰教。公元960年，喀喇汗国的20万帐突厥人和回纥人皈依伊斯兰教，就在这一年，阿斯兰汗确定伊斯兰教为国教。从此，喀喇汗国以”圣战”为旗帜，向东方信仰佛教的高昌回纥和于阗国发动连年进攻。1006年，南疆最后一个土著人的政权于阗国战败灭亡，在塔里木盆地只剩下回纥人的两个汗国东西对峙，这标志着回纥人已成为塔里木盆地的统治民族。从此以后，土著人的语言和文字逐渐消失，南疆的突厥语化过程基本完成。
维吾尔族起源之宗教上的统一，道路是漫长的。由于两个回纥汗国宗教信仰根本对立，并且宗教教义已渗透到各自的社会生活、文化的各个方面。高昌汗国境内佛教寺院遍布，通行回鹘文；而喀喇汗国到处是清真寺，使用阿拉伯文拼写的突厥语。他们互相视为异教徒，人民之间在心理上有很强的对立情绪，经常发生宗教战争。因此这两部分回纥人并不具备形成一个统一民族的条件。
1125年，契丹贵族耶律大石以巴拉沙衮为首府建立强大的西辽政权，高昌回纥和喀喇汗朝相继成为它的属国。1211年，成吉思汗西征，新疆和整个中亚地区都归入蒙古大汗国的版图，塔里木盆地是成吉思汗次子察合台的封地，后来发展成察合台汗国。1370年左右，察合台汗国分裂为多个地方割据政权。尽管各割据政权的首领都是蒙古贵族，但是当他们进入塔里木盆地和中亚河中地区后，由于长期生活于操突厥语的居民中间，蒙古贵族和士兵从语言、习惯和生活方式上也都逐渐突厥语化和伊斯兰教化了。
16世纪初，察合台的后代赛义德汗在喀什噶尔建立“叶尔羌汗国”，这是一个信奉伊斯兰教的突厥化蒙古王朝。1513年，赛义德汗以伊斯兰教为旗帜，统一了整个塔里木盆地，完全肃清了佛教势力。从此以后，塔里木盆地各绿洲的居民在政治、经济、文化、文字和宗教上完全统一，也才有了共同的民族心理意识。现代意义上的维吾尔族终于形成了。