按照史籍的记载，南疆的土著民族在此前白种人应该占有一定数量。到了民国的时候，除裕固族外，天山南北的很多少数民族大多被划入了维吾尔族。
今天维吾尔族既有白种人也有黄种人，吐鲁番的黄种人的基因分明多一些，而南疆地区的白种人的基因多一些。
岁月是有痕迹的，最直接的说法是它会把这种痕迹留存在我们生存的大地上，甚至会因此而改变我们形象。所以在某个地方，当我们认真留意自己的形象即能辨别出岁月的痕迹，或者更直接地说是能抓住历史的脉博，进而能感受到先辈们在岁月长河中的呼吸与心跳。
当人类学家把人的肤色分为黄、白、黑三种，并声称这三种颜色是因为地域环境造成的，会因为地域环境的变化而变化，但它们会不会有“先天性”的因素，分明至今还是一个没有人能够完全说清的问题。今天，学界公认维吾尔族的祖先是回鹘人，甚至更远一些的话，可以追溯到铁勒、匈奴。
5世纪中叶，在准噶尔盆地东部出现了一个以阿史那氏为核心的铁勒部落，被称为“突厥”。552年，阿史那氏建立了包括整个蒙古草原和准噶尔盆地的突厥汗国，使其他一些铁勒部落成为它的属部。突厥贵族残酷的统治激起了各铁勒部落的反抗。为了与突厥贵族相抗衡，“韦纥”、“仆固”、“同罗”、“拔野古”等东部铁勒中较大的九个部落结成地域性的“回纥”部落联盟，被称为“九姓铁勒”，简称“九姓”。
统一九姓铁勒各部的第一代可汗是骨力裴罗。744年，以骨力裴罗为领袖的回纥联盟在唐朝大军的配合下，推翻了突厥汗国，并建立起漠北回纥汗国。诸部落原有的名称从此基本消失，统称“回纥”。就在这一年，骨力裴罗被唐朝册封为怀仁可汗，回纥汗国成为唐朝的属国。
此后，回纥历代可汗都接受唐朝的册封。回纥与唐朝一直保持友好和从属关系，并两次出兵助唐朝平定“安史之乱”。788年，回纥可汗顿莫贺上书唐朝，取“回旋轻捷如鹘”之意，改回纥为“回鹘”。
当时，回纥汗国的疆域包括贝加尔湖以南，阴山以北，兴安岭以西和阿尔泰山以东的蒙古草原地区，他们的势力还不能够达到我们今天说的新疆地区，而在“诸部落原有的名称从此基本消失并统称回纥”的记述里，我们多少可以看到这个民族的组成是多元的、复杂的，并非单一的。通过今天的史料看来，当初在回纥或者回鹘诸部是黄种人，但并不排除有白种人的可能，在中国北方草原上发展起来的任何部落或者是民族含有白种人的记述，在中国的史书里是很常见的。
840年，回鹘汗国瓦解，居住在漠北的回鹘部落大部分南下华北，其余部分分三支西迁，其中一支和天山一带的回鹘结合，还有部分回鹘部落依附黠戛斯。南下部分由乌介可汗率领，艾尚莲《回鹘南迁初探》（《民族研究》，中国社会科学院，1982）认为，这部分回鹘达27部之多，加上南下的回鹘溃兵散卒、零散部众，约有30万人。但通过现有的一些资料分析，可能没有这么多，在20万左右这个数字比较合理。这部分人除融入当时唐朝的边疆地区（核心在河套地区），投降唐朝的有数万人，其中一些人被“发配”到了江淮地区。
这一部分人是当时回鹘人因为灭国而迁徙的主流，另外即是留在原地和西迁的，西迁的分本路，一迁今天的吉木萨尔与吐鲁番地区，二迁河西走廊，三迁南疆地区。这部分有多少，我们现在说不清楚，但估计也应该与南下的人数差不多。西迁实际上分了前后拨，即迁吐鲁番地区与河西走廊应该是一同出发的，但在路上遇到了战争，就分成两支，到河西走廊的成了我们今天说的裕固族。
迁南疆的这支由回鹘王子庞特勤率领，有15个部落，有意思的是，他们与当时迁至吉木萨尔地区的回鹘会合后，并没有在吉木萨尔滞留，而是由吉木萨尔率部南越天山进入塔里木盆地，先停驻于库车，后驻跸于焉耆。由于庞特勤所部的活动地域，主要在焉耆、龟兹等原来唐朝安西都护府辖境之内，所以人们称之为安西回鹘政权。
当时没有随庞特勤南下的回鹘部众，继续驻牧于北庭附近的草原，人口规模逐渐发展到20余万，与庞特勤南北呼应。866年，其大首领仆固俊从北庭（今新疆吉木萨尔县北破城子）出击，打败吐蕃，取得西州（治所在高昌，今新疆吐鲁番市高昌古城）、轮台（在今新疆乌鲁木齐市附近）等城。这就有了历史上所说的高昌回鹘或者西州回鹘。
这些回鹘部落最先引起唐朝注意的是庞特勤领导的部落，庞特勤曾3次遣使唐朝，请求册封。唐宣宗即位以后，改变以前唐武宗讨伐回鹘的政策，于公元856年、公元857年两次颁诏，册封庞特勤为禄登里罗汩没密施合俱录毗伽怀建可汗，简称怀建可汗，虽然册命因唐朝使节路途受阻而未成，但唐朝已将庞特勤视为原来漠北回鹘汗国的正统继承人。此后10余年，庞特勤一再向唐朝进贡土特产。
但是，庞特勤建立安西回鹘政权，但该政权始终没能有效地统一天山南北的各股回鹘势力。最初归附庞特勤的、活动于金莎岭一带的北庭回鹘，在张义潮举义于沙州之后，开始与沙州归义军日渐亲厚，而与安西回鹘政权逐渐疏远。还有几股回鹘势力根本不受安西回鹘节制。在东部天山地区的分裂格局中，各股政治势力此消彼长，安西回鹘政权逐渐衰落，代之而兴的是以仆固俊为首的北庭回鹘，他们建立了高昌回鹘王国。
这就是说，一个大的部落最后分成了两个，而从当初庞特勤不在在吉木萨尔滞留以及后来那里的几股回鹘势力不受他的节制，人们不难看出，这些回鹘部落也并不是一块铁板，甚至还有某种间隙。公元866年，北庭回鹘与庞特勤系的安西回鹘政权决裂。这一年，北庭回鹘首领仆固俊率众出击，攻克西州、北庭、轮台、清镇诸城，派遣达干米怀玉为使，向唐朝报告胜利的消息。西迁回鹘内部的争斗，最终以仆固俊系的胜利而告终。仆固俊获胜以后，庞特勤的后代被迫东迁到甘州。此后，仆固俊系回鹘取代安西回鹘政权，建立高昌回鹘王国。
庞特勤的后代被迫东迁到甘州就是今甘肃张掖，今天的裕固族主要就分布在张掖肃南裕固族自治县和酒泉黄泥堡地区，这部分在历史上被称为河西回鹘同或者甘州回鹘，一直中原王朝保持着密切联系，并和高昌回鹘一样，对中原王朝“以甥舅相称”。
另外，在今天裕固族的传说中，他们都以“黄头回鹘”自称，相应的一些史料里也有这样的说法。这个“黄头”被今天的一些专家“分析”为回鹘人中的“皇族”，也许和作为回鹘王子的庞特勤的后代也有一定的关系吧。
通过回鹘政权节制关系的变化或者说是演变，人们不难看出这么一个问题，即就后来而言，高昌与河西两地人回鹘的血缘分明更纯粹一些，至于安西回鹘则被南疆的土著民族同化了不少。按照我们古代史籍的记载，南疆的土著民族在此前白种人应该占有一定数量，而到了民国的时候，除裕固族外，天山南北的很多少数民族大多被划入了维吾尔族。这就是今天维吾尔族人中为什么既有白种人也有黄种人，吐鲁番的黄种人的基因分明多一些，而南疆地区的白种人的基因多一些的原因所在。
今天的裕固族中流传着一首叙事长歌《尧熬尔来自西州哈卓》，其中有几句是这样的：“谁不知道蓝天是大地的母亲，尧熬尔（裕固族自称）说雨水是母亲的乳浆。 高山上有松柏和花朵，它们都各自有扎根的土壤。 我们尧熬尔民族哟，是谁把我们子孙生养？舀一勺眼泪汇成的河流，也能照得见我们心灵上的创伤……” 裕固族在歌唱自己美好生活的同时，也深切地怀念自己的故乡。只是在历史的长河中，他们已被后起的蒙古人同化了很多。
新疆的维吾尔，是西迁后留居新疆西部的回鹘通过和新疆土著吐火罗人、塞种人、西突厥其他部落（如葛逻禄、样磨）的融合，并且最终全体皈依伊斯兰教后形成的新的文化共同体。