伊斯兰苏菲派的玛合图木· 阿杂木和卓的两支后裔在争夺新疆教权的斗争中逐渐形成了两个势不两立的集团——白山派与黑山派。清代文献又称“白帽回”、“黑帽回”，或“白帽回子”、黑帽回子”。民族文字资料中称为“阿克塔克”(白帽派)、“喀喇塔克”(黑帽派)，或 “白柳派”、“黑柳派”，“白旗派”、“黑旗派”等等。这些名称都是人们根据两派的外在特征所起的，而不是本派的自称。按照苏菲派教团名称的一般规则，两派的正式名称应为“伊禅卡朗派”和“伊斯哈克派”。至今，以这两个名称自称的教团“伊禅尼耶”和“伊斯哈克耶”,仍是新疆地区两个重要的苏菲派教团。
白山派和黑山派的名称大约出现于18世纪前后，但两派的分歧和形成却由来已久。玛合图木· 阿杂木去世后，伊禅卡朗作为长子取得了纳格什班底教团教权，伊斯哈克在争夺继承权失败后，即开始了自创教团的活动。在叶尔羌汗国的十多年中，伊斯哈克完成了创建教团的进程。在和卓萨迪时期，伊斯哈克教团发展成为新疆的主要教团，并控制了叶尔羌汗国的宗教权力。伊禅卡朗不愿伊斯哈克独占新疆，遂派其子穆罕默德·玉素甫和卓前来新疆与和卓萨迪争夺叶尔羌汗国的宗教统治权。从此开始了玛合图木· 阿杂木和卓两支后裔之间，也是白山派与黑山派之间长达几个世纪的残酷斗争。
明万历四十八年(1620年)，穆罕默德·玉素甫和卓赴麦加朝觐后，直接来到新疆。当时，和卓萨迪正把持着叶尔羌汗国的朝政。穆罕默德·玉素甫和卓没有直接去叶尔羌，而先去了喀什噶尔。在这里，他以纳格什班底教团“正统”的身份出现在教民中，传播本派的教义主张，广招门徒。和卓萨迪当然不会自动让出自己的地盘。于是，两派为争夺信徒展开了激烈斗争。在这场斗争中，阿不都·拉提甫汗为摆脱和卓萨迪的控制，曾一度支持穆罕默德．玉素甫和卓，但不久即迫于黑山派的强大压力而改变态度，不得不下令将穆罕默德·玉素甫和卓逐出喀什噶尔。
穆罕默德·玉素甫和卓被迫前往黑山派势力薄弱的哈密。他在哈密生活了十几年，当地的大量居民和达官显贵、学者成为白山派信徒。在此期间，他还娶了哈密统治者的女儿为妻。著名的阿帕克和卓就是这位妻子在哈密所生。穆罕默德·玉素甫和卓在哈密发展白山派势力的同时，还时刻关注着叶尔羌的形势。
在穆罕默德·玉素甫和卓离开喀什噶尔的十几年里，叶尔羌汗国内乱频仍，汗位不断更迭，政局不稳，社会动荡，汗统在和卓萨迪的操纵下，也转入了拉失德汗的幼子、吐鲁番统治者阿布都·拉西木汗一支。穆罕默德·玉素甫和卓认为时机已到，遂携家返回喀什噶尔。他通过自己的一位为阿布都拉汗当侍从的信徒，结识了这位叶尔羌汗国的统治者。正力图摆脱和卓萨迪控制的阿布都拉汗，对穆罕默德·玉素甫和卓父子的到来深表欢迎。为表示自己的诚意，他还把原属于汗的种植园阿瓦提村赠献给了穆罕默德·玉素甫和卓。但是，后来由于阿布都拉汗加强同清朝及邻国关系的主张和做法，遭到穆罕默德·玉素甫和卓父子的反对和抵制，双方发生了矛盾。穆罕默德·玉素甫和卓父子转而支持与其父不和的阿布都拉汗之子、喀什噶尔统治者尧乐巴斯汗。汗位觊觎者尧乐巴斯汗正需要一位著名和卓来加强自己的地位，于是双方一拍即合，尧乐巴斯汗拜穆罕默德·玉素甫和卓为其宗教导师，从而结成了反对阿布都拉汗与和卓萨迪的同盟。
伊斯兰教历1005年(公元1645／1646年)，和卓萨迪去世，留下两个尚未成年的儿子。黑山派的教务暂由和卓萨迪的海里排和卓·赛义德·穆罕默德(别称和卓·谢平)代理主持。穆罕默德·玉素甫和卓认为这是打击黑山派的好时机，于是他以向和卓萨迪的麻扎祈祷为名，前往叶尔羌。他一度取得了巨大的成功，阿布都拉汗和许多黑山派信徒“开始信仰他而离开了萨迪的儿子们”。
但黑山派很快就进行了反击。在海里排的率领下，黑山派信徒把和卓萨迪的儿子驮在脖子上到阿布都拉汗面前示威。阿布都拉汗再次迫于黑山派的压力，下令把穆罕默德·玉素甫和卓逐出叶尔羌。穆罕默德·玉素甫和卓回到喀什噶尔后，在加紧发展白山派势力的同时，积极策动尧乐巴斯武力夺取汗位。他们的阴谋活动引起了阿布都拉汗的警惕，他对白山派信徒和尧乐巴斯的追随者进行了屠杀。1667年，穆罕默德·玉素甫和卓父子发动了白山派数万人的暴乱。暴乱得到许多异密(指地方官吏和贵族)的支持。阿布都拉汗在众叛亲离的情况下，只得宣布放弃汗位，前往麦加朝觐。后来客死异乡。
阿布都拉汗出走后，尧乐巴斯汗经过一年的时间，才在准噶尔部的僧格台吉和穆罕默德·玉素甫和卓父子的支持下，夺得汗位。作为酬谢，他把喀什噶尔的统治权和象征汗权的旗、印、牌交给了僧格台吉，而把管理叶尔羌汗国事务的权力交给了穆罕默德·玉素甫和卓父子。据《伊达耶特传》记载，位于喀什噶尔的自山派中心拜什克然木村，成为凌驾于汗宫之上的“宫上之宫”。阿帕克和卓负责“宫中的日常活动”，并从此开始崭露头角。
穆罕默德·玉素甫和卓把持朝政后，对黑山派进行了疯狂的报复。凡是跟随与尧乐巴斯汗争夺汗位的和卓穆罕默德·阿布都拉去阿克苏的黑山派信徒和异密的家属，均遭杀害。穆罕默德·玉素甫和卓父子的暴行，激起了各族人民特别是黑山派群众的强烈不满和反抗。1670年，黑山派和卓在叶城、泽普和帕米尔山东部地区。发动了声势浩大的黑山派群众的暴动。穆罕默德·玉素甫和卓和尧乐巴斯汗均被暴动者杀害。暴动者在叶尔羌拥立尧乐巴斯汗的幼子阿布都·拉提甫为汗。拉提甫汗上台不久，就设计将参与暴动的异密杀死。阿克苏的伊斯玛仪闻讯出兵叶尔羌，拉提甫汗兵败后逃往喀什噶尔，伊斯玛仪在叶尔羌登上汗位。黑山派和卓穆罕默德·阿布都拉以拥立之功得以把持朝政，又开始了对白山派的屠杀。
阿帕克和卓在其父被杀后，即赴叶尔羌将其遗体运回喀什噶尔，葬于城郊的雅格都。这个后来以“阿帕克和卓麻扎”闻名遐迩的陵园，成为白山派的圣地。伊斯玛仪上台后，阿帕克和卓逃往中亚的达合比德。不久，他纠集了一伙达合比德人，秘密潜往阿图什，煽动当地的白山派信徒发动了暴乱。暴乱很快就被喀什噶尔统治者巴巴汗平息。巴巴汗宣布收回汗的种植园阿瓦提村，并下令把阿帕克和卓驱逐出叶尔羌汗国。
据《大霍加传》称，被逐后的阿帕克和卓在外度过了近10年的亡命生涯。后来，他流浪到内地，在甘肃、青海一带传播白山派苏菲主义教义，收受门徒，开苏菲派传人内地之先河。阿帕克和卓去内地的目的不单是为了传教，而是静待叶尔羌汗国的变化，并寻求支持自己的势力。在甘、青期间，他接触过肃州的一位大喇嘛，可能是受其影响，阿帕克和卓决定前往西藏。在西藏，他对“拥有至高无上的权力和地位”的达赖喇嘛谎称：“叶尔羌、喀什噶尔的民众都是我的弟子、门徒和苏菲。但是，暴君却统治了这些地方”，他祈求达赖喇嘛帮助他夺回失去的权力，“使这些地方重归我们所有”。达赖喇嘛答应了他的要求，写信给伊犁的准噶尔首领噶尔丹，要求他“亲自领兵，收复暴君统治的那些地方，让阿帕克和卓登上王位。”阿帕克和卓持达赖喇嘛给噶尔丹的手谕又去了肃州，拜见了达赖喇嘛在肃州的代表。这位大僧侣也修书致函噶尔丹，要他支持阿帕克和卓，甚至明确提出要噶尔丹：“见信后万勿迟延，立即带兵一万两千人，前往喀什噶尔和叶尔羌，杀戮暴君巴巴汗及子女家属，使这位高贵的客人重登喀什噶尔和叶尔羌都城的宝座。”
1680年，阿帕克和卓到达伊犁，向噶尔丹递交了达赖喇嘛及其在肃州代表的信函，并声称自己在喀什噶尔和叶尔羌都有大量的追随者，只要噶尔丹出兵，轻而易举就可以占领这一地区。此时噶尔丹不仅统一了厄鲁特蒙古各部，而且还征服了吐鲁番和哈密，正在谋划着吞并叶尔羌、喀什噶尔等南疆其他地区。阿帕克和卓的到来，给他提供了极好的时机。于是噶尔丹派出一万两千骑兵，以阿帕克和卓为向导，经阿克苏、阿图什、喀什噶尔直达叶尔羌城下。经过一番激战，叶尔羌镇守伊瓦兹伯克战死，黑山派领袖阿布都拉和卓被迫出走印度，伊斯玛仪汗率阿布都拉和卓的两个儿子舒艾布和达涅尔，以不改变其信仰为条件，开城投降。伊斯玛仪汗及其家族成员被押往伊犁喀布尔格囚禁，吐鲁番的统治者阿布都·热西德被立为叶尔羌汗。
阿帕克和卓只是恢复了白山派领袖的地位，而没有如愿夺得叶尔羌汗国的统治权。心有不甘的阿帕克和卓施展阴谋手段，终于让噶尔丹废黜了阿布都·热西德汗，叶尔羌汗国宣告灭亡。阿帕克和卓被噶尔丹委任为天山南路四城(叶尔羌、喀什噶尔、和田、阿克苏)总督，其长子叶海雅(汗和卓)为喀什噶尔阿奇木(行政长官)，其他各城阿奇木则由阿帕克和卓任命。阿帕克和卓终于依靠准噶尔的军事力量建立了梦寐以求的白山派和卓政权。但是，这个政权不过是在准噶尔统治者卵翼下· 为准噶尔统治者“办理回务”，即代理他们实行对天山南路进行统治的一个傀儡政权。
阿帕克和卓为表示对其宗主准噶尔统治者的忠心，除按照规定每年向准噶尔交纳1O万腾格(原意为银，转义为银币)白银、15 OOO察拉克(古代维吾尔族衡器名)小麦及其他财物外，他还以个人的名义每月向噶尔丹敬奉4000腾格白银。为此，阿帕克和卓推行了极其繁重的赋税制度，对劳动人民进行经济剥削和掠夺。为讨好准噶尔贵族，阿帕克和卓还切断了叶尔羌汗国时期建立起来的与中原地区的政治、经济、文化联系和交往。对内则实行宗教封建独裁统治，镇压黑山派，排斥异己，强制推行白山派教义教法，焚毁一切非白山派的典籍和文献。
阿帕克和卓的统治和准噶尔贵族的掠夺，使天山南路的阶级矛盾和民族矛盾空前激化。1692年，在叶城、泽普、英吉沙等地，爆发了由黑山派和卓领导的、以黑山派信徒为主体的大规模群众暴动。暴动得到了包括白山派大本营喀什噶尔地区各族人民的响应，迅速波及天山南路各地。阿帕克和卓见大势已去，遂宣布放弃汗位，跑到准噶尔控制下的哈密和吐鲁番去了。但是，不久他又凭借准噶尔贵族的支持，夺回了权力。为保白山派和卓政权的统治，他决心彻底铲除黑山派和卓势力。为此，他以“共同管理回务”为由，把已逃到克什米尔的黑山派和卓舒艾布和达涅尔兄弟骗回叶尔羌。在行至边境时，舒艾布有所警觉，遂让达涅尔返回克什米尔。当舒艾布一行到达叶尔羌附近的提士纳河岸的桑株时，埋伏在那里的阿帕克和卓的“一伙狂热的信徒”突然冲出，将舒艾布杀死后扔进了河里，几百名随从也全被杀害。黑山派经此次打击后，势力急剧衰落。
1695年，叶尔羌的黑山派群众再次举行暴动。暴动群众冲人宫中，把阿帕克和卓杀死。虽然暴动很快被镇压下去，但白山派和卓家族也由于阿帕克和卓的突然死亡陷入了残酷的权力斗争，白山派在内讧中元气大伤。1696年，叶尔羌汗室后裔穆罕默德·穆敏·阿克巴什汗乘噶尔丹在昭莫多被清军打败和白山派统治集团互相争斗之机，举行暴动，一举攻占叶尔羌，登上了汗位。随后，阿克巴什汗对白山派进行大规模清洗。据《和卓传》记载，他一次就杀了一千名白山派的“狂信者”。阿帕克和卓的后裔仓皇逃往印度。
白山派和卓政权垮台后，天山南路陷入了空前的混乱。各地封建主纷纷拥兵自立，白山派和黑山派和卓也分别在喀什噶尔和叶尔羌建立了自己的政杈。而这两个和卓政权都去竭力争取准噶尔的支持。最终，黑山派赢得了胜利。他们以阿帕克和卓给准噶尔的同样条件，取得了同样的权力，即为准噶尔统治者“办理回务”，从而建立了以准噶尔为宗主的黑山派的和卓政权。1754年以后，黑山派和卓乘准噶尔统治集团内讧，势力衰落之机，驱逐准噶尔在叶尔羌、喀什噶尔、和田等地的驻军、官吏和商人，摆脱了准噶尔贵族的统治，开始了黑山派和卓政权独立执政的时期。
1755年，清军平定准噶尔部达瓦齐叛乱后，决定把原被准噶尔羁押于伊犁的白山派和卓阿合玛特的长子、大和卓波罗尼都派往南疆，利用其影响去招服维吾尔人，以实现对南疆的和平统一；其弟小和卓霍集占留在伊犁管理“回务”。波罗尼都受命后，即同清朝使者一起，率领由清军、准噶尔人和山地居民组成的一支千余人的军队前往南疆。波罗尼都以清朝廷委派的官员与和卓的双重身份招服维吾尔人，各地不满黑山派和卓统治的维吾尔人纷纷归顺。黑山派和卓虽然进行了抵抗，终因众叛亲离而失败。黑山派和卓家族中，除阿布都拉和卓和他的两个儿子脱逃外，其余全部被杀。黑山派和卓势力从此退出了历史舞台。
波罗尼都收复南疆后，立即宣布天山南路从此进入“可汗秦(指清朝皇帝)的时代”。
不久，厄鲁特蒙古辉特部台吉、时已归附清朝的阿睦尔撒纳发动叛乱。小和卓霍集占不念清朝解救之恩，反“率众助逆，以与勤王之台吉、宰桑战”，参与了叛乱。在平叛清军即将抵达伊犁时，霍集占怕清廷追究，潜往南疆。他一人南疆，即提出“收罗各城，可以自立”的分裂主张，煽动波罗尼都背叛清朝。1757年，霍集占杀害清廷派往南疆进行招服的官员阿敏道，正式发动了叛乱。1759年清军在新疆各族人民的大力支持和配合下，终于平息了这场历时两年四个月并波及南疆大部分地区的叛乱。
19世纪上半期，在浩罕汗国等外国势力支持下的和卓后裔，先后发动了“张格尔和卓之乱”、 “玉素甫和卓之乱”、 “七和卓之乱”、“倭里汗和卓之乱”等多次叛乱。这些以建立独立的政教合一的伊斯兰政权为目的的叛乱，不仅根本违背了历史发展潮流，也违背了新疆各族人民的共同心愿，因此也就注定了必然失败的命运。
玛合图木·阿杂木和卓家族势力的兴衰史证明，伊斯兰教上层势力的非正常发展乃至恶性膨胀，必然侵夺世俗权力；一旦他们夺取权力，则必然建立中世纪式的政教合一的政权，把社会拉向倒退；这种政教合一的统治，给各族人民包括穆斯林群众带来的只是更加深重的苦难；在他们失去权力后，必然利用其宗教影响，以更加的疯狂来夺回失去的权力，造成社会的激烈动荡。这也是17至19世纪新疆伊斯兰教发展变化的一个突出的特点。
清王朝平定和卓后裔的叛乱，维护了国家的统一和新疆的社会稳定，打击了和卓势力，消除了危害新疆社会的隐患。