新疆西部喀喇汗王朝的苏图克·布格拉汗死后，其长子穆萨(全名穆萨·阿尔斯兰汗·本·阿不都‘克里木，突厥语名巴伊塔什)继位。他根据当时的形势采取了先内后外的政策。首先在副汗的辖区内继续强制推行伊斯兰教，巩固了自己的统治地位。接着就发动了对“不信真主”的巴拉沙衮大汗的“圣战”，一举占领巴拉沙衮，灭掉了大汗。穆萨自此成为喀喇汗王朝的大汗，喀什噶尔也随之成为喀喇汗王朝的政治、经济、文化和宗教中心。

把伊斯兰教势力作为重要依靠力量的穆萨．阿尔斯兰汗，为了迅速把伊斯兰教传播到喀喇汗王朝全境，在继续强制推行伊斯兰教的同时，与伊斯兰教上层势力密切配合，发起了一场伊斯兰教宣传运动，取得了很大的成功。据阿拉伯史学家伊本·阿西尔的《全史》记载，公元960年，20万帐突厥人接受了伊斯兰教。如以每帐3至4人计算，在这一年接受伊斯兰教的仅突厥人就有60至80万人。虽然这个数字可能有些夸大，但可以认为，经过这场宣传运动，伊斯兰教已为喀喇汗王朝的绝大多数居民所接受，并已取代佛教成为喀喇汗王朝的主要宗教。就在这一年，穆萨·阿尔斯兰汗宣布伊斯兰教为国教。新疆地方政权中的第一个伊斯兰王朝就此出现了。

苏图克·布格拉汗父子强制推行伊斯兰教的做法，遭到佛教及其他宗教信徒的强烈不满和反抗，各地不断发生反对强制改宗伊斯兰教的暴动。信仰佛教的于阗王国和高昌回鹘王国竺对喀喇汗王朝的做法也十分不满，所以对喀什噶尔等地佛教徒的反抗给予了支持。公元962年，穆萨·阿尔斯兰汗以此为口实，发动了对于阗王国的“圣战”。

战争初期，由于于阗得到信奉佛教的高昌回鹘和吐蕃的支持，占据了优势，曾一度攻占喀什噶尔。但在此后的长时间里双方互有胜负，战争呈拉锯状态。期间，穆萨·阿尔斯兰汗去世，其子阿里·阿尔斯兰汗继位后，继续同于阗进行战争。公元998年，双方在今英吉沙与疏勒交界处展开激战，可汗阿里·阿尔斯兰汗阵亡，喀喇汗王朝大败。公元999年喀喇汗王朝消灭中亚的老对手萨曼王朝后，将中亚的军队调往新疆，投入同于阒的战争。这支生力军的参战，使战争形势急转直下，喀喇汗王朝的军队一直挺进到于阗城下，经长期围困后于1006年攻陷于阗城，至此于阗王国灭亡。

于阗国灭亡后，于阗的佛教徒凭借天时地利人和的有利条件，同伊斯兰占领者展开了激烈战斗。在今策勒县达玛沟一带，不愿改宗伊斯兰教的佛教徒同伊斯兰占领者进行了长期的斗争，当地因此有了一个“乌尊塔特”(意思是“长期坚持异教的地方”)的地名。从中亚带兵参加于阗战争的四个伊玛目，就是在策勒一个名叫波斯坦的地方被当地佛教徒杀死的，当地现存的“四伊玛目麻扎”，就是埋葬他们的坟墓。于阗佛教徒的反抗大约持续了半个世纪之久。关于这场战争，至今和田民间仍有“百年战争”之说。

随着于阗王国的灭亡，佛教也结束了在这个地区千余年的统治地位。从此，佛教势力退出了塔里木盆地的西部和南部地区。

在喀喇汗王朝同于阗王国的宗教战争中，由于高昌回鹘支持于阗，因此与喀喇汗王朝的关系逐渐恶化，喀喇汗王朝对信仰佛教的高昌回鹘人恨之入骨。马合穆德·喀什噶里在他的《突厥语大词典》中，就称不信仰伊斯兰教的高昌回鹘人是“最凶恶的敌人”。所以，喀喇汗王朝在灭亡于阗王国后不久，就发动了对高昌回鹘的“圣战”。

喀喇汗王朝的大汗阿赫马德·托干汗亲自组织和指挥了对高昌回鹘的“圣战”。他率军从巴拉沙衮(在今哈萨克斯坦托克马克一带)出发，越过伊犁河，攻入高昌回鹘境内。高昌回鹘出兵迎击，打退了入侵之敌。1017年，高昌回鹘发兵30万，跟踪追击，一直挺进到距巴拉沙衮八日路程的地方。正在患病的阿赫马德·托干汗不得不抱病组织人马进行反击，打败了因长途奔袭而疲惫的高昌回鹘军队。阿赫马德·托干汗又亲自率军追击，并再次攻入高昌回鹘境内。双方展开了殊死的拼杀，战斗十分激烈。《突厥语大词典》收录了多首有关这次战争的诗歌，反映战斗的激烈、残酷。

喀喇汗王朝的军队所到之处，像在于阗一样，不仅对不信仰伊斯兰教的回鹘人进行了残酷的屠杀，对回鹘佛教寺院也进行了大肆破坏。

高昌回鹘对喀喇汗王朝军队进行了顽强的反击。正当战争进行中，阿赫马德·托干汗病情加重，喀喇汗王朝不得不撤兵罢战，对高昌回鹘的这次“圣战”无果而终。喀喇汗王朝对高昌回鹘王国的宗教战争结束后不久，统治集团内部矛盾加剧，喀喇汗王朝因此分裂为东、西两个政权。东、西喀喇汗王朝之间以及两政权统治集团内部矛盾重重，陷入了无休止的内争，无力再发动对外的伊斯兰“圣战”。伊斯兰教在新疆的第一次传播高潮也就此结束，新疆的佛教已遭受沉重打击。