建州女真与海西女真为了躲避野人女真的侵扰，并加强同更高文明区的经济联系，因此逐渐向南迁移。
“建州女真”中的“建州”一词究竟起源于何处，说法不一。最早认定“建州”为地名并开始考证“建州”之地为何处的，应属乾隆年间下令编纂的《满洲源流考》。这本书在[疆域三]“建州”条下记：“《明实录》永乐二年，置建州卫。”并按：“我朝肇兴之地，即渤海建州之故壤也。” 依据是，《新唐书-渤海传》记：“率宾故地为率宾府，领华、益、建三州”，这是史籍中关于建州地名最早的记载。
另有学者认为，建州女真的建州二字不是起源于地名，而是族称。“建州”发音同句直，谐女真。
建州女真的迁徙、演变过程，比较一致的观点是：建州女真原居于牡丹江与松花江汇流地方（依兰，三姓之地），是元代胡里改(乌德盖人)和斡脱怜（斡朵里）二万户的部族族民，酋长为阿哈出（胡里改）和猛哥帖木儿（斡朵里）。其中胡里改阿哈出部在牡丹江入松花江江口以东，斡朵里猛哥帖木儿部在牡丹江入松花江江口以西，互相为邻。这里由于经常遭到北面兀狄哈人（野人女真的一支，今赫哲人）的侵袭，不得安宁，故于明初洪武五年（1372年）左右，为了躲避东海地区兀狄哈（赫哲前身，属当时的野人女真）部族的袭击，胡里改和斡朵里分别开始向东南迁移。胡里改迁移地点大致有几种说法，一说是胡里改部迁至原渤海故地率宾府建州（今绥芬河下游之双城子为渤海率宾府建州故地），永乐元年(1403)，明政府在此置建州卫，委该部首领阿哈出（明廷赐名为李承善，《李朝实录》作於虚出）为指挥使；另一说是明洪武年间，阿哈出率部从牡丹江口迁出后，几经辗转，到达了凤州（又称奉州，今吉林南部的回波江）；也有学者认为，这次迁移来到了阿木河西部江左今和龙境内，这里也是后来建州卫的初设之地。
明洪武五年（1372年）左右，猛哥帖木儿率部众迁移离开故乡，溯牡丹江而上，南徙到珲春河流域居住。大约到了洪武九年（1376年）至十七年（1384年）之间，又离开珲春河畔，南渡豆满江（即图们江），进入朝鲜东北庆源、镜城一带居住。洪武二十一年（1388年），又南移到阿木河（即吾音会，今朝鲜会宁）地方居住。
关于胡里改的迁移，也有学者认为，洪武五年（1372年）前后，阿哈出率部众背井离乡，沿着牡丹江南进，迁徙到图们江以北，珲春河以西居住（在近朝鲜）。永乐元年（1403年）十一月，阿哈出等赴明都应天（即南京）朝贡，明廷在胡里改部住地设建州卫，命阿哈出为指挥使。他立即向明廷推举自己的近邻和亲戚，现居阿木河的猛哥帖木儿，称他“聪明，识达天道”。永乐帝便遣使前往招抚。永乐三年（1405年）九月，猛哥帖木儿随明使到应天，觐见永乐皇帝，明廷授他为建州卫指挥使。
避朝鲜到凤州。永乐四年（1406年）春，阿哈出因与朝鲜关系恶化，再加上兀狄哈南下侵扰，于是率部众由图们江北岸，西迁到辉发河上游的凤州（即吉林省海龙县）居住。永乐九年（1411年）四月，猛哥帖木儿也因与朝鲜关系不好，加之兀狄哈侵袭，便率部众迁往凤州，与建州卫阿哈出同住一地。永乐十年（1412年），猛哥帖木儿入京朝贡述职，明廷考虑到他和阿哈出原皆为元朝的万户，现在却是建州卫管辖的部属，显然不妥。因此，增设建州左卫，命猛哥帖木儿领其卫，任指挥使。
避蒙古东向朝鲜。永乐九年（1411年），阿哈出逝世，由其子释家奴袭官。大约永乐十八年（1420年），释家奴去世，由其子李满住承袭，统辖建州卫。因为凤州经常遭到蒙古的侵扰，永乐二十年（1422年）九月，建州左卫猛哥帖木儿向明廷请求迁往他地定居，永乐帝敕谕准许复还朝鲜阿木河地面居住。永乐二十一年（1423年），猛哥帖木儿率部众回到朝鲜境内阿木河驻牧，但是仍同明朝政府保持密切的臣属关系，为明廷悉心任事。宣德八年（1433年）十月，猛哥帖木儿协同明军镇压杨木答兀叛乱遇害。永乐二十年（1422年），建州卫李满住也向明廷请求迁往别处安居。永乐二十一（1423年）初，明廷准许李满住迁往婆猪江多回坪等处居住。永乐二十二年（1424年）四月，李满住率部众到达婆猪江的西岸兀刺山南麓瓮村一带居住。宣德八年（1433年）六月，李满住因遭朝鲜侵袭，由瓮村迁到兀刺山北的吾弥府（即辽宁省桓仁县古城子）。正统三年（1438年）初，又率部迁徙到浑河上游，六月又移住灶突山（即辽宁省新宾县烟筒山），随之而来的还有他的叔父猛哥不花领有的毛怜卫。（在北方兀狄哈、西方蒙古、东方朝鲜的一再打压下，建州女真不断向南迁移，进入辽宁境内）
猛哥贴木儿系也迁移到辽宁。建州左卫在猛哥帖木儿死后，蒙哥贴木儿的儿子董山被兀狄哈掳去，明朝廷命令凡察（猛哥帖木儿同母异父弟）执掌建州左卫事务。他分析形势，北有兀狄哈南有朝鲜，深感在阿木河实难久居，故想返回明境定居，由于朝鲜的反对，几经周折，正统五年（1440年）六月，率部经婆猪江，九月到达苏子河与岳父李满住汇合。明廷得知后，将凡察所领的建州左卫安放在以苏子河上游赫图阿拉（即辽宁省新宾县境内）为中心，包括海龙县以南，桓仁县以西的丘陵地带居住。当董山被掳，后由毛怜卫指挥哈儿秃等赎回，明廷授他为建州左卫指挥使，随其叔父一同迁到苏子河。不久董山与凡察为了争夺建州左卫的统治权，叔侄之间发生了“卫印之争”。正统七年（1442年），明政府分建州左卫为二，增设建州右卫，董山领左卫事，凡察掌右卫事。建州卫、建州左卫和建州右卫，史称建州三卫。建州女真在被迫的迁移过程中，为了生存不断地成长。
建州三卫分布在抚顺关以东，迅速成长壮大，尽管明朝在成化年间就敏锐地发现潜在的威胁，并发动成化犁庭重创建州，但处在上升势头的建州女真，在努尔哈赤及后继者的带领下，终于战胜了昔日的一切对手-海西和野人女真各部、朝鲜、蒙古、大明。