1626年，努尔哈赤的第八子皇太极经历了皇权的争夺最终继位，进一步强化巩固八旗制度，重用汉族知识分子，善待明廷降将，加强集权统治等政策。和明廷的战争在求和中得到和缓，一方面使内部矛盾得以解决，另一方面将兵鋒指向东北地区的周边民族，解决了来自西北方蒙古和北方黑龙江以北地区的民族后顾之忧，巩固了做为满清根据地的东北地区民族关系，以待与明廷更大的战略决战。

皇太极早期，漠南蒙古民族势力最强的为自称蒙古大汗的察哈尔的林丹汗。其他蒙古族各部均受林丹汗的控制和欺凌。皇太极对这些部落采取“恩威并用”的招抚政策，对帅部来归的赐予厚礼，授予官爵。对林丹汗亲征围剿，使林丹汗先逃至土默特，后又串至青海，1634年，林丹汗病死于青海的大草滩。最后，皇太极帅兵在河套地区消灭了林丹汗的残部，得元代传国玉玺而归。1636年，漠南蒙古民族十六部在盛京尊皇太极为可汗。在此基础上，皇太极积极联络漠北土谢图汗，札萨克汗，车臣汗三个部的喀尔喀蒙古，1638年，漠北蒙古民族三部“遣使来朝”，皇太极与其订立“白骆一，白马八”的岁贡盟约，与漠北蒙古民族建立了臣属关系。

黑龙江是女真民族的故乡，皇太极继位后更加重视黑龙江流域的经营。1631年黑龙江中游的虎尔哈托黑科等四首领来朝贡物。1634年，精奇里江索伦部巴尔达齐帅四十人来朝贡貂皮。在其影响下，外兴安岭以南索伦部多数都归附后金。1637年，黑龙江上游乌鲁苏城的索伦部首领博木博果尔帅八人来朝。于是，黑龙江上游南北两岸各城屯俱附之。此外，鄂嫩河，尼布楚一带的蒙古茂明安部，贝加尔湖以东的使鹿部皆先后归附。后博木博果尔叛乱，皇太极派萨木什喀，索海平叛，1641年，清军攻取齐洛台（今俄罗斯远东赤塔），俘获博木博果尔及其余部。收复和控制了贝加尔湖以东广大地区。至此，“自东部海滨（鄂霍次克海），迆西北海滨（贝加尔湖），其间使犬，使鹿之邦，及产黑狐，黑貂之地，厄鲁特部，以及斡难河源，远迩诸国，在在臣服”。

皇太极征服了北方西部漠南漠北蒙古民族，正北的黑龙江，乌苏里江流域野人女真族和东方的朝鲜，解除了内外的后顾之忧，巩固了东北根据地民方向关系。皇太极又把注意力全部放在与明廷领土的争夺上。扼制进关的咽喉—宁远久攻不下，他就另辟蹊径，从更西面的喜峰口，古北口迂回入关，从1629年到1636年的六七年间，先后几次对河北，山东以及等京畿周围等地区攻城略地，掠走数十万中原人口，如入无人之境。关外守将洪承畴，祖大寿相继投降，整个关外只有宁远一座孤城。1636年的五月，皇太极在沈阳称帝，定国号为大清，改元崇德。七年之后，即１６４３年９月，皇太极突患脑充血死去。稳固的东北局势和民族关系，为之后清军入关奠定了基础。