在中原待了89年就被一个叫朱元璋的放牛娃赶回草原放羊去了。毕竟是过了几天好日子，蒙古人从被赶到草原的那一刻（1368年）起就日盼夜望重回中原，奈何新生的明帝国牛逼的很，特别是太祖和成祖，那简直按着蒙古人在地上摩擦的主，蒙古人一直也没有找到突破口，大明与蒙古就这样相爱相杀过了200来年。
时间到了17世纪，大明和蒙古相继步入了老年，进入了衰落期。公元1604年，十三岁的林丹汗继位，成为蒙古最后的大汗。
林丹汗（1592年－1634年），孛儿只斤氏，名林丹巴图尔，汗号为呼图克图汗，是蒙古帝国第35任大汗（1604年－1634年在位），一般认为是蒙古末代大汗（也有人认为其子额哲是末代大汗）。布延彻辰汗去世后，13岁的长孙的林丹继承汗位，统辖察哈尔部。
林丹汗本名林丹巴图尔，是成吉思汗之嫡系后裔、达延汗的7世孙。这位林丹汗绝对的根红苗正，自然而然对复兴蒙古也是来劲的很。林丹汗一上来就重启对明朝的战争，此后十多年，明蒙边境再一次陷入战火之中，最后的结果依然是不相上下，林丹汗除了消耗自己大量的实力外，一无所获。
实际上，林丹汗继位前蒙古汗权不振就已经很久了，漠南的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政，蒙古大汗只能支配辽河套的察哈尔部（分为浩齐特、乃蛮、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克），仅被漠南诸部奉为名义上的共主。漠北的外喀尔喀更不承认蒙古大汗为共主，而漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌。
林丹汗即位10年后，其威望与实力逐渐攀升，内喀尔喀归附林丹汗的控制之下。林丹汗采取了一系列措施加强汗权，如兴建都城察汉浩特（意为“白城”，位于今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗境内），用《图们汗法典》约束诸部，使漠南诸部重新向大汗朝觐。
1617年，林丹汗在西藏萨迦派僧侣沙尔巴呼图克图的劝说下，由黄教（格鲁派）改宗红教（萨迦派，狭义上是花教，广义上与宁玛派、噶举派皆属红教）。此时黄教在蒙古经过数十年的传播，已经根深蒂固，林丹汗突然改宗，无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对大汗的离心力，对林丹汗统一蒙古的事业产生不小的阻碍。
林丹汗试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，但同时东面的女真（后金）正在加快崛起，在1619年的萨尔浒之战女真人打垮了明军在辽东的精锐主力，占据了辽东地区，并与蒙古东部边境接壤。后金的突然崛起，让明蒙双方都意识到它才是双方共同的威胁，于是双方罢兵言和，并结成军事同盟共同应对后金的威胁。
与明朝结盟之后，林丹汗于1619年10月派遣康喀尔拜虎携国书出使后金，该国书“词意骄悖”，林丹汗以“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗”自居，蔑称努尔哈赤为“水滨三万女真之主”，警告努尔哈赤不得进犯广宁。努尔哈赤在回信中先大肆数落明灭元后蒙古汗廷的困境，又怂恿林丹汗与自己结盟讨伐明朝。林丹汗不予理睬。
林丹汗对外采取联明抗女真的方针，对内则谋求控制蒙古其他部落，而且他以“攘外必先安内”为原则，优先进行对蒙古的统一，避免与女真人的后金正面交锋，林丹汗总是通过虚张声势以换取明朝的赏银。
由于林丹汗黄教改红教，以及后金不断地挖墙脚，蒙古内部矛盾逐渐凸显，先是内喀尔喀被拉拢与后金通婚、盟誓，然后内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、达赖台吉等各率所属五百户投奔了后金的辽阳城，乌珠穆沁部翁衮都喇尔子多尔济车臣济农与其叔之子塞棱额尔德尼台吉也因与林丹汗不和，率部投奔了漠北外喀尔喀。苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率所部，也投奔了漠北。
林丹汗要统一蒙古，不能不威胁到蒙古诸部封建主的利益，其中奥巴台吉领导的科尔沁部与林丹汗的察哈尔部关系最为紧张，同时与后金的来往日益密切，到1624年时干脆抛弃林丹汗，与努尔哈赤结盟。科尔沁与后金的结盟与之前内喀尔喀不同，内喀尔喀是后金胁迫下的“要盟”；而科尔沁则是主动结盟，并明确针对林丹汗，因此科尔沁在林丹汗的统一大业中首当其冲。林丹汗先在1624年10月派绰尔济喇嘛和奥巴谈判，结果不欢而散。十一月，林丹汗率军征讨科尔沁，奥巴不敌察哈尔军，急忙派人向盟友后金告急。努尔哈赤亲率贝勒大臣驰援，抵镇北堡后命莽古尔泰率兵5000赴农安塔，实际上只是虚张声势，并没有死保科尔沁的意思。但林丹汗得到后金出援的消息后，不愿与后金正面交锋，于是匆忙撤退，科尔沁之围遂解。
天启七年（1627年），后金的开国君主努尔哈赤在进攻宁远时被明军的炮火击中，不治身亡，皇太极成为后金新的统治者。
科尔沁部已投入后金阵营，皇太极开始向林丹汗的察哈尔部渗透。察哈尔部的奈曼、敖汉两个鄂托克于1627年6月背叛林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。
林丹汗在左翼众叛亲离，再加上女真兵锋正盛，林丹汗离开辽河套，踏上西迁之路，平定蒙古右翼诸部。
1627年十月，林丹汗以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。
右翼诸部不是林丹汗的对手，林丹汗以秋风扫落叶之势击溃了驻牧于宣府外元上都故地的喀喇沁（哈喇慎）部和定居于归化城的土默特部，很快在右翼立足。经过赵城之战、敖木林之战、埃不哈之战等数次战役，林丹汗在1628年底平定右翼地区，驱逐了顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙），并废除了济农额璘臣（济农是达延汗所设置的代表大汗管理右翼的世袭官职，驻鄂尔多斯，到林丹汗时已实际独立）。
但很显然，林丹汗缺乏政治头脑，在右翼的高压，换来的结果是右翼诸部相继归附后金。同时，留守于辽河套的察哈尔部也开始瓦解，不仅奈曼、敖汉两鄂托克投靠后金，阿喇克卓特也步其后尘而降金，浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克则北上投奔漠北外喀尔喀硕垒台吉（后来的车臣汗）处。
这时候皇太极暂时停止了对明朝的军事行动，转而将主攻方向对准蒙古。林丹汗西迁以来，虽然取得一些军事胜利，但却得罪了大多数蒙古封建主，使他陷入孤家寡人的境地，离统一蒙古的梦想也越来越遥远。当时漠西和漠北原本就不臣服林丹汗，漠南诸部则在林丹汗的打击下纷纷东投后金。林丹汗虽获得富庶的右翼故地，但因为“塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行”，蒙古诸部几入绝境。而各部的抵抗也大大削弱了察哈尔部本身的力量：“插（察哈尔部）之疲甚、饿甚、穷甚”，其兵员严重减耗，“插有马约备仅收四万，插众不满五万”。
1628年二月，皇太极一征察哈尔，到九月时吞并了察哈尔故地。林丹汗仅据有宣府边外以西的河套和土默川一带。
1632年3月，皇太极第二次远征察哈尔林丹汗，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。此时，镶黄旗两个蒙古人偷马逃出，将大军压境的消息报告给林丹汗。当时林丹汗驻帐于宣府边外，听说后非常震惊，于是率众西奔。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，五月下旬进驻归化城，得知林丹汗已渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。
林丹汗亡命青海，逃难过程中部众大量流失，1633年4月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。六月，巴达西寨桑等5个头目率千余户投降。同时又缺少粮食，甚至到了“杀人以食”的地步。1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是连续在三、四、五月出兵，闰八月甚至和洪承畴交手，都是为了获得粮食。他在青海时，与漠北外喀尔喀的朝克图台吉（却图汗）、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为“反黄教联盟”。林丹汗试图利用这个联盟东山再起。可是天不假年，就在1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的一生。
皇太极于1635年2月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。林丹汗子额哲奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。
皇太极把蒙古人收编为蒙古八旗，纳入后金的战斗队列，皇太极代表女真人完成了一次完美的复仇(1234年蒙古灭金)。皇太极意外获得了失传多年的传国玉玺，这也更加坚定了皇太极取代明朝正统性的想法。
一年后的1636年，皇太极正式将后金改为大清，族名女真也改为满清，重新把战略主攻方向对准了大明。