清朝平定准噶尔汗国对历史的影响是深远的，最深远的就是将准噶尔汗国从历史上抹去，在汗国存在的时候，汗国作为曾经泛蒙古帝国的分支在中亚地区可算耀武扬威，四处出击。也是在当时蒙古帝国当中最具实力的中亚国家。
自蒙古帝国建立以来，整个欧亚大陆都已经泛蒙古化，当然并不是说蒙古的文化强大，而是蒙古人一直是政治统治阶层，掌握大量的社会资源，有很多都希望通过自己的军事武装和强大的国力，重新恢复大蒙古帝国，准噶尔就是其中之一，自然也有印度的莫卧儿帝国。

按照明朝以及之后的清朝的中央眼光去看待整个汗国，不过是一个地方统治国家，也是曾经被我们称作西域的地方建立的蒙古的一支，在我们看来，汗国更像是一个地区力量，是准噶尔汗国反抗中央，进而导致清王朝平定准格尔叛乱，但如果抛开东亚传统的政治定律，也就是中央正统这种逻辑。
单看整个亚洲地区的政治力量划分，我们就可以知道准噶尔与当时的清朝，甚至是后期的明朝以及其他亚洲帝国是平行发展的，如果没有之后的清王朝平定准噶尔的这一场持续多年的战争，那么历史也将被改写，新疆也从来都不会存在，就是明朝也不曾占领过汉朝，唐朝，隋朝等王朝所统治过的广大西部地区，我们对于亚洲其他地区的接触也由此彻底打断，当下都可能存在一个中亚的内陆国家，名字便是准噶尔。

当时凭实力准格尔还真不一定落后于清朝，首先准噶尔与当时的亚洲其他国家，还有欧洲都有联系，他们并不是茹毛饮血的大老粗，只知道策马弯刀，他们也有先进的火器和武器技术，这也是为什么清朝在决定远征的时候顾虑重重，难以下定决断。
而清朝在当时的国内问题还没有完全处置完毕，虽然清朝的税收和财政体系以及农业生产制度十分先进，可以保证清朝统治者后方无忧。
但是清朝还是无法动用整个国家的综合实力，以保证这场战争的绝对胜利，尤其是反清的团体一直十分活跃，所以这场战争本质上依然是满族军事体系，再加上一部分汉人的物资支持和军事辅助对于中亚强国准葛尔汗国的一次作战，真正的结果自然是清朝赢了，而清朝也基本上占领了准葛尔汗国的整体疆域，这使得中亚地区的地缘政治版图出现了翻天覆地的变化。

周边国家曾多次遭到军事进攻，被迫屈服于这个国家，而如今清王朝取代了准葛尔汗国，成为这一地区的霸主，更多的国家自然愿意亲近清王朝，但是清王朝并没有更多的时间在此地深度经营。
对于中亚地区，清朝虽然也想要进一步发展，但无奈国内事情太多，只能止于准噶尔汗国，之后清王朝也一直未能在中亚地区重视起来，而准格尔汗国的消失也导致了俄国在向东扩张之时，没有了绝对的抵抗力量，很多地区国家还没有缓过神来，清朝就似乎已经退出了中亚的竞争序列，而俄国又顺理成章地成为这一地区的老大。
说一句不好听，又不严谨的话，那就是清朝消灭准噶尔汗国，反而帮助俄国消灭了能够阻碍俄国向东发展的障碍，这在当时对于清朝而言是正确的，毕竟准噶尔汗国除了在中亚以外，还要重新统一蒙古各部，对刚建立的清王朝绝对是战略压制，这场战争也不可避免，只不过最大的胜利者，除了清朝之外，还有俄国是不是捡了一个大便宜？