1378年(明洪武十一年)，北元昭宗爱猷识理达腊病逝，其弟(也有说法是儿子，至今没有定论)脱古思帖木儿继位，是为益宗。益宗再没有了前代力图恢复盛元的志向，只想偏安求生，将汗廷迁至捕鱼儿海(今贝尔湖)。

但明太祖朱元璋却从没有忘怀北元朝廷的存在，1388年(明洪武二十一年)，在相继吞并辽东、云南之后，派大将蓝玉率15万大军直驱捕鱼儿海，一举摧毁了北元汗廷的武装，北元益宗脱古思帖木儿在逃亡途中与太子一起被阿里不哥后裔也速迭儿所杀。

也速迭儿之所以有此胆量，是因为有卫拉特蒙古的大力支持。

随着元朝灭亡，北元屡遭明军打击，尤其是矢志中兴的北元昭宗爱猷识理达腊、太师扩廓帖木儿(王保保)相继病逝之后，北元朝廷已经锐气尽失，再难复振。此消彼长，躲过战乱，一直在西面冷眼旁观天下大局的卫拉特，则实力日增。而在此时，卫拉特蒙古出现了一位杰出的领袖—猛可帖木儿。关于猛可帖木儿的身世史学界有多种说法，有的说其人便是在中亚建立帖木儿帝国的跛子帖木儿，有的说其人是后来执北元牛耳的乌格齐哈什哈，还有的说其人是篡位的鬼力赤，众说纷纭，难有定论。不过，主流意见，其人就是卫拉特土尔扈特部首领乌格齐哈什哈。在他统领卫拉特期间，卫拉特一方面由于自身部落繁衍，另一方面也由于不断吸收和联合周围其他部落，势力渐强，人数发展到4万户以上，有了足以左右蒙古高原局势的实力,他因而被明朝称为’瓦剌王’。

在明军摧毁北元汗廷武装后，乌格齐哈什哈率领卫拉特东进，帮助也速迭儿杀死了北元益宗。也速迭儿夺走了元朝传国玉玺，自立为汗。1260年阿里不哥与忽必烈争位失败，被迫投降后屈辱而死，他的后代子孙也速迭儿倒是洗刷了这一耻辱。但是,也速迭儿的复仇除了得到大汗的名号之外，其他着实不多。此时蒙古帝国早已分崩离析，大元王朝也只剩下大漠南北草原地带的残山剩水。更可怕的是，即使是草原上的各蒙古部落，也并不怎么拿这位新任大汗当回事，尤其是卫拉特部，仰仗着强大实力和拥戴之功，跋扈非常，视大汗为傀儡。

也速迭儿汗号’恩克卓里克图汗’，做了4年大汗后于1391年病死。其子继位，号’昂克汗’，在位3年而死。昂克汗死后，卫拉特蒙古与东蒙古正统派达成妥协，拥立北元昭宗之子买的礼巴刺为汗，号’额勒伯克汗’，忽必烈家族复辟。这位额勒伯克汗虽是正统的元裔，但在位5年期间毫无作为，反而残忍好色。宠信佞臣浩海达裕。

浩海达裕（？—1399年），明代蒙古可汗额勒伯克的大臣。亦译浩海太尉、郭海太尉。瓦剌绰罗斯（后改称准噶尔）部领主。为人奸诈，阿谀奉承可汗，乱北元内政。

明建文元年（1399年），浩海达裕为谋取蒙古丞相职位，管辖瓦剌诸部，向额勒伯克汗献媚，夸赞汗王的儿媳貌美，在其挑拨下，额勒伯克汗竟然荒唐地杀死了儿子哈尔古楚克洪台吉，并霸占了儿媳鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉。

鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉，机智美丽，为人忠贞，丈夫被公爹额勒伯克汗杀死，自己亦被可汗霸占。为报夫仇，以计诱浩海达裕入内室，制造逼奸不从的假现场，致使君臣二人反目相残，可汗被射伤，浩海达裕被擒杀，皮被剥送妣吉。事后，可汗发现中计，遂封其子巴图拉（马哈木）为丞相，满足浩海达裕生前心愿。

这位荒唐大汗仍然觉得亏欠浩海达裕，为了弥补，他又将女儿萨穆尔公主嫁给浩海达裕的儿子马哈木，并封马哈木为丞相统领卫拉特。

这下麻烦来了，此时统领卫拉特的是’瓦剌王’乌格齐哈什哈，额勒伯克汗此举无疑是捅了马蜂窝。乌格齐哈什哈大怒道：“汗政治不端，杀儿(一说为弟)哈尔古楚克洪台吉，以儿(弟)妇洪拜济为福晋，淫虐乱法，复被洪拜济所欺，杀臣浩海，以有此耻。乃既有我在，而令我属人巴图拉(马哈木)管辖四卫拉特耶？！” 于是在1399年发兵攻打汗廷。

额勒伯克汗是由众部首领拥立的，没有多少实力，如何能抵挡，很快便被袭杀。这场变故，使得好不容易复辟的忽必烈家族又失去了汗位，不但使东蒙古正统派损失惨重，被猛可帖木儿’降平蒙古人众大半’，不得不屈服于卫拉控特之下，额勒伯克汗的儿子本雅失里也逃到中亚，投奔了帖木儿帝国。乌格齐哈什哈在这次大胜后，彻底掌控了北元汗廷，立阿里不哥后裔坤帖木儿为汗，号’脱欢汗’，蒙古汗位再次转到阿里不哥系。

鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉，亦被乌格齐哈什哈占有，并生下哈尔古楚克都古楞特穆尔鸿台吉遗腹子阿寨台吉。

1402年，卫拉特一代雄主乌格齐哈什哈病逝，在他之后，卫拉特没有一位首领能够统领各部，于是出现了绰罗斯部首领马哈木、土尔扈特部首领太平、辉特部首领把秃孛罗三人共掌权柄的局面。

注：瓦剌就是卫拉特，不同音译。