明朝的蒙古地区分为了三部分，分别是卫拉特蒙古（瓦剌、厄鲁特、西部蒙古）、漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古。
俄罗斯扩张过程中，不断抢夺布里亚特蒙古人(布里亚特从种族上是厄鲁特蒙古人近支)的土地，并要求他们归顺。

从1631年开始，布里亚特蒙古人发动了反抗入侵的战争，经过了25年的拼死抵抗，最终被俄罗斯所征服(其中一部分布里亚特蒙古人进入了漠南地区坚持斗争，后生活于呼伦贝尔)。

漠南蒙古在林丹汗被皇太极击败以后就纳入了清朝的版图，而卫拉特蒙古在明朝末年走向了强大。1678年，卫拉特蒙古的准噶尔首领噶尔丹建立准噶尔汗国，称霸于天山之北。

在更早之前，卫拉特蒙古之一的和硕特部进入了青藏高原，建立了和硕特汗国，于1642年统一了整个青藏高原。处于漠北的喀尔喀蒙古由于长时间没有统一，成为了周边的清朝、准噶尔、和俄罗斯的争夺对象。在清朝势力进入喀尔喀蒙古之前，俄罗斯已经占据了贝加尔湖周围的布里亚特地。噶尔丹也在中俄尼布楚谈判期间占据了喀尔喀蒙古地区，迫使清朝对俄罗斯进行了让步。

1689年，由于葛尔丹率领大军长驱直入挑衅康熙皇帝，使得康熙决心击败葛尔丹。康熙皇帝和俄罗斯交涉，要求俄罗斯断绝支援葛尔丹。之后，康熙皇帝三次亲征葛尔丹，葛尔丹三次全败，喀尔喀蒙古也纳入了清朝的统治范围。葛尔丹去世后，策妄阿拉布坦继位，他在位期间进入了青藏高原，消灭了和硕特汗国。康熙得知后，命令清朝军队进入青藏高原，驱逐了准噶尔汗国军队，将西藏和青海纳入了版图。康熙击败准噶尔汗国的葛尔丹和策妄阿拉布坦之后，清朝的疆域面积已经达到了1000万平方公里。

康熙晚期的版图

康熙去世后，雍正继位，对康熙打下的江山进行了巩固。在青藏高原，1723年平定了罗卜藏丹津叛乱，设立了西宁办事大臣，设置了驻藏大臣。
1727年，中俄经过谈判后又签订了《布连斯奇条约》《恰克图条约》等，两国划分了中部的边界。俄罗斯承认喀尔喀蒙古（外蒙古）归属中国，清朝承认了布里亚特蒙古归属俄罗斯的既定事实。就此开始，中国就放弃了对贝加尔湖地区的领土要求。此后清朝漠北设置了乌里雅苏台将军。

1735年，清朝和准噶尔以杭爱山为界，划定了两国的疆界。

清准战争

和平协议签订后，清朝和准噶尔出现了在30年的和平。1745年，噶尔丹策零去世，其子策妄多济那穆扎勒即位，他是一位昏君，直接导致准噶尔走向了衰落。此时的俄罗斯出台了灭准噶尔的计划，附近的哈萨克汗国也磨刀霍霍，准备分一杯羹。如果清朝再不出手，准噶尔将被俄罗斯占据。1755年，乾隆调集五万大军进攻准噶尔，很快就将之灭亡。1757年，清朝又平定了阿睦尔撒纳叛乱没占据了伊犁。到1759年，清朝进入南疆平定了大小和卓之乱，南疆纳入清朝的版图。

清朝全盛版图

准噶尔汗国灭亡和大小和卓之乱平定后，新疆地区已经纳入了清朝的版图，其中哈萨克汗国部分部落也臣服于清朝，可是清朝并未在此设立机构进行管辖，这给后来俄罗斯占领该地区埋下了隐患。

从1689年到1822年，中俄蒙古地区的扩张，以清朝的胜利结束，整个蒙古占据的西域、蒙古和青藏地区基本纳入了清朝的版图，而俄罗斯只占据了布里亚特一带，而该地区早在清朝到来之前就已经被俄罗斯占据。这意味着俄罗斯在清朝争夺蒙古地区的过程是完败的。1757年之后，清朝的版图达到了1300多万平方公里。1858年，瑷珲条约令中国失去了黑龙江以北、外兴安岭以南约60万平方千米的领土，1864年《中俄勘分西北界约记》，俄罗斯割占中国西北部巴勒喀什池（巴尔喀什湖）以东、以南和斋桑淖尔（今斋桑泊）南北44万平方公里的领土。后期的几十年，清朝依然维持了将近1200万平方公里的土地。