公元1368年，明太祖朱元璋派遣徐达等将领北伐，元顺帝带着残部逃回漠北草原，结束了蒙古人在中原的统治。这时蒙古人还沿用着“元”国号并准备反攻中原，然而脆弱的草原游牧经济根本无法支撑起忽必烈模仿中原汉制构建的大一统帝国，很快各部族的离心倾向表现得越发明显。

公元1388年明将蓝玉在捕鱼儿海（今贝加尔湖）战胜北元残部。战后身为成吉思汗直系后裔的黄金家族在蒙古诸部中的威信大为扫地。

蒙古草原很快就重新回到了成吉思汗统一之前诸部林立的状态。蒙古诸部逐渐演化为两大部落联盟：位于草原西部的和硕特、绰罗斯、杜尔伯特、土尔扈特诸部所形成的联盟被称为瓦剌；位于草原东部的察哈尔、土默特、科尔沁、鄂尔多斯诸部所形成的联盟自称蒙古，而明朝则称其为鞑靼。所以明朝史籍中的“鞑靼”一词指的是东蒙古诸部形成的联盟体系，这和当时欧洲人所谓的“鞑靼”是两个不同的概念。

明朝史籍中的“鞑靼人”概念的涵盖范围小于“蒙古人”概念——明朝人所谓的蒙古人是同时涵盖鞑靼人和瓦剌人的，明朝人所谓的“鞑靼”仅指东蒙古诸部，相比西部的瓦剌，鞑靼是更纯正的蒙古人。