明末清初，察合台后裔建立的叶尔羌汗国政权统治着天山南路的大部分地区。随着伊斯兰教在天山南路的传播和发展，当地的宗教势力十分强大。自中亚伊斯兰教苏菲派纳克什班第教团领袖玛哈图木·阿杂木和卓死后，其长子玛木特·额敏和幼子伊斯哈克·瓦里为争夺教权，各立派系，明争暗斗。伊斯哈克·瓦里和卓早在十六世纪七十年代就来到叶尔羌汗国传教，在当地有很大影响，其派系被称为“黑山派”或“黑山宗”。十七世纪二十年代初期，玛木特·额敏和卓之子玛木特·玉素布和卓也进入叶尔羌汗国传教，与黑山派相对峙，这一派系被称为“白山派”或“白山宗”。黑山、白山二派为掌握世俗政权，分别支持叶尔羌汗王阿布都拉哈和其子尤勒巴尔斯。康熙六年（1667年），尤勒巴尔斯在白山派支持下击败黑山派支持的汗王阿布都拉哈，继任为叶尔羌王。尤勒巴尔斯统治时间不长，康熙九年（1670年）即被黑山派支持下的阿布都拉哈汗之弟伊思玛业勒汗“伊斯梅汗”取代。伊斯梅汗执政后，大肆迫害白山派教徒，并将白山派首领阿帕克和卓（玛木特·玉素布和卓之子，本名伊达雅图勒拉）逐出喀什噶尔。阿帕克和卓流亡于中亚各地，后经克什米尔“时在西藏地方政权辖下，称拉达克地区”进入西藏，投奔五世达赖，请求予以帮助。达赖答应了他的请求，写信给准噶尔部首领噶尔丹，信中称阿帕克和卓“是一位伟大的人物”，要求噶尔丹派遣军队，帮助阿帕克和卓恢复地位。康熙十九年（1680年），噶尔丹集中大批骑兵南下，经乌什、阿克苏，攻陷喀什噶尔（今新疆喀什）。在白山派教徒们的支持响应下，准噶尔军一举攻克叶尔羌城[今新疆莎车]，擒获伊斯梅汗及其家族，解送伊犁囚禁。

噶尔丹占领叶尔羌后，任命叶尔羌汗国的汗室成员，吐鲁番巴拜汗之子阿布都里什特为叶尔羌汗，作为自己的附庸，然后率兵返回天山北路。但不久，阿布都里什特与阿帕克和卓发生矛盾，阿帕克被迫出走。大致在康熙二十一年（1682年），叶尔羌发生暴乱，阿布都里什特从叶尔羌逃奔伊犁，噶尔丹将其囚禁，“被执十四年”。阿布都里什特逃离叶尔羌后，其二弟马哈麻特·额敏被拥立为汗。马哈麻特·额敏任汗期间，曾两次以吐鲁番汗的名义向清政府进贡。他力图摆脱亲噶尔丹的白山派势力对自己的控制，但未能成功。

大致在康熙三十一年（1692年），阿帕克和卓发动各地信徒暴乱，杀害马哈麻特·额敏汗。在阿帕克和卓操纵下，其子雅雅和卓篡汗位。白山派和卓的统治只维持了两年多时间，就以阿帕克和卓和雅雅和卓的相继被杀而告结束。大约在康熙三十三（1694年），阿布都里什特之三弟马哈麻特·本明又被拥立为叶尔羌汗，但喀什噶尔的伯克们不承认其汗位，另立速檀·马合木为汗，并联合布鲁特人进军叶尔羌，擒获马哈麻特·木明汗。接着，准噶尔军应叶尔羌伯克们之请，南下击走布鲁特人。此后，叶尔羌城由名叫米尔咱·阿来木·沙的伯克统治，察合台汗系的叶尔羌汗国至此终止。