蒙古和满清的先世女真人，按照一些史家的观点，都源于中国东北的北部，一个在大兴安岭以西、一个在大兴安岭以东。金朝时女真人到蒙古草原减丁、金熙宗将俺巴孩钉死在木驴上、铁木真崛起后蒙古铁骑灭金，二者可谓是仇深似海。但是，雄才大略的后金努尔哈赤为入主中原，确立了联合蒙古各部的政策，东部蒙古的科尔沁部率先归顺了满清，皇太极在科尔沁等的支持下，击败蒙古黄金家族正统的察哈尔部林丹汗，进一步掌控了整个漠南蒙古。北面的喀尔喀蒙古尚在观望徘徊，而西面的准噶尔蒙古人，却向满清发起了挑战。

17世纪初，蒙古瓦刺人近于东部蒙古（鞑靼）压力向西退出蒙古高原，进入新疆，并分裂为4部：准噶尔部，和碩特部，土尔扈特部，杜尔伯特部。即后来被大清称为“漠西蒙古”。

其中和碩特部顾实汗在1634年受4世班禅和5世达赖的邀请入藏，并趁机占领全藏，并在1642年立“和碩特汗国”。其版图包括整个青藏高原，而顾实汗则受到大清顺治帝的策封。

漠西蒙古中最强大的是准噶尔汗国，曾多次击退东进的沙俄，阻止了沙俄南下新疆。第一个被准噶尔击败的蒙古部落是土尔扈特部，土尔扈特部被逼西移。到了1705年，土尔扈特人已移到俄罗斯的顿河与乌拉尔之间的广大地区。1634年，巴特尔即位为准噶尔汗。他击败西面的哈萨克人。1676年，巴特尔的第4子噶尔丹即位。此人是漠西蒙古的英雄，在位其间，准噶尔帝国达到极盛。他首先统一了漠西蒙古4汗国，随后，他南下征服了回部察合台汗国，建立了可与大清抗衡的，方圆500万公里的大帝国。

噶尔丹决心恢复蒙古雄风，取代大清。他在1688年进攻喀尔喀蒙古（今天的外蒙古），土谢图汗等被击败，逃入内蒙古。噶尔丹追进内蒙，剑指北京。康熙帝亲征，率清军与噶尔丹在北京以北内蒙古的乌兰布通决战。在清军的大炮前，凶猛无敌的准噶尔骑兵血肉横飞，这是噶尔丹出道以来第一次惨败。

1695年，噶尔丹与漠北远征的清军再战于昭莫多，并再败于清军炮火之下。噶尔丹和妻子双双被击毙。

漠北的喀尔喀蒙古从此并入大清。

1687年巴特尔之孙（噶尔丹之侄）策妄即位。这又是一位英雄。征服了因噶尔丹死去又反叛准噶尔的哈萨克人。1720年，策妄的儿子噶尔丹策零（不是噶尔丹）领20万大军击退俄军，迫使俄国与准噶尔划界而治，不敢再越雷池一步。

1705年，策妄派他的弟弟策零进行了一场艱苦的行军，长途奔袭，突然出现在拉萨，和碩特汗国末任拉萨汗被杀，和碩特汗国灭亡，而其后裔成为至今生活在青海高原的蒙古人。1720年，准噶尔军被清军逐出出藏，而西藏从此为大清所控制。

噶尔丹策零即位后，进军外蒙古，迫使雍正帝签定边界条约。规定以外蒙古杭爱山为界：山以西属准噶尔，山以东属大清。

1753年，噶尔丹策零的孙子达瓦齐在姑父阿木尔撤纳（非准噶尔人）的帮助下夺得准噶尔汗位。达瓦齐后打败漠西蒙古的杜尔特部，逼杜尔特部归清。后来达瓦齐与阿木尔撤纳反脸。阿木尔撤纳占据伊梨独立，被达瓦齐击败，被迫逃到大清。

1755年，乾隆帝派清军带阿木尔撤纳西征准噶尔，达瓦齐战败投降，准噶尔被大清所控制。但阿木尔撤纳不愿接受大清的统治，起义反抗，并被清将兆康击败。

此事令到乾隆帝震怒，下令除女人分赏官兵外，整个准噶尔部被灭绝。几十万准噶尔人死于清军的屠刀之下，鲜血染红了卫拉特草原，准噶尔人遭到了灭族之灾，数千里内，逐无一人，只剩下一个无人的准噶尔盆地，惨！

清军随后又征服了天山南路的回部，天山南北皆并入大清帝国。在大清的立场上看，这是征服的新疆土，故称为“新疆”。

阿木尔撤纳不甘心屈服，逃入西伯利亚，混在俄罗斯人中间，后来死于天花。事后，俄国曾请清使到场验看尸首。

平定准噶尔是乾隆帝“十全武功”之首。

西部蒙古人和满清在新疆的最后较量，宣告满清的满蒙一家亲政策完全成功。

西部蒙古人实际上有很大的突厥成份，满蒙一家亲是面向的东部蒙古人，并且主要是满州近邻科尔沁部蒙古。