原生活于贝加尔湖东岸的巴尔虎人归附清朝后，分多个阶段陆续迁移到呼伦贝尔。

巴尔虎先归喀尔喀蒙古。自十七世纪上半叶以来，沙皇俄国的哥萨克匪兵开始入侵贝加尔湖以东地区，并迅速流窜到黑龙江中下游及乌第河流域，多次烧杀抢掠和强奸绑架世代生活在这里的巴尔虎、布利亚特、鄂温克、鄂伦春、达斡尔、赫哲等族人民。他们为了躲避匪祸纷纷外逃，其中留居在贝加尔湖东岸的巴尔虎西支3000来户于1658年集体逃难到喀尔喀蒙古车臣汗部，少数还逃到土谢图汗部，从此他们隶属于喀尔喀蒙古。

早期清朝将边民内附但不包括巴尔虎人。当时的清朝政府为了保护自己百姓的生命财产安全，从1654年起，采取内迁的措施，把雅克萨地区至精奇里江流域的达斡尔、鄂伦春、鄂温克等少数民族向嫩江、松花江上游和额尔古纳河以东呼伦贝尔一带迁移。对黑龙江下游和乌苏里江流域的当地少数民族，清政府也相应地采取了同样的内迁政策，迁往牡丹江一带。其中巴尔虎人不在内迁计划之内，因为当时他们还不是清朝的臣民。

到十七世纪三十年代，沙俄匪兵在西伯利亚东部建立了一系列侵略据点，多次流窜到黑龙江中下游及乌第河一带，对生活在那里的鄂温克、鄂伦春、达斡尔、巴尔虎、赫哲等各族人民杀戮、抢掠、强奸、劫持等无恶不作。在忍无可忍的情况下，清朝军民进行了多次抗击沙俄侵略的正义战争。在中俄雅克萨战争以后，面对沙俄的侵略和蹂躏，巴尔虎的首领们就在雅克萨附近召开氏族头人紧急会议，研究制定如何应付局面。在会议上与会者意见不一致：一部分人主张投奔喀尔喀蒙古；另一部分人想渡过黑龙江归顺大清朝；还有一部分人不愿背并离乡，坚持留居原籍。这三种意见相持不下，而且时局紧急迫不容缓，所以会议最后决定暂时各奔前程，待局势好转后再行定夺。

因此，游牧于黑龙江上游的巴尔虎人于1685年（康熙二十四年）秋季就投奔喀尔喀蒙古去了，不久辗转到齐齐哈尔，以后被遣散到辽宁；游牧于尼布楚河流域的巴尔虎人原想留在家乡，但最终还是忍受不了沙俄匪兵的骚扰，于1689年也进入喀尔喀境内，后来又逃到内蒙古乌珠穆沁旗，几年后又辗转到齐齐哈尔附近；驻牧在外兴安岭东部的乌第巴尔虎人于1690年逃离乌第河流域，1694年才来到齐齐哈尔郊外；生活在外兴安岭西北部的巴尔虎人受到环境的限制，到了1796-1820年（清嘉庆年间），才从外兴安岭北麓迁徙到黑龙江省绥化府驻牧；这些陆续为摆脱沙俄的魔爪逃难来到黑龙江齐齐哈尔的巴尔虎人被分散编入清朝八旗内。

陈巴尔虎的形成，1732年（清雍正十年），清朝政府为了巩固边防，将驻方于布特哈地方的巴尔虎甲丁及其家属移牧到呼伦贝尔驻防。巴尔虎甲丁275名及其家属构成了索伦八旗中的左翼正蓝、镶白二旗。他们是早年来到索伦和齐齐哈尔的巴尔虎东支，被称之为“陈巴尔虎”。

新巴尔虎，巴尔虎西支从16世纪以后一直从属于蒙古喀尔喀车臣汗部。1734年（清清雍正十二年），喀尔喀车臣汗部的巴尔虎人因与其车臣汗部贝子延楚布多尔济等扎萨克不和，向清廷请求加入清八旗，获得批准。车臣汗部所属8个旗的约3700户巴尔虎人被清朝迁移到呼伦贝尔。清廷分给他们西接索伦八旗的牧地，并按八旗建制，编为新巴尔虎左右两翼八旗。他们便是今天的新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗的前身。至此以后，呼伦贝尔地区就有了分属巴尔虎东西两支的陈巴尔虎和新巴尔虎蒙古人了。陈巴尔虎人是原巴尔虎东支中的一部分，很早就离别原籍贝加尔湖东岸开始东迁，与留居在贝加尔湖的巴尔虎西支相隔200多年，直到1734年才在呼伦贝尔欢聚到一起。巴尔虎人东支在东迁时一直在族内保持信仰萨满教的传统。巴尔虎西支在喀尔喀时期就皈依了喇嘛教，所以“俗敬喇嘛”。另外由于离别时间较长，东西两支巴尔虎人语言风俗差异也较大，而且归属于不同的八旗里。