元明清时代是中国疆域奠定的时代。在这个时代，东亚大陆的农耕文明地区和游牧民族地区融合而形成了一个大帝国，北京由于处于农耕和游牧的过渡地带，也因此成为了首都。从元朝到明朝，再到清朝，也是世界格局发生变化的时代。西方国家迅速崛起，尤其是俄罗斯已经逐渐扩张到了西伯利亚，使得清朝的扩张具有了空前的意义。
1206年，铁木真建立了蒙古汗国。此时的东亚大陆还有金国、西夏、西辽、南宋、吐蕃各部、大理、高丽等政权。随着蒙古的崛起，统一东亚大陆就落在蒙古的身上。
南宋时期的地图
蒙古崛起后，先后消灭了西辽、西夏、金国，征服了吐蕃、大理、高丽。1271年，忽必烈建立了元朝，宣布继承为中国的皇帝。1279年，元朝灭南宋，标志着元朝统一了东亚大陆。元朝的版图空前辽阔，东到朝鲜，西到哈密，北越贝加尔湖，南到东南亚。元朝推行了行省制，奠定了中国省制的基础。
元朝版图（图中的琉球应不是元朝版图内）
1368年，朱元璋建立了明朝，蒙古退回了草原，明朝占据河套平原和蒙古对峙。另外，吐蕃各部、关西蒙古七卫、兀良哈三部等表示臣服于明朝。但是明朝在这些地区并没有建立实际上的控制。朱元璋时期，明朝疆域仅仅限于内地和辽东一带。
明朝初期的形势
永乐时代是明朝的巅峰。这个时代，明朝在东北建立了奴儿干都司，在越南设立了交趾布政使司，并且设立了贵州省，推动了云贵高原的改土归流。这个时代，明朝的势力范围得到了扩大，西到哈密一带，南到东南亚。但是明朝始终没有对吐蕃、蒙古、西域建立统治，明朝的疆域面积这个时代大约是700万平方公里。
永乐时代的疆域（浅红色为势力范围）
永乐皇帝之后，明朝的疆域开始萎缩。奴儿干都司、交趾布政司建立20年就撤销了。而原本属于势力范围的关西七部，兀良哈三部也逐渐失去了控制。
关西七卫，是指明朝在嘉峪关以西（今甘肃西北、青海北部及新疆东部）设立的7个羁縻卫所，又称“西北七卫”和“蒙古七卫”（因七卫首领皆为蒙古贵族），先后有安定卫、阿端卫、曲先卫、罕东卫、沙州卫、赤斤蒙古卫、哈密卫七卫，后沙州卫内迁，在其故地又设罕东左卫。嘉靖以后完全被吐鲁番汗国吞并。
在嘉靖年间，河套地区也被漠南蒙古占据，蒙古人多次进攻明朝。而东北的女真族也开始了和明朝的争夺。明朝中后期，西域的东察合台汗国开始分裂，出现了吐鲁番汗国和叶尔羌汗国。明朝的疆域这个时代就基本萎缩在长城之南，面积不到400万平方公里。这个局面维持了大约200年。
明朝后期，蒙古、女真、和硕特汗国等崛起。1616年，努尔哈赤统一了建州女真和海西女真，建立了后金国，并且在之后的萨尔浒之战中击败了明朝。皇太极时期，又征服了野人女真、朝鲜、辽宁、漠南蒙古，基本统一了东北地区。1636年，皇太极建立了清朝。在青藏高原，蒙古和硕特汗国建立，1640年，统一了青藏地区。在西北，卫拉特蒙古开始强大了起来。另外，从东欧而来的俄罗斯已经占领了西伯利亚，开始征服贝加尔湖一带的布里亚特蒙古，甚至进入了黑龙江流域。东亚地区的形势变得充满危机。
明朝末期的局势
1644年，李自成灭了明朝。此后在南方出现了弘光、隆武、永历等南明政权，北方有李自成的“大顺”，四川有张献忠的”大西“，如此军阀割据，十分危险。他们相互征战，展开了远交近攻的游戏。而俄罗斯已经占据了更多的蒙古地区。
不过清朝的入关很快消灭了这些政权，康熙时期（1662—1722年），清朝的疆域继续迅速扩大。
顺治时代的疆域变化
康熙亲政后，在1681年，平定了“三藩之乱”，使得大陆的局势更加稳定。在1683年消灭台湾郑氏政权，在台湾设置台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，标志着台湾正式纳入中国中原王朝的版图。在清朝入关的时期，俄罗斯不断入侵黑龙江流域。康熙统一台湾之后，对俄罗斯发动了雅克萨战争，最终签订了《尼布楚条约》，规定中国和俄罗斯的疆域以外兴安岭为界。
康熙初期的版图
在中俄谈判时期，西北的准噶尔汗国不断东扩，占据了整个喀尔喀蒙古地区，一直打到了乌兰布通。随后，康熙三征噶尔丹，三次都取得了胜利。同时，准噶尔后方的策妄阿拉布坦独立，噶尔丹内外交困，被迫服毒自杀。此后，喀尔喀蒙古地区纳入了清朝版图。1717年，策妄派6000军队进入青藏高原，灭和硕特汗国。1720年，康熙的三路大军将准噶尔的军队赶出了青藏高原，清朝在青藏驻军，标志着西藏和青海纳入了清朝版图。 从此，清朝的疆域面积突破了1000万平方公里。
康熙去世后，雍正巩固了康熙打下的江山。在北方，和俄罗斯签订了《布连斯奇条约》、《恰克图条约》，确立了清朝对外蒙古的主权；在青藏高原，平定了罗卜藏丹津叛乱，设置了西宁办事大臣和驻藏大臣，这是中国中原王朝首次在青藏高原设置行政机构；在西南地区，大规模推行了“改土归流”；对准噶尔方面，双方签订了和平条约，以杭爱山为界。
康熙时代的疆域
乾隆皇帝时期，准噶尔汗国走向了衰落，俄罗斯也正准备灭准噶尔。可是乾隆皇帝抢先一步，在1755年，消灭了准噶尔汗国，占据了西域地区。这是唐朝以后，中国中央王朝再次占据此地。之后，乾隆又平定了阿睦尔撒纳、大小和卓的叛乱，并将西域改名“新疆”，并且设置伊犁将军在此进行管辖，从此清朝的面积达到了1300万平方公里，奠定了后来中国疆域基础。1300万这个数据一直维持到了1858年，大约100年。
清朝全盛时代的疆域