黠戛斯虽然灭亡了回鹘汗国，但因为其自身仍然是一个纯粹的游牧民族，因此当时并没有全盘继承回鹘汗国的领土，所以他们在大肆劫掠之后，又把回鹘故地的核心地区鄂尔浑河谷分封给了已经臣服于自己的部分回鹘部落，只是在当地维持了间接统治。

在公元890年，契丹人从黠戛斯人手中夺得了鄂尔浑河谷，这部分回鹘人可能最终融入了契丹人之中。有些记载显示，建立了契丹王朝的耶律阿保机的皇后述律平就是回鹘人的后代。

而西迁的回鹘人则主要分成了三支。其中走的最远的一支一直走到了帕米尔高原，他们在当地与早期也与回鹘关系密切，但此时已经转信伊斯兰教的葛逻禄人融合，后来建立了在中亚历史上也具有重要地位的喀喇汗（黑汗）王朝。喀喇汗王朝虽然是一个伊斯兰王朝，但其君主却长期自称“桃花石汗”，而“桃花石”在当时是中亚地区对中国中原地区的称谓（后来还演变成了对汉人的称谓）。

高昌回鹘的大致疆域

另一支回鹘人则在其首领仆固俊的率领下迁到了吐鲁番周边地区，在这里他们击败了吐蕃人，建立了高昌回鹘政权。高昌回鹘建立之后，其境内的回鹘人也放弃了明教信仰，转而信仰佛教。此后高昌回鹘曾一度国势大盛，鼎盛时期其领土北达阿尔泰山，南越罗布泊，西南至喀什。当时一位喀喇汗国的学者喀什噶里曾将高昌回鹘称为不信伊斯兰教的国家中“最强盛的一个”。后来辽朝兴起之后，高昌回鹘开始对辽朝称臣，在辽朝被灭亡之后，则继续对西辽称臣。

近代维吾尔人的形象

在公元1209年，看到西辽国势日衰，蒙古不断崛起的高昌国王的斤将西辽派驻的监国杀死，投靠了成吉思汗铁木真。后来铁木真将女儿嫁给他，并认他为义子，之后高昌回鹘仍然由其家族统领。而在蒙古帝国分裂之后，高昌回鹘受到伊斯兰化的察合台汗国多次入侵，不久后吐鲁番也被察合台汗国攻占。在元朝末年，高昌回鹘几乎所有领土都被察合台汗国占领，留在当地的高昌回鹘人与迁入的察合台人（包括部分黑汗王朝后裔）渐渐融合，成为了今天的维吾尔族。现代观点一般认为，维吾尔就是回鹘一词的另外一种音译。

甘州（GANZHOU）回鹘的大致疆域

而在高昌回鹘故地被察合台汗国占领之后，不愿转信伊斯兰教的高昌回鹘王族率领部分部众迁居到了元朝境内的甘肃等地。而他们迁居此地很可能跟当时这里有着另外一支回鹘后裔有关。在回鹘汗国灭亡后，另外一支西迁的回鹘人就是迁居到了河西走廊，他们在这里建立了甘州回鹘政权。后来在西夏崛起之后，甘州回鹘被其吞并。元朝之后，甘州回鹘和部分从高昌迁来的回鹘人融合，最终逐渐形成了现代主要分布于甘肃的少数民族裕固族。现代一些观点认为，“裕固”这个名称也是“回鹘”的另外一种音译。有些观点甚至认为，近代裕固族十部落之一的亚拉格部落就是回鹘曾经的王族药罗葛家族的后裔。

近代裕固人的形象

总体来说，虽然回鹘汗国消失已经有1000多年，其后裔也都经历过沧海桑田式的剧变，但无论是在历史上还是在现实中，回鹘汗国的遗产也仍然可以在许多方面找到了。