两汉经学有今文经学和古文经学之分。

今文经指汉初由儒生口传，并用当时流行的隶书记录下来的经籍（由于秦末战乱，汉初儒家经典大都先秦旧本遗失）。

古文经指汉代前期从民间征集或孔子故宅壁间所发现的用先秦古籀文字写成的经籍。

今文经学家以西汉的董仲舒为代表，其尊孔子为经学之祖，注重阐述经文的微言大义。古文学家则尊崇周公，认为六经不过是孔子整理过的古董史料，真正的古意还有待研究，多注重名物训诂。

今文经学和古文经学的区别，还体现在对待孔子态度、学习经典顺序等方面：

对待孔子态度，今文经学认为六经皆孔子所作，视孔子为托古改制的“素王”；主要特点是加入大量的占卜、阴阳学说，提倡天人感应，注重阐发经文的“微言大义”，主张通经致用，以符合当时的需要，被列入学官，成为正统；以董仲舒、何休等为代表，最重《春秋公羊传》。

而古文经学崇奉周公，认为孔子只是古典文献的整理保存者，是一位“述而不作、信而好古”的先师；六经是上古文化典章制度与圣君贤相政治格言的记录；注重对经文本义的理解和典章制度的阐明：关注历史史料学与语言学。偏重训诂，与现实政治问题联系较弱；以刘歆、贾逵等为代表，最重《周礼》。

学习经典顺序，今古文经学视经典的学习顺序的不同，源于两派对于孔子的定位不同。今文经学视孔子为教育家、思想家，所以将五经顺序定为《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》，由浅入深；古文经学视孔子为史学家，将五经顺序定为《易》、《书》、《诗》、《礼》、《春秋》，按时间顺序排列。

今文经学和古文经学两种经学在历史上都有过兴盛和衰落，汉武帝所立五经博士皆为今文经学，当时的公羊学，以及后来的谷梁学，即属于今文经学派，曾经盛行一时。今文经学长期垄断汉代官学。之后今文经学逐渐陷入了僵化和烦琐，且又与谶纬（见注释1）结合，流于妄诞，西汉后期见衰。同时，古文经学却不断发展壮大，王莽又利用古文经学派，作为代汉及托古改制（见注释3）的工具，王莽当政时古文经学一度得立学官，东汉后期逐成压倒今文经学之势。

东汉末，古文经学家马融、郑玄兼采今、古文之说，今、古文之争遂息。到汉朝灭亡和南北朝时期玄学兴起时期，今文经学逐渐衰落。至清代，随着朴学（见注释2）兴起和社会改革的需要，今文经学、古文经学之争再起，古文经学的治学路数为乾嘉学派和章太炎等所发扬，今文经学则为常州学派所复兴，并为康有为撰写《新学伪经考》和《孔子改制考》提供了理论依据，这两本书根本上动摇了“恪守祖训的理念”，宣传了变法维新的合理性。

钱穆先生认为今文经学和古文经学之争始于利益之争，当是定论之言。

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1.谶纬：谶纬（汉语拼音：chèn wěi）是中国古代谶书和纬书的合称。谶是秦汉间巫师、方士编造的预示吉凶的隐语，纬是汉代附会儒家经义衍生出来的一类书，被汉光武帝刘秀之后的人称为“内学”，而原本的经典反被称为“外学”。谶纬之学也就是对未来的一种政治预言。谶纬是传统文化的重要组成部分。西汉末期，谶纬与今文经学密不可分。

2.朴学：随着汉学的兴起，清代的传统学术研究从以求实切理为帜志，并崇尚朴实无华的治学风格。明末清初，在顾炎武、黄宗羲等学者的影响下，朴学在与宋明理学的对立和斗争中发展起来，注重于资料的收集和证据的罗列，主张“无信不征”，以汉儒经说为宗，从语言文字训诂入手，主要从事审订文献、辨别真伪、校勘谬误、注疏和诠释文字、典章制度以及考证地理沿革等等，少有理论的阐述及发挥，也不注重文采，因而被称作“朴学”或“考据学”，成为清代学术思想的主流学派。朴学又称考据学，针对理学的空疏而言。

3.托古改制：王莽推崇古文经学，仿照《周礼》的制度推行新政，屡次改变币制，更改官制与官名。并且，以王田制为名，恢复井田制。还把盐、铁、酒、币制、山林川泽收归国有。将耕地重新分配，又废止奴隶制度，建立五均赊贷（贷款制度）、六筦政策，以公权力平衡物价，防止商人剥削，增加国库收入。而刑罚、礼仪、田宅车服等仪式，也试图回到西周时代的周礼模式

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